院所規模
所（院）現有中國科學院院士3人，中國工程院院士2人，長江學者特聘教授4名，國家傑出青年基金獲得者10名，正副教授93名。所（院）以學科建設為基礎，重視科研發展與人才培養。現有14個學系和一個對國內外開放的醫學分子生物學國家重點實驗室，承擔著科研和教學兩大任務。科學研究
在科研方面，重點強調疾病相關基因的功能基因組、基因表達調控、蛋白質組學、分子免疫以及醫學遺傳等方面的基礎研究以及與臨床相結合的轉化醫學研究。試圖從分子、細胞、組織、器官到整體水平，從基礎到臨床，以系統整合生物學的思維方式及可能的方法，探討疾病發生、發展的規律，為制定適合我國國情的重大疾病的早期預警和干預策略，以及防治方案提供科學依據。研究課題
目前承擔著國家重點基礎研究發展計畫（973）、重大科學研究計畫、國家高技術研究發展計畫（863）、科技支撐計畫及國家自然科學基金重大、重點、創新研究群體、傑出青年基金、教育部/外國專家局創新引智計畫等100多項國家級科研項目。“十五”以來共發表科研論文1000多篇，其中在國際著名的Nature、NatMed、NatGenet、PNAS、Blood、Circulation、JCI、CancerRes、JBC、NAR、MCP、AmJHumGenet等雜誌上發表了多篇學術論文。獲得國家自然科學二等獎1項、中華醫學科技一等獎3項、二等獎1項、高等學校科學技術一、二等獎各一項、北京市科技進步一、二等獎各1項。“十五”以來到位科研經費逐年遞增。教學方面
承擔著北京協和醫學院八年制醫學本科生和碩、博士研究生的教學任務，是國家首批批准的博士學位和碩士學位授予單位，現有博士生導師48名，碩士生導師31名，在讀研究生400多人，並建立了基礎醫學博士後流動站。生物學（生化及分子生物學、細胞生物學、遺傳學、生物物理學）成為國家級一級重點學科；藥理學、免疫學和病理-病理生理學為國家級二級重點學科。設備配置
在科技部、衛生部的領導和支持下，所（院）建立了先進的實驗技術支撐條件和良好的學術環境。儀器中心擁有最先進的生命科學實驗儀器和設備，通過了“中國實驗室國家認可委員會”審查，獲得國家實驗室認可，可為在分子和細胞水平上進行一系列樣品製備、純化、分析、檢測和鑑定等實驗提供系統的技術支持。基礎醫學細胞中心為國內外醫學研究提供規範的細胞株和細胞培養服務。所（院）還擁有達到SPF級的實驗動物中心。最近為進一步加強轉化醫學研究基礎所成立了組織病理中心。中國醫學科學院蛋白質組學研究中心、組織工程研究中心和納米生物醫學聯合研究中心也掛靠在所（院）。學術交流
所（院）具有良好的學術交流和合作基礎，在國內外享有較高的聲譽和地位，許多專家在國際、國內學術機構擔任重要職務。世界衛生組織（WHO）在所（院）設有免疫學研究合作中心和遺傳病控制中心。中國免疫學會、中國生物醫學工程學會、中國解剖學會、中國生化及分子生物學學會醫學生化專業委員會、北京生理科學會、中華醫學會醫學遺傳學會等學術機構掛靠在所（院）。《基礎醫學與臨床》雜誌由所（院）與協和醫院合作承辦。人才與技術優勢
近年來，所（院）充分發揮人才與技術優勢，在（基因、單克隆抗體）診斷試劑、基因工程藥物、中西藥物以及高分子材料等研發方面取得突出進展，並與國內外二十餘家企業建立了良好的合作關係。已申報發明專利100多項、獲得發明專利授權16項、新藥證書10項，其中用於眼角膜創傷修復和皮膚創傷修復的重組人表皮生長因子滴眼劑和凝膠分別獲得基因工程I類新藥證書。發展目標
所（院）以建設成為具有國際水平的醫學基礎研究機構和國內一流、世界知名的提供醫學精英教育的基礎學院為發展目標。為達到發展目標，所（院）推行民主決策，科學管理，專家治所的管理理念和管理模式，充分依靠學術委員會，教育工作委員會、開發委員會，在科研、教學工作規劃和發展目標制定，研究方向和重點研究領域確定，學科建設和組織結構調整、人才評價等重大問題上，發揮全所（院）專家和職工的積極性和集體智慧，民主、科學決策。同時注重科學高效的管理體系和管理隊伍建設，致力於構建規範的管理制度和工作程式，努力提高管理效率和水平，為發展目標的實現提供保障。所（院）將以“嚴謹、博精、創新、奉獻”的精神，為實現發展目標而努力奮鬥。
歷史沿革
中國醫學科學院（簡稱醫科院）基礎醫學研究所（簡稱基礎所）的前身為醫科院的實驗醫學研究所（簡稱實研所）和基礎醫學組（1971年協和醫大停辦後於1973年建立）。醫科院是在原中央衛生研究院的基礎上，於1956年8月創建的，1957年與始建於1917年的北京協和醫學院合併，成為我國唯一的國家級醫學科學學術中心和綜合性科學研究機構，是新中國成立後一項重大調整和建設。兩院合併不久，1958年2月，即在原有的10個學系的基礎上建立了首批五個研究所，其中就包括實研所。
實研所的所在即是原協和醫學院的前期各學系的原址，由著名解剖學家張鋆教授為首任所長，郭福芝任黨總支書記，下設實驗形態學系、生理學系、生物化學系、生物物理組、病理學系和病理生理學系，擁有張鋆、張作幹、薛社普、張錫鈞、梁植權、王克勤、王世真、劉培楠、李士諤、胡正詳、楊簡、王蘅文、華光等著名醫學科學家和一大批中青年科技骨幹，隊伍嚴整，實力雄厚；到1965年，已發展成為全國知名的一流醫學基礎理論研究所，職工約有400餘名。
1959年，在醫科院院長黃家駟領導下，重建八年長學制醫科大學，實研所有部分人員被調去支持恢復教學工作，先後重建和新建了解剖學、組織胚胎學、藥理學、微生物學和免疫學、寄生蟲學、公共衛生學和流行病學、統計學等教研室。此外，實研所有關學系還參與了10個專業班學生的培養，為充實醫科院各院所基礎醫學各學科的教學和青年科研隊伍輸送人才。
在"文革"期間，1969年末，實研所被全部遷移至四川省簡陽縣，併入醫科院四川分院；1973年後，原協和醫大基礎各教研室也被縮編調整，一半教學人員及儀器教材調往原衛生部北京中醫學院，其餘教職員工成立基礎教學組，直屬醫科院，一度併入北京協和醫院（當時稱首都醫院），負責人有顧方舟、宋欽惠、徐靜。在這一階段，科研、教學工作均蒙受巨大挫折和損失。
1978年經國務院批准，原實研所遷回北京，因原址已另有所用，遂全部安置在當時大部閒空的東單三條五號醫科大學大樓，與基礎醫學組原協和醫大教學人員合在一起，更名為基礎醫學研究所。
翌年，黃家駟院長又奮力爭取協和醫大經上級批准復校，通過多方努力，克服重重主客觀上的困難，醫預科與北京大學生物系合作，本科利用原來實研所和醫大共有的空間，以這兩部分的人員、設備和工作為基礎，有分有合地完成教學和研究雙重任務。通過相互磨合，1982年基礎所和醫大的基礎部（1993年稱基礎醫學院）正式成為雙名一體的機構，基本按學系/教研室建制，由郭福芝任所長，郭少軍為黨委書記，資深和中年骨幹分別擔任系/室領導職務，如謝少文、何觀清、梁植權、李士諤、金蔭昌、薛社普、王世中、高潤泉、張秉常、羅會元、佘銘鵬、王振綱、吳冠芸、王琳芳、王德修、吳安然、陳孟勤、陸鍾琦、潘華珍、劉爾翔、陳華粹、薛全福、李昆、楊子彬等，他們大都是在老協和工作過的人。1982年還任命當時基礎所所長劉士廉（原協和醫學院1953屆畢業生）兼任醫大教務長，副所長佘銘鵬（原協和醫學院病理系講師）兼任醫大基礎部主任，從而確保了八年制醫大第三次復校（1985年稱中國協和醫科大學）的順利進行和基礎所的迅速恢復和發展；體制延續，以迄於今。基礎醫學研究所和基礎醫學院的沿革，概括起來就是原北京協和醫學院臨床前期機構的變遷和發展史。
歷任領導
郭福芝
1978.10-1981.7任所長、黨委副書記
劉士廉
1983.6-1985.1任所長
陳紹先
1985.1-1991.5任所長
鄧希賢
1983.6-1985.1任副所長
1991.9-1996.7任所（院）長
宋國興
1996.7-2001.2任（院）所長
宋欣惠
1978.10-1979.3任黨委書記
郭少軍
1979.3-1982.11任黨委書記
張家謙
1980.1-1983.6任黨委副書記
肖梓仁
1981.6-任黨委書記、副所長
1983.6-任黨委書記
丁國鑒
1986.6-任黨委書記
1989.7-1993.7兼副所長
朱祥逢
-1980任副所長、黨委書記
1980.1-1983.6所顧問
鮑光宏
1983.6-任黨委副書記
胡永章
1995.4-2001.2任黨委書記
楊善蓉
1992.4-2001.2任副所（院）長
2001.2-2003.12任黨委書記
黃建輝
1978.7-1983.1任副所長
梁植權
1979.8-1983.6任副所長
趙敏順
1985.1-1992.4任副所（院）長
史以慶
1985.1-任副所長
孔祥成
1985.1-1988任副所長
佘銘鵬
1981.6-1985.1任副所長
1985.1-今任名譽所長
鄭超強
1986.1-1993.6任副所（院）長
胡長貴
1988-1991.7任副所（院）長
王旭東
1991.7-1993.10任副所（院）長
周文郁
1993.10-1995.7任副所（院）長
許增祿
1993.7-1997.4任副所（院）長
方連富
1993.7-1995.4任副所（院）長
李香和
1995.4-2001.8任副所（院）長
劉德培
1997.4-1998.4任副所（院）長
何維
1998.4-2002.11任副所（院）長
代濤
2001.2-2003.3任黨委副書記、副所（院）長
鄭德先
2001.2-2005.6任所（院）長
