主要職能
1.擬訂水路工程建設、維護、運營和水路運輸、水路運政、港口行政、航道行政管理相關政策、制度和標準，起草相關法律、行政法規和規章草案，並監督實施。
2.擬訂水路運輸發展戰略，提出水路建設規劃、計畫和國家重點水路建設項目立項審核工作的建議；提出有關物流規劃、政策和標準的建議。
3.起草水路運輸、港口和航道管理體制改革方案，並組織實施；提出有關水路建設和運輸信息化項目建議並組織實施，指導交通電子口岸建設。
4.承擔水路運輸、港口經營市場監管工作；承擔無船承運、船舶交易、船舶代理、船舶管理業、理貨等管理工作；承擔引航的有關管理工作。
5.承擔水路建設市場監管工作，承擔水路工程勘察設計、施工、維護等的市場管理工作，核准、審核從業單位資質；承擔國家重點水路工程和部管理的支持系統有關建設項目設計審批、招投標管理、施工許可、實施監督和竣工驗收工作；指導水路行業基礎設施建設、運營和維護管理。
6.擬訂水路工程標準、規範和定額，並監督實施。
7.承擔航道及有關航道設施、通航建築物的管理工作；承擔國際和國境河流運輸及航道管理；會同有關司局承擔跨臨攔河建築物通航淨空尺度和技術要求審批。
8.起草水路有關規費政策，提出有關收費政策建議，並監督實施；提出有關價格政策建議；組織協調國家重點物資運輸和緊急客貨水路運輸。
9.擬訂水路運輸應急預案，起草港口安全生產政策和應急預案，組織協調應急處置工作；擬訂水路危險貨物運輸政策和標準；承擔港口設施保全管理工作。
10.承擔對台運輸管理工作和部涉台有關事務工作。
11.擬訂政府間水路雙邊合作協定，參與政府間多邊水路協定的有關工作，並組織實施；承擔有關危險品和水路運輸國際公約、規則制定和修訂的相關工作；承擔相關國際公約的履約工作。
12.配合部總工程師做好相關工作，承辦為總工程師服務的日常工作。
13.承辦部領導交辦的其他工作。
機構人員設定
局 長：宋德星
副局長：智廣路 李天碧 解曼瑩 李宏印
辦公室
主任：林軍保；副主任：王玉芬
台灣事務處
處長：陳如洋
法規協定處
處長：羅德麟；副處長：翁笑冰
經濟運行處
處長：易繼勇；副處長：柳 鵬、姚 飛
國內航運管理處
處長：葉紅軍；副處長：張金提
國際航運管理處
處長：許貴斌；副處長：高海雲
建設市場監管處
處長：王建斌；副處長：李傳光
航道處（三峽處）
處長：鄭清秀 副處長：吳 瓊
技術管理處
處長：胡 明； 副處長：張善波
工程管理處
處長：李永恆；副處長：常 勤
港口管理處
處長： 副處長：楊華雄
