區別
中醫講究辨證，治病先治本(中醫先治本是與西醫最大的區別)：
中醫治病的根本是辨證論治。西醫對男科病的治療多採用對症治療，即重視局部治療。而中醫治療男科疾病，注重辨病辨證相互結合和整體調節，如免疫性不育，現代醫學認為是由於抗精子抗體的產生而引起的，但根據中醫男科辨證，本病可表現為氣滯血瘀、溫熱蘊滯等不同症候，因而在治療時除選用一些對免疫反應有針對性的藥物治療外，還應結合症候的不同而輔以相應的治法，如清利濕熱、化瘀通竅等。
副作用非常小，復發率極低：
中醫主張：上醫醫未病之病，中醫醫欲病之病，下醫醫已病之病。西醫學對許多男科疾病的發病機制研究較深入細緻，診斷手段比較先進，但對某些疾病如性功能障礙種的陰莖異常勃起、病理性遺精、陽痿，不育症中的精子抗體陽性、精子密度過高、以及生殖器官疾病中的陰莖硬結症、前列腺炎等尚無特殊療法，藥物作用單一，且易產生副作用。而中醫男科學根據辨病辨證的結果，採用辨病育辨證論治結合的方法，或內治，或外治，或內外結合，往往能收到顯著效果。長期服用抗生素，易產生抗藥性，且對肝腎損害很大，中草藥是生物製劑，一般副作用很小，可較長時間服用，而且中藥是一種調整用藥，標本兼治、功效兼施、祛邪不傷正，服用中藥治療前列腺炎有提高療效、縮短病程、減少復發的特點。
以點帶面、標本兼治、攻補兼施：
中醫不僅有中藥，中醫有許多非藥物療法，如氣功、導引、砭石、針、灸等等，如中醫治療前列腺炎不光是針對細菌用藥，而是將患者體質強弱、致病因素、生活環境、飲食特點、工作強度、氣候變化等諸多情況都考慮進去。如有濕重之人應加入利濕化濁之品，以期消除細菌生存環境;如素常脾腎虧虛之人應加入健脾益腎之品，以強壯身體、抵禦外邪，早日恢復臟腑功能，可謂“正氣存內，邪不可乾”;如有經絡遇阻、脹痛較甚之人應加入活血化瘀、補氣止痛之品，以疏通經脈、消除症狀。
特點
中藥藥源廣、藥價比較低，可以減少病人的經濟負擔，易於被廣大患者接受。在當前社會物價飛速上漲的時候，老百姓看病難已經成為社會問題。而中藥的物美價廉、童叟無欺，更符合老百姓的消費觀。
