歷史沿革
成立背景
1970年12月26日，周恩來總理接見農林、衛生、外交等部門主要負責人時說：“我們不要做超級大國，不能不顧一切，要為後代著想。對我們來說，工業‘公害’是個新課題。工業化一搞起來，這個問題就大了。農林部應該把這個問題提出來。農業又要空氣，又要水”。
1971年8月，原中國農林科學院生物所（原715所，河南洛陽新安縣）成立了“防公害”研究組，開始從事防公害研究。
1972年，在“防公害”研究組基礎上成立以防公害為主要任務的第四研究室。
1973年，第四研究室更名為農業環保研究室。
建成發展
農業部環境保護科研監測所1979年3月，農業部給國家農委、計委、科委和國務院呈報了“關於調整農業生物研究所方向、任務和建立農業部環境保護科研監測所、全國動物檢疫所的請示報告”。4月12日，經李先念、余秋里批准，即在原中國農科院生物研究所環保室基礎上籌建農業部環境保護科研監測所，原址在河南省洛陽地區新安縣。5月，經國務院批准，商得天津市同意農業部環境保護科研監測所在天津籌建，並成立建所工作領導小組和基建辦公室。5月14日，農業部宣布農業部環境保護科研監測所在天津成立，為農業部直屬科研單位。
1979年5月，農業部環境保護科研監測所直屬農業部領導。
1983年，設立了農業部農業環境監測中心站。
1997年4月，農業部環境保護科研監測所歸中國農業科學院管理。
1999年，農業部環境保護科研監測所開始招收研究生。
2002年，被科技部、財政部、中編辦批准為非營利性科研機構。
2013年11月，入選中國農業科學院科技創新工程第二批試點研究所。
2016年，被國家外專局授牌建立“農業面源污染監測及防治技術”國家引進國外智力成果示範推廣基地。
科研條件
人員編制
截至2015年11月，農業部環境保護科研監測所在職職工129人，其中科技人員123人，具有高級專業技術職務的人員62人，博碩生導師42人。引進海外高層次人才1人，中國科學院百人計畫人才1人，農業部農業科研傑出人才2人，中國農科院“青年英才計畫”引進人才2人，天津市“131”創新人才工程第1層次6人，天津市青年拔尖人才1人，天津市創新人才推進計畫“青年科技優秀人才1人，“科研英才培育工程”院級入選者1人，“科研英才培育工程”所級入選者2人。
海外高層次人才引進計畫：翁莉萍
新世紀優秀人才支持計畫：漆新華
中國科學院百人計畫：侯彥林
中國農科院青年英才計畫：漆新華 、李永濤
農業部農業科研傑出人才：徐應明
| 創新團隊名稱 | 首席專家 |
| 養殖業污染防治創新團隊 | 張克強 |
| 農業生物多樣性與生態安全創新團隊 | 任天志 |
| 重金屬生態毒理創新團隊 | 劉仲齊 |
| 農田重金屬污染修復創新團隊 | 徐應明 |
| 環境危害因子風險評估創新團隊 | 周其文 |
| 產地環境監測與預警創新團隊 | 李玉浸 |
| 鄉村環境建設創新團隊 | 鄭向群 |
| 農業環境數據挖掘與信息化創新團隊 | 侯彥林 |
| 農田有機污染生物消減創新團隊 | 李永濤 |
研究部門
截至2016年底，農業部環境保護科研監測所共建立22個科技研究平台，其中有農業部環境監測總站、2個國家級示範基地、7個農業部創新平台、5箇中國農科院創新平台、2個研究所級管測試驗站、3個天津市創新平台、3個國際聯合實驗室等，設有農業環境污染修復研究中心、農業環境監測與預警研究中心、農業生態與環境治理研究中心3個領域中心以及農業生態環境及農產品質量安全司法鑑定中心。
農業部環境保護科研監測所國家級示範基地：國家引進國外智力成果示範推廣基地、國家農業科技集成創新與產業化示範基地
農業部創新平台：農業部產地環境污染防控重點實驗室、農業部農產品質量安全環境因子控制重點實驗室、農業部農產品質量安全風險評估實驗室、農業部城市污水處理後灌溉農田安全控制實驗室、農業部環境質量監督檢驗測試中心（天津）、農業部轉基因生物生態環境安全監督檢驗測試中心（天津）、農業部大理農業環境科學觀測實驗站
中國農科院創新平台：中國農科院農產品質量安全風險評估實驗室、中國農業科學院農業環境與農產品安全重點開放實驗室、中國農科院大理農業生態環境重點野外科學觀測試驗站、中國農科院湘潭綜合實驗基地、中國農業科學院武清轉基因生物農田生態系統影響野外科學觀測試驗站
研究所級管測試驗站：彭州農產品產地環境野外科學觀測試驗站、藁城農業生態環境野外科學觀測試驗站
天津市創新平台：天津市規模畜禽養殖場環境污染控制技術工程中心、天津市農田生態與環境修復技術工程中心、天津市農業環境與農產品安全重點實驗室
國際聯合實驗室：中瑞農業和環境技術聯合實驗、中芬農業環境技術聯合實驗室、中新生物炭與農業環境聯合實驗室
設備資源
截至2017年1月，農業部環境保護科研監測所擁有大型儀器設備80多台（套）。
農業部產地環境污染防控重點實驗室在“十二五”期間購置各類儀器設備68台套，總價值達2755萬元。擁有底本底伽馬能譜儀、超高效液相色譜儀/四極桿/飛行時間串聯質譜儀、ICP-MS、氣/質/質聯用儀、液/質/質聯用儀、氣/質聯用儀等大型儀器100多台套；截至2017年1月，擁有14000平方米的實驗大樓，1600平方米的溫室、網室、樣品處理室等實驗輔助用房，25000餘平方米的其它公用設施等。
截至2017年1月，農業部環境質量監督檢驗測試中心（天津）擁有液相色譜-四級桿串聯飛行時間質譜儀、氣相色譜-四級桿飛行時間質譜聯用儀、電感耦合電漿質譜儀等大中型儀器設備50餘台套，儀器設備總值3500萬以上； 農業部轉基因生物生態環境安全監督檢驗測試中心（天津）配備有轉基因成分檢測和環境安全檢測專用儀器設備，包括實時螢光PCR儀、梯度PCR儀、酶標儀、洗板機、蛋白質純化儀、GC/MS、超微量分光光度計、攜帶型昆蟲采吸器等主要儀器設備40餘台（套）。
截至2017年1月，天津市規模畜禽養殖場環境污染控制技術工程中心擁有ICP-MS、氣/質/質聯用儀、液/質/質聯用儀、氣/質聯用儀、原子吸收、攜帶型光合儀（LI-COR）、定量PCR儀、凝膠成像系統、紫外分光光度計、顯微鏡、凱氏定氮儀、變性梯度凝膠電泳系統、電泳儀、酶標儀、蛋白電泳系統、蛋白雙向電泳系統、土壤總有機碳（TOC）測定儀以及其它常規實驗儀器等大中型精密儀器100多台套； 天津市農田生態與環境修復技術工程中心購置了ICP-MS、流動分析儀、紅外光譜儀、植物生長監測系統、氣譜、液譜、原子吸收、攜帶型光合儀（LI-COR）、凝膠成像系統、顯微鏡、電泳儀及其它常規實驗儀器等大中型精密儀器30多台套，固定資產總值達400萬元。
科研成就
研究成果
截至2015年11月，農業部環境保護科研監測所先後主持承擔國家、省部級縱向類科研項目600餘項，取得成果300餘項，其中獲國家和省部級獎勵100餘項，獲得國家授權專利50項。在國內外學術刊物發表論文1800餘篇，主編或副主編出版著作50餘部。
| 獲獎成果名稱 | 獎勵類別 | 獎勵種類與等級 | 主持/參加 |
| 退化草原植被恢復與重建關鍵技術與模式 | 省部級獎 | 全國農牧漁業豐收獎二等獎 | 主持 |
| 重金屬污染產地葉菜類蔬菜安全生產關鍵技術示範與套用 | 省部級獎 | 全國農牧漁業豐收獎二等獎 | 主持 |
| 作物秸稈高效炭化還田關鍵技術研究與套用 | 省部級獎 | 天津市科技進步獎二等獎 | 主持 |
| 奶牛養殖提質增效技術集成示範與推廣 | 省部級獎 | 全國農牧漁業豐收獎一等獎 | 參加 |
| 集約化農田畜禽糞便安全高效消納技術示範與推廣 | 省部級獎 | 天津市科技進步獎三等獎 | 參加 |
| 世界各國食品中污染物限量查詢系統 | 地表水中水體溫度對藻類生長的限制函式計算系統 | 平衡法墒情診斷與預報軟體V1.0 |
| 大氣氮磷沉降對農田面源污染影響分析系統 | 地表水中營養物質對藻類生長的限制函式計算系統 | 墒情診斷和預報軟體（基於降水量和前期含水量統計模型）V1.0 |
| 基於營養、光照、水溫綜合因素的地表水中藻類生長速率計算系統 | 鄉村固體廢棄物產排量與理化特徵查詢系統 | 基於土壤含水量變化與降水量和前期土壤含水量的統計模型墒情預測軟體V1.0 |
| 地表水中光照強度對藻類生長的限制函式計算系統 | 土壤、葉菜、昆蟲食物鏈鎘傳遞評估系統 | 馬鈴薯晚疫病與氣溫關係分析系統V1.0 |
| 農田退水氮磷污染特徵計算系統 | 湖泊（水庫）水體營養狀態等級（雙參數版）評價系統 | 馬鈴薯晚疫病與濕度關係分析系統V1.0 |
| 土壤殘留肥料氮素去向計算系統 | 水稻施肥軟體V1.0 | 省級土壤重金屬分析軟體V1.0 |
| 植物籬控制坡耕地氮磷流失效應分析系統 | K模型法墒情診斷和預報軟體V1.0 | 冬小麥生態平衡施肥軟體V1.0 |
| 著作名稱 | 作者 | 種類 |
| 環境友好型農業國際經驗借鑑 | 趙潤，張克強，渠清博（學）， 杜會英，高文萱，任天志 | 編著 |
| 鄉村環境保護典型技術與模式 | 丁永禎，鄭向群，師榮光，陳昢圳 | 編著 |
| 東南地區畜禽養殖污染治理技術指南 | 張克強，杜連柱 | 編著 |
| 農產品產地安全信息管理系統數據字典 | 李玉浸，安毅，霍莉莉，秦莉， 林大松，王偉，王迪，譚炳昌 | 編著 |
| 集約化畜禽規模養殖污染防治技術與政策研究進展 | 張克強，王風，杜連柱，杜會英，李佳佳， 楊鵬，沈豐菊，沈仕洲，張愛，趙潤， 高文萱，梁軍鋒，程波，翟中葳 | 編著 |
| 《畜禽養殖糞便處理與綜合利用技術》系列叢書“畜禽養殖糞便處理與綜合利用技術——種養結合模式” | 趙潤，張克強，渠清博（學）， 杜會英，高文萱，任天志 | 編著 |
| 入侵雜草防控技術進展 | 楊殿林 | 編著 |
| 農業清潔生產與農村廢棄物循環利用研究 | 張克強，杜會英 | 專著 |
| 類別 | 名稱 |
| 實用新型 | 一種規模化奶牛場擠奶廳消毒酸鹼廢液處理裝置 |
| 實用新型 | 物種敏感性分布法實驗反應裝置 |
| 實用新型 | 一種生態溝渠系統 |
| 實用新型 | 一種牛糞分離預處理系統 |
| 實用新型 | 一種沼液混合灌溉一體化裝置 |
| 實用新型 | 跌水曝氣反應裝置 |
| 實用新型 | 水沖糞式糞污種養一體處理裝置 |
| 實用新型 | 一種牛糞纖維渣或作物秸稈短纖維快速烘乾設備 |
| 實用新型 | 一種固液兩階段厭氧發酵裝置 |
| 實用新型 | 一種易於恢復型生態田埂用磚組件 |
| 實用新型 | 一種土壤環境監測信息自動採集及分析系統 |
| 實用新型 | 基於無線通訊的土壤環境檢測自動採集控制系統 |
| 實用新型 | 基於GSM網路的農業環境檢測自動採集控制系統 |
| 實用新型 | 一種強化脫氮農村生活污水淨化裝置 |
| 實用新型 | 田間灌溉施肥一體化裝置 |
| 實用新型 | 一種用於重金屬檢測用土壤樣品採集器 |
| 實用新型 | 一種保溫樣品採集包 |
| 實用新型 | 一種用於DGT擴散材料製作的恆溫裝置 |
| 實用新型 | 一種土壤樣品前處理的四等縮分裝置 |
| 實用新型 | 一種計量微量氣體的裝置 |
| 實用新型 | 一種田間耕作層土壤展示裝置 |
| 實用新型 | 一種土壤污染修復材料撒施設備 |
| 實用新型 | 奶牛養殖運動場污水分離系統 |
| 實用新型 | 一種農村生活污水淨化裝置 |
| 發明專利 | 新型巴弗洛黴素其提取微生物和提取方法 |
| 發明專利 | 果糖一步水熱合成碳微球固體酸用於催化纖維素水解 |
| 發明專利 | 一種鎘重度污染稻田稻米安全生產的方法 |
| 發明專利 | 一種基於殼聚糖的吸附六價鉻的吸附劑的製備方法 |
| 發明專利 | 一種利用實驗室微量氣體計量裝置的計量方法 |
| 發明專利 | 一種鏈黴菌正向突變株篩選方法 |
學術期刊
•《農業環境科學學報》（Journal of Agro-Environment Science）
《農業環境科學學報》《農業環境科學學報》是農業生態環境領域的全國性學術類科技期刊，由農業部環境保護科研監測所和中國農業生態環境保護協會聯合主辦，主要刊登農業生態環境領域具有創新性的研究成果，包括新理論、新技術和新方法。被中文核心期刊、中國科學引文資料庫核心期刊（CSCD）、中國科技核心期刊、俄羅斯《文摘雜誌》（AJ）來源期刊、美國《化學文摘》（CA）來源期刊、英國《農業與生物科學研究中心》（CABI）來源期刊、美國《劍橋科學文摘（自然科學版）》（CSA（Natural Science））來源期刊、美國《史蒂芬斯資料庫》（EBSCO）來源期刊、《日本科學技術振興集團（中國）資料庫》（JST China）來源期刊、美國《烏利希期刊指南（網路版）》（Ulrichsweb）來源期刊等收錄；被評為中國精品科技期刊、中國國際影響力優秀學術期刊、中國權威學術期刊、全國農業期刊金犁獎學術類期刊一等獎、全國優秀資源期刊、天津市優秀期刊、天津市一級期刊。
•《農業資源與環境學報》（Journal of Agricultural Resources and Environment）
《農業資源與環境學報》《農業資源與環境學報》是由農業部主管，農業部環境保護科研監測所、中國農業生態環境保護協會聯合主辦的全國性學術類科技期刊，主要報導和交流農業資源、農業環境等領域的新理論、新技術、新方法和實踐經驗，為促進農業資源與環境學科發展提供理論技術支持。設有戰略與綜述，土地資源，養分資源，水資源，生物質資源，產地環境與農產品安全，生態農業，生物多樣性保護，鄉村環境，數據挖掘與信息化等主要欄目。被中國科技核心期刊、中國學術文摘資料庫核心版（CSAD）來源期刊、美國《化學文摘》（CA）來源期刊、英國《農業與生物科學研究中心》（CABI）來源期刊、瑞典《開放存取期刊目錄》（DOAJ）來源期刊、美國《史蒂芬斯資料庫》（EBSCO）來源期刊、美國《烏利希期刊指南（網路版）》（Ulrichsweb）來源期刊等收錄。被評為天津市優秀期刊、天津市一級期刊。
人才培養
學科建設
農業部環境保護科研監測所截至2017年1月，農業部環境保護科研監測所擁有學術學位授權一級學科碩士點3個、學術學位授權二級學科碩士點5個、專業學位碩士授權類別1個、專業學位碩士授權領域1個、學術學位授權一級學科博士點2個、學術學位授權二級學科博士點4個。
學術學位授權一級學科碩士點：生態學、環境科學與工程、農業資源與環境
學術學位授權二級學科碩士點：農業生態學、環境科學、環境工程、植物營養學、農業環境學
專業學位碩士授權類別：農業推廣
專業學位碩士授權領域：農業資源利用
學術學位授權一級學科博士點：生態學、農業資源與利用
學術學位授權二級學科博士點：農業生態學、土壤學、植物營養學、農業環境學
教學建設
•情況簡介
截至2015年11月，農業部環境保護科研監測所擁有研究生近100人，共有碩博導師41人；與南開大學、東北農業大學、瀋陽農業大學、華中農業大學、河南農業大學、新疆農業大學、湖南農業大學、山西農業大學、天津農學院、天津理工大學、甘肅農業大學等高校開展聯合培養研究生200多人；與東北農業大學、瀋陽農業大學、華中農業大學、吉林農業大學、雲南農業大學、新疆農業大學等高校簽訂戰略合作協定並開展聯合培養研究生。
截至2017年1月，畢業的碩士研究生有40%的學生進入科研機構，8%的學生進入政府部門，8%的學生進入教學單位，14%的學生進入科技型企業，25%的學生繼續攻讀博士，5%的學生出國留學。
•生活待遇
碩士：在中國農業科學院研究生院學習期間（第1年）研究生院每人每月發放1500元基本生活津貼；在研究所學習期間（共2年）每人每月研究所按時發放1200-1800元助研津貼、研究生院發放800元基本生活津貼，總計2000-2600元/月。
博士：在中國農業科學院研究生院學習期間（半年）研究生院每人每月發放2500元基本生活津貼；在研究所學習期間（共2.5年）每人每月研究所按時發放2300-3300元助研津貼、研究生院發放1000元基本生活津貼，總計3300-4300元/月。
•獎勵體系
農業部環境保護科研監測所設有新生入學成績優異獎（10000元/人）、優秀推免生獎（免三年學費）、推免生獎（免一年學費）、課程學習優秀獎（頒發證書）、中期考核優秀獎（1000元/人）、優秀學生幹部（1000元/人）、社會活動優秀獎（1000元/人）、優秀畢業生（2000元/人）、先進班集體（2000元/班）、志願服務西部和基層單位獎（1000-3000元/人）、研究生學業獎學金（5000-12000元/人（碩士）、8000-15000元/人（博士））、研究生國家獎學金（20000-30000元/人）。
學生獲得全國優秀博士學位論文獎的，獎勵60000元/人，獲得全國優秀博士學位論文提名獎的，獎勵30000元/人，獲得北京市的優秀博士學位論文，獎勵30000元/人，獲得院級的優秀博士學位論文，獎勵20000元；獲得院級優秀碩士學位論文，獎勵10000元，獲得高水平論文獎，獎勵10000元/篇。
監測所還設有大北農勵志獎學金、孟山都”獎學金、天根獎學金、先正達獎學金、三儀獎學金、天邦獎學金、陶氏益農獎學金、“拜耳作物科學”獎學金、“金龍魚”優博獎學金、發展研究獎學金等企業機構獎學金。
國際合作
截至2015年11月，農業部環境保護科研監測所先後與美國、歐盟、加拿大、紐西蘭、芬蘭、瑞典、FAO等國家、國際組織和機構建立了合作和聯繫，是中英可持續農業創新協助網第四工作小組牽頭單位。在循環農業、面源污染防控、農業生態補償、農業清潔生產、農業廢棄物資源化利用等領域開展國際合作與交流、舉辦國際會議。
文化傳統
形象標識
LOGO農業部環境保護科研監測所以灰藍色為底色，中間的圖案是由英文簡稱APEI的藝術圖案形成的。
精神文化
所訓：創新求是，協和篤行
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 黨委書記 | 朱岩 |
| 所長 | 任天志 |
| 副所長 | 周其文 |
