機構簡介
系根據國務院機構改革方案，由原重慶衛生檢疫局、重慶動植物檢疫局和重慶進出口商品檢驗局合併組建而成。重慶局依照《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其實施條例、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例、《中華人民共和國國境衛生檢疫法》及其實施細則和《中華人民共和國食品安全法》等法律法規、部門規章、規範性檔案，負責重慶地區的出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗鑑定和監督管理。
下設機構
重慶局為管理執行局，內設17個處室。根據工作需要分別設立了萬州出入境檢驗檢疫局、涪陵出 入境檢驗檢疫局、兩路寸灘出入境檢驗檢疫局、九龍坡港出入境檢驗檢疫局、重慶江北國際機場辦事處、重慶鐵路口岸辦事處、永川辦事處、西永綜合保稅區辦事處和重慶國際郵局辦事處等分支機構。設立有機關服務中心、檢驗檢疫技術中心、重慶國際旅行衛生保健中心等直屬事業單位，並設立有社團法人重慶市出入境檢驗檢疫協會。所屬機關服務中心設立有獨資的重慶正浩衛生除害處理有限公司，並參股中國檢驗認證（集團）重慶有限公司。
人員編制
全局現有幹部職工360人，以理、工、農、醫及外語、法律等專業技術幹部為主，其中高級職稱30人，十餘名業務骨幹進入重慶市專家人才庫。通過各種教育和培訓，培養和造就了一支思想過硬、作風優良、技術精湛、廉潔奉公的幹部隊伍，為重慶檢驗檢疫事業的發展奠定了堅實的基礎。
硬體設施
全局擁有桐油檢測實驗室、有機農產品檢測實驗室、重點電子電氣檢測實驗室（籌建中）三個國家級重點實驗室，羽絨檢測中心實驗室、醫學媒介生物監測中心實驗室等八個區域性重點實驗室。配備有液相色譜儀、氣相色譜儀、氣質聯用儀、液質聯用儀，微生物自動分析儀、等離子發射光譜儀、全自動免疫螢光分析系統等價值5千多萬元的先進實驗設備，可開展近千個項目的檢測。技術中心實驗室被列為重慶市大型科學儀器資源共享服務中心。
建設宗旨
重慶局始終貫徹落實“抓質量、保全全、促發展、強質檢”的戰略理念，持續改進以出入境檢驗檢疫行政執法為主體，以技術保障為支撐的檢驗檢疫行政執法體系。2008年，全局行政管理體系順利通過ISO9000質量認證，2011年在全局推行績效管理機制，綜合管理水平躍上了一個新台階。先後獲得重慶市“百佳文明單位”、重慶市“黨建工作先進單位”、重慶市直機關“模範職工之家”等稱號。
重慶檢驗檢疫局將繼續秉承“忠於職守、勇於負責、嚴格把關、保國安民”的使命，以一流的精神狀態、一流的服務水準、一流的工作業績、一流的裝備水平和一流的職工隊伍，嚴把國門、服務重慶，為維護國家安全和對外貿易的健康發展做出新的貢獻。
