本所現設有2個管理部門、7個業務部門、1個後勤服務中心（代管所內1個科技開發公司—天津市東方綠色技術發展有限公司）。2個管理部門是綜合辦公室、科技處；7個業務部門是生態毒理與環境修復研究中心、污染防治研究室、再生資源研究室、環境監測研究室、環境評價研究室、生態農業研究室和農業環境信息中心，同時業務部門也分別承擔了農業部環境監測總站、農業部產地環境與農產品安全重點開放實驗室、農業部環境質量監督檢驗測試中心、農業部轉基因生物生態環境安全監督檢驗測試中心的日常工作。本所還主辦有全國性學術類科技期刊《農業環境科學學報》和綜合指導類科技期刊《農業環境與發展》。中國農業生態環境保護協會掛靠在本所。
全所占地面積3萬平方米，擁有14000平方米的實驗大樓，1600平方米的溫室、網室、樣品處理室等實驗輔助用房。擁有ICP-MS、氣/質聯用儀、氣譜、液譜、原子吸收等大中型精密儀器80多台（套）件。
本所主要優勢領域涵蓋了土壤、水體和農產品污染防治，農業生態環境監測與風險評估，生物多樣性與生態農業，農業廢棄物資源化利用，轉基因生物生態環境安全，農業環境相關標準，氣候變化與農作物適應性等研究，以及建設項目和規劃環境影響評價、農業環境及農產品質量委託檢測、污染事故技術鑑定和仲裁、農業環境管理相關決策諮詢與服務等。
建所以來，先後主持承擔國家、省部級科研項目400餘項，取得成果250多項，其中獲國家和省部級獎勵70多項。獲得國家專利29項。在國內外學術刊物發表論文700餘篇，出版著作42部。
