微處理控制系統
微處理控制系統是維持培養箱內溫度、濕度和CO2 濃度穩態的作業系統。微處理控制系統和其它各種功能附屬檔案（如高低溫自動調節和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設定等）的運用，使得二氧化碳培養箱的操作和控制都非常的簡便。
二氧化碳培養箱如：LEEC 的PID 微處理器觸控螢幕控制系統，它能嚴格控制氣體的濃度並將其損耗降至極低水平，以保證培養環境恆定不變，且能保證長期培養過程中箱內溫度精確，並有液晶顯示，圖形化過程監控、干預事件記錄等。此外報警系統也是不可少，它能讓你及時知道培養箱出現的情況，並做出反應，從而最大限度地降低了損失，保證實驗的連續性。有些培養箱有聲/光報警裝置，溫度變化達±0.5℃，或CO2 濃度變化達±5%時，即會自動報警；有些具有CO2 濃度異常報警顯示功能；有些具有低壓、斷電報警功能。這些裝置都是為了方便使用者，以減少繁瑣枯燥的實驗過程而設計的。
加熱方式
氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是精確和可靠的，同時它們都有著各自的優點和缺點。
水套式加熱
水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恆定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利於實驗環境不太穩定（如有用電限制或經常停電）的用戶選用。
氣套式加熱
氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。
二氧化碳培養箱氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢複比水套式培養箱迅速的特點，特別有利於短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對於使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，並要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隱患）。
二氧化碳濃度控制
二氧化碳濃度可以通過紅外感測器（IR）或熱導感測器（TC）進行測量。兩種感測器各有優缺點。
熱導感測器
熱導感測器監控CO2濃度的工作原理是基於對內腔空氣熱導率的連續測量，輸入CO2氣體的低熱導率會使腔內空氣的熱導率發生變化，這樣就會產生一個與CO2濃度直接成正比的電信號。
TC控制系統的一個缺點就是箱內溫度和相對濕度的改變會影響感測器的精確度。當箱門被頻繁打開時，不僅CO2濃度，溫度和相對濕度也會發生很大的波動，因而影響了TC感測器的精度。當需要精確的培養條件和頻繁開啟培養箱門時，此控制系統就顯得不太適用了。
紅外感測器
紅外感測器（IR）它是通過一個光學感測器來檢測CO2水平的。IR系統包括一個紅外發射器和一個感測器，當箱體內的CO2吸收了發射器發射的部分紅外線之後，感測器就可以檢測出紅外線的減少量，而被吸收紅外線的量正好對應於箱體內CO2的水平，從而可以得出箱體內CO2的濃度。由於IR系統是通過紅外線減少來確定箱內CO2濃度，而箱體內顆粒物能夠反射或部分吸收紅外線，使得IR系統對箱體內顆粒物的多少比較敏感，IR感測器套用在進氣口具有HEPA高效空氣過濾器的培養箱較合適。
相對濕度
箱內濕度對於培養工作來說是一項非常重要然而又經常被忽略的因素。維持足夠的濕度水平並且要有足夠快的濕度恢復速度（如在開關門後）才能保證不會由於過度乾燥而導致培養失敗。
二氧化碳培養箱目前大多數的二氧化碳培養箱是通過增濕盤的蒸發作用產生濕氣的（其產生的相對濕度水平可達95%左右，但開門後濕度恢復速度很慢）。儘量選擇濕度蒸發麵積大的培養箱，因為濕度蒸發麵積越大，越容易達到最大相對飽和濕度並且開關門後的濕度恢復的時間越短。
污染物的控制
污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，二氧化碳培養箱的製造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要途徑都是儘量減少微生物可以生長的區域和表面，並結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。
例如，鑒於CO2培養箱在使用過程中有時會伴有黴菌生長，為確保培養箱免受污染且保證儀器箱體內的生物清潔性，有些公司開發設計了帶有紫外消毒功能的CO2培養箱；還有公司設計HEPA高效濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3um以上的顆粒；此外，自動高溫熱空氣殺菌裝置能使箱內溫度達到高溫（如200℃）從而殺死所有污染微生物，甚至芽孢等耐高溫微生物，這些裝置對於細胞培養來說是更有安全保障的。
使用注意事項
1、二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
2、培養箱運行數月後，水箱內的水因揮發可能減少，當低水位指示燈(WLow12)亮時應補充加水。先打開溢水管，用漏斗接橡膠管從注水孔補充加水使低水位指示燈熄滅，再計量補充加水(CP-ST200A加水1800ml，CP-ST100A加水1200ml)，然後堵塞溢水孔。
3、二氧化碳培養箱可以做高精度恆溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
4、因為CO2感測器是在飽和濕度下校正的，因此加濕盤必須時刻裝有滅菌水。
5、當顯示溫度超過置定溫度1℃時，超溫報警指示燈(OverTemp7)亮，並發出尖銳報警聲，這時應關閉電源30分鐘；若再打開電源(溫控)開關(Power20)仍然超溫，則應關閉電源並報維修人員。
6、鋼瓶壓力低於0.2MPa時應更換鋼瓶。
7、儘量減少打開玻璃門的時間。
8、如果二氧化碳培養箱長時間不用，關閉前必須清除工作室內水分，打開玻璃門通風24小時後再關閉。
9、清潔二氧化碳培養箱工作室時，不要碰撞感測器和攪拌電機風輪等部件。
10、拆裝工作室內支架護罩，必須使用隨機專用扳手，不得過度用力。
11、搬運培養箱前必須排除箱體內的水。排水時，將橡膠管緊套在出水孔上，使管口低於儀器，輕輕吸一口，放下水管，水即虹吸流出。
12、搬運二氧化碳培養箱前應拿出工作室內的擱板和加濕盤，防止碰撞損壞玻璃門。
13、搬運培養箱時不能倒置，同時一定不要抬箱門，以免門變形。
二氧化碳培養箱