文獻館一方面旨在對近代以來廣東積累的西方思想文化資源及其與中國文化交融的初步成果進行充分利用和深入發掘,同時以西學東漸過程的系統理論研究為總體方向,統合和規整現有的中山大學各個學科的研究力量。通過對西學東漸方面文獻資料的系統收集,力圖在若干年內首先構建一個西方哲學理論東漸的專門研究乃至西學東漸的一般研究的文獻中心,而後經過長期的發展,努力形成中山大學人文社會科學的一個特色理論研究方向,構造人文社會科學研究的一個聚合點。另一方面,致力於為國內外相關領域的研究者和研究活動提供一個研究、交流、合作的場所。
文獻館自成立以來,設立專門網站“中山大學西學東漸網”,(原名為“中國西學東漸網”網站)大力購置各類文獻資料,計畫每年召開一個國際學術會議,出版一本《西學東漸研究》刊物。目前,已購買近4000冊新書和古舊書,舉辦國際學術會議3次,已出版1本《西學東漸研究》,另有2本已交出版社。