1901年東京帝國大學醫學系畢業,1905-1908年在德國慕尼黑大學留學,1909年獲得醫學博士學位,其後任駒込醫院副院長,東京帝國大學講師,傳染病研究所技師,東京帝大副教授,1919年任駒込醫院院長和東京帝大教授,1926年被推選為傳染病學會會長,1929年以研究鼠咬症而獲得日本學士院獎,1930年轉日本醫科大學教授,其後歷任東京齒科醫學專門學校、日本女子大學,實踐女子學校講師和牛込高等女子學校理事,1951年被選為日本學士院會員,1955年獲得日本文化勳章和文化功勞者稱號。
二木專攻傳染病細菌性和保健學,以發現志賀赤痢菌和駒込菌而聞名,由於他發現駒込菌而建立赤痢病原體多元說的基礎。
著有《鼠咬症研究》、《二木博士論文集》、《講話集》、《健康的道路》、《營養的適應與體制改善》、《腹式呼吸與健康》。
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