1891年11月7日（舊俄歷19日）生於舊沙俄雅羅斯拉夫爾省雷賓斯克市，猶太名是埃農·格爾什維奇·葉古達（Енон Гершевич Иегуда）。父親格爾什·菲利波維奇·葉古達（Гирш Филиппович Иегуда，俄文名是Гершон Фишелевич Ягода）是一名猶太鐘錶匠（有的資料是木匠），同時也是斯維爾德洛夫的表哥；母親瑪麗亞·加夫里洛夫娜（Мария Гавриловна）是俄羅斯人。家中有八個孩子，其中三個男孩，五個女孩。
亞戈達早年熱愛文學，主要生活在下諾夫哥羅德。接受了中等教育後，成為一名統計員（有的資料是藥劑師），為斯維爾德洛夫的父親工作，並那兒結識了斯維爾德洛夫，娶了他的侄女艾德·列昂尼多夫娜·阿維爾巴赫（Ида Леонидовна Авербах）為妻。少年時便參加了社會民主運動，1904-1905年為一家地下印刷廠工作。1907年加入俄國社會民主工黨。同年在下諾夫哥羅德結識了高爾基，從此保持了終身友誼。1911年因參加革命活動被逮捕，並被流放至辛比爾斯克。1913年獲釋。1915年應招進入沙皇軍隊，成為下士。1917年參加了俄軍中的布爾什維克組織。同年參加十月革命。
革命勝利後，亞戈達擔任了《農村貧農報》的執行編輯，直至次年4月。
1918年4月24日-1919年9月8日亞戈達以最高軍事監察員的身份監督內戰中紅軍的東部和南部戰線。1919年調任人民委員會外貿人民委員部委員。
同年11月3日，亞戈達加入契卡。同年7月29日進入契卡主席團。1921年3月31日升任契卡副主席。1922年契卡被隸屬於內務人民委員部的國家政治保衛局(ГПУ)取代。次年9月18日亞戈達成為捷爾任斯基的第二副手，也就是國家政治保衛局第二副局長。1923年國家政治保衛局被改組為與內務人民委員部平級的國家政治保衛總局（ОГПУ），亞戈達同時也就理所當然的擔任副局長之一。1926年6月捷爾任斯基去世後，亞戈達成為該局第一副局長，地位僅次於維亞切斯拉夫·明仁斯基。由於明仁斯基患有重病，20年代末國家政治保衛總局的工作很大程度上是由亞戈達掌管的。1927年12月14日被授予紅旗勳章。1930年4月3日被再次授予紅旗勳章。同年7月13日被選為聯共（布）中央候補委員。1931年，亞戈達被降為契卡第二副主席。1932年被派往烏克蘭，以確保糧食收購計畫的完成。同年12月19日，被授予勞動紅旗勳章。1933年8月4日，因積極參加白海一波羅的海運河的建設工程而被授予列寧勳章（編號No.531）。
1934年2月10日亞戈達被選為聯共（布）中央委員。同年7月10日，在明仁斯基去世兩個月後，被史達林任命為內務人民委員，司掌蘇聯國安大權。
1934年12月1日基洛夫被刺身亡。由此案，開始了肅反運動。掌管安全部門的亞戈達自然成為肅反運動的第一位直接負責人（其後繼者是葉若夫和貝利亞）。當月季諾維也夫、加米涅夫等人即因涉嫌“謀殺基洛夫”被亞戈達掌管的安全部門逮捕。次年1月季諾維也夫和加米涅夫等人受審。在這次審判中，亞戈達迅速處決、流放了許多人，但季諾維也夫和加米涅夫卻只被判處了十年有期徒刑。直到1936年的第一次莫斯科公審，亞戈達才將二人判處極刑，並於同年8月25日監督了對季諾維也夫和加米涅夫的槍決。雖然在肅反運動初期亞戈達逮捕了大批人員，甚至包括自己的親侄女，但需要指出的是，其中許多無辜者後來亦被其釋放，這一點是葉若夫和貝利亞所做不到的。由此可以看出，亞戈達一方面是出於護衛黨和蘇維埃政權、打擊反革命分子的目的，另一方面也是出於自己人在其位、身不由己的政治壓力而指揮清洗運動的，並沒有夾雜多少攫取權力的個人私心，這是他與其後繼者的不同之處，這一點是和史達林相似的，這當然也是白衛分子無法理解的。因此，常常看到的是，亞戈達遊走在鎮壓和保護之間的鋼絲繩上。對此，史達林在1936年9月25日給政治局委員的一封電報中評價道：“亞戈達顯然在揭露托洛茨基一季諾維也夫集團的工作中未能出色完成自己的任務。國家政治保全總局在這項工作上延誤了4年時間……”
1935年11月26日被任命為國家安全總政委。
因肅反不力，1936年9月26日，亞戈達被葉若夫取代，鏇即調任人民郵電委員。
1937年1月29日亞戈達轉為預備役。同年4月3日被撤職，5日被捕。翌年3月，在第三次莫斯科公審中以叛國罪和陰謀推翻蘇維埃政權罪與布哈林一起受審，最終“供認” 參與托洛茨基集團、德國間諜，殺害高爾基、古比雪夫、明仁斯基，謀害葉若夫、謀殺基洛夫等罪行，並於13日被判處死刑，兩天后，也就是1938年3月15日，被槍決。其妻同年6月16日被判刑，當日即被槍決。
所獲勳章：一次列寧勳章（1933.8.4）、兩次紅旗勳章（1927.12.14 1930.4.3）、一次勞動紅旗勳章（1932.12.19）
1930年7月13日-1934年1月26日 聯共（布）中央候補委員
1934年2月10日-1937年4月1日 聯共（布）中央委員 [註：1937年3月31日，亞戈達被撤銷中央委員職務]
