可以選乘的鐵道路線
西日本旅客鐵道（JR西日本）
山陰本線（嵯峨野線） - 包括特急在內的列車全部會於此車站停車。
京都市營地下鐵
東西線（車站號碼： T15）
因為JR的特定都區市內制度．本車站是屬於“京都市內”的車站。
兩個公司均可以ICOCA（西日本旅客鐵道）、PiTaPa（Surutto Kansai（スルッとKansai）協定會）作為車票使用。而J Through Card（Jスルーカード）只能在JR的車站內使用，對應Surutto Kansai的各種卡及Traffica京Card（トラフィカ京カード）則只能於京都市營地下鐵的車站內使用。
歷史
1897年（明治30年）2月15日 - 京都鐵道 本站～嵯峨站之間開通，同時開業。
1897年（明治30年）4月27日 - 京都鐵道 大宮站～本站開通。
1904年（明治37年）6月 - 兼備京都鐵道總部的車站大廳完成。
1907年（明治40年）8月1日 - 京都鐵道國有化。
1912年（明治45年）6月11日 - 京都市電千本線壬生車庫前-千本丸太町間開業，設定二條站前停留所。
1972年（昭和47年）1月23日 - 隨著京都市電千本線廢止、二條駅前停留所也同時廢除。
1987年（昭和62年）4月1日 - 因為國鐵分割民營化而成為西日本旅客鐵道、日本貨物鐵道的車站。
1990年（平成2年）10月 - 因為曳屋工程，車站大廳往東則移動15m。
1996年（平成8年）3月16日 - 高架車站化。同時廢除貨物列車的設定。從前車站西側有一個小規模的貨物調車場存在、線道往南方，越過三條通路往日本食糧倉庫與油庫的専用線伸延。舊大廳遷移往梅小路蒸氣火車博物館。
1997年（平成9年）10月12日 - 京都市營地下鐵東西線的車站開業。當時是線路的末端車站。
2006年（平成18年）4月1日 - JR貨物取消於此站運送貨物。
2008年（平成20年）1月16日 - 京都市営地下鐵東西線從本站往太秦天神川伸延、成為中途站。
車站周邊
以往JR車站只有東邊千本通路的出入口，但由於地下鐵東西線的開通，以及山陰本線（嵯峨野線）的高架化，西側也得以重新整頓，近年更有公車和計程車途經。
車站東側的千本通路附近，2000年9月開設了京都府齒科醫師會口腔保健中心，而JR二條站NK大樓亦於2006年3月1日開始營業。西側方面，包含TOHO電影院等等複合娯樂設施的BiVi二條於2005年6月25日開業。車站東南所在的千本三條交差點西北角的立命館朱雀學園（中川會館）於2006年9月開設，學園本部與法科大學院等等搬遷至此。車站東南仍然擁有廣闊用地，現正就此地的使用作出檢討。2008年8月，有報導指此區域的南半部有將會興建佛教大學新校園的計畫。另外，北半部亦計畫興建京都府醫師會的新府醫師會館。
千本通路連結車站東側的南北道路。而連結東西方向的御池通路則由於被本車站分斷，行經車輛需向車站北方，高架下的押小路通路迂迴走行再回到御池通路。車站東側以千本通路、御池通路為中心，沿途擁有為數不少的商店。西側則以西大路通路連結住宅地與中小工場的密集地帶，而車站西北也有二條駕駛學校。直至鄰近的圓町站，隨著山陰本線的高架化，道路也重新鋪設過，可以使用側道步行來往兩個車站。車站周邊正以成為京都市的副都心努力。
神泉苑、二條城、中京臨總合廳舍（區役所）位於車站東方的300～500m。乘搭地下鐵的話則是二條城前站距離比較近。
其他公司的路線則以以下車站為最接近車站。
京福嵐山本線 西大路三條站 徒步15分左右
阪急京都本線 大宮站 徒步15分左右
