概述
叢書主編陳宜瑜院士，叢書副主編魏江春院士、鄭光美院士、洪德元院士、馬克平研究員，中科院科技促進發展局副局長段子淵、農業科技辦公室常務副主任翟金良，叢書編委會工作組副組長覃海寧研究員、紀力強研究員和姚一建研究員，以及科學出版社負責叢書出版的責任編輯馬俊等參加了會議。會議由陳宜瑜主持。
覃海寧介紹了《中國生物物種名錄》（印刷版）的年度進展。項目2013年年初立項，目前植物、動物和菌物3個課題均進展順利，基本完成了任務書的年度計畫。紀力強介紹了《中國生物物種名錄》電子版的起源、歷史及發展情況。從2007年的試驗版光碟到2008年的正式發布，再到2011年的正式出版發行，電子版收錄的物種數已從最初的4萬多種增加到2013版的7萬多種。中國科學院植物研究所賈渝研究員介紹了《苔蘚植物》一書的內容、格式和編研體會。
年度版本
2016年度版本
中國生物物種名錄2016版共收錄物種及種下單元86575個，其中物種76487個，種下單元10088個。收錄了以下生物類群（物種數，種下單元數）：
動物界： 環節動物門（488，20）、節肢動物門（20247，1858）、腕足動物門（8，0）、苔蘚動物門（197，0）、刺胞動物門（1520，6）、棘皮 動物門（588，9）、螠蟲動物門（11，0）、內肛動物門（8，0）、半索動物門（7，0）、軟體動物門（2302，41）、粘體動物門（39，0）、 線蟲動物門（192，0）、紐形動物門（58，0）、帚蟲動物門（4，0）、多孔動物門（165，7）、星蟲動物門（43，1）、脊索動物門 （6164，1922）。其中，脊索動物門包括無頜綱（8，0）、兩棲綱（416，0）、鳥綱（1373，1791）、狹心綱（4，0）、哺乳綱 （563，115）、魚綱（3337，16）、爬行綱（463，0）。
細菌界：放線菌門（45，0）、擬桿菌門（30，0）、綠細菌門（1，0）、藍細菌門（158，5）、厚壁菌門（48，0）、變形菌門（181，1）。
色素界：硅藻門（1245，406）、卵菌門（264，24）、褐藻門（292，8）。
真菌界：子囊菌門（1753，103）、擔子菌門（1579，41）、壺菌門（12，0）。
植物界：被子植物門（30612，4923）、苔蘚植物門（2576，178）、綠藻門（199，18）、裸子植物門（246，78）、蕨類植物門（2401，201）、紅藻門（496，12）。
原生動物界：變形蟲門（359，15）、絲足蟲門（3，0）、領鞭毛蟲門（1，0）、纖毛門（497，1）、雙鞭毛蟲門（253，50）、滲養門（3，0）、放射蟲門（537，10）。
病毒：雙鏈DNA病毒（368，27）、雙鏈RNA病毒（35，26）、單股負鏈RNA病毒（51，12）、單股正鏈RNA病毒（131，56）、逆轉錄病毒DNA或RNA（5，0）、反轉錄病毒（25，9）、單鏈DNA病毒（36，20）、類病毒（4，0）。
與2015版比較，主要有以下變更：
動物界： 首次收錄了節肢動物門蛛形綱中氣門目和前氣門目，分別新增55和1251個物種及種下單元。昆蟲綱下新增半翅目，新增566個物種及種下單元、553個同 物異名；新增同翅目，新增278個物種及種下單元、279個同物異名；鞘翅目新增668個物種及種下單元、325個同物異名；鱗翅目新增113個物種及種 下單元、45個同物異名。脊索動物門下兩棲綱新增6個物種及種下單元；爬行綱新增48個物種及種下單元。
色素界：卵菌門新增81個物種及種下單元、56個同物異名。
真菌界：首次收錄了壺菌門，新增12個物種及種下單元。
植物界：被子植物門新增201個物種及種下單元，裸子植物門新增1個物種及種下單元，蕨類植物門新增8個物種及種下單元。
2015年度版本
中國生物物種名錄2015版共收錄物種及種下單元83290個，其中物種73255個，種下單元10035個。收錄了以下生物類群（物種數, 種下單元數）：
動物界：環節動物門（488，20）、節肢動物門（17362，1811）、腕足動物門（8，0）、苔蘚動物門（197，0）、刺胞動物門（1518，12）、棘皮動物門（588，9）、螠蟲動物門（11，0）、內肛動物門（8，0）、半索動物門（7，0）、軟體動物門（2302，41）、粘體動物門（39，0）、線蟲動物門（192，0）、紐形動物門（58，0）、帚蟲動物門（4，0）、多孔動物門（165，7）、星蟲動物門（43，1）、脊索動物門（6098，1934）。其中，脊索動物門包括無頜綱（8，0）、兩棲綱（410，0）、鳥綱（1373，1791）、狹心綱（4，0）、哺乳綱（563，115）、魚綱（3337，16）、爬行綱（403，12）。
細菌界：放線菌門（45，0）、擬桿菌門（30，0）、綠細菌門（1，0）、藍細菌門（158，5）、厚壁菌門（48，0）、變形菌門（181，1）。
色素界：硅藻門（1245，406）、卵菌門（194，13）、褐藻門（292，8）。
真菌界：子囊菌門（1753，103）、擔子菌門（1579，41）。
植物界：被子植物門（30423，4911）、苔蘚植物門（2576，178）、綠藻門（199，18）、裸子植物門（245，78）、蕨類植物門（2394，200）、紅藻門（496，12）。
原生動物界：變形蟲門（359，15）、絲足蟲門（3，0）、領鞭毛蟲門（1，0）、纖毛門（497，1）、雙鞭毛蟲門（253，50）、滲養門（3，0）、放射蟲門（537，10）。
病毒：雙鏈DNA病毒（368，27）、雙鏈RNA病毒（35，26）、單股負鏈RNA病毒（51，12）、單股正鏈RNA病毒（131，56）、逆轉錄病毒DNA或RNA（5，0）、反轉錄病毒（25，9）、單鏈DNA病毒（36，20）、類病毒（4，0）。
與2014版比較，主要有以下變更：
動物界：首次收錄了節肢動物門蛛形綱疥蟎目，新增616個物種及種下單元。昆蟲綱下雙翅目新增579個物種及種下單元、957個同物異名；鱗翅目更新信息990個物種及種下單元；直翅目新增86個物種及種下單元、1個同物異名，更新信息7個物種。脊索動物門下兩棲綱無尾目新增62個物種及種下單元，更新信息250個物種及種下單元；有尾目新增28個物種及種下單元，更新信息43個物種及種下單元。
色素界：首次收錄了卵菌門，新增207個物種及種下單元、122個同物異名。
真菌界：首次收錄了子囊菌門，新增1856個物種及種下單元、2100個同物異名。
植物界：被子植物門新增165個物種及種下單元，更新信息1個物種，蕨類植物門新增3個物種及種下單元。
原生動物界：首次收錄了絲足蟲門和領鞭毛蟲門，分別新增3個和1個物種及種下單元。變形蟲門新增1046個同物異名。
專家建議
與會專家對名錄的定位、分類系統的選擇及內容的編排等方面進行了熱烈討論。會議認為，叢書是在已有電子版基礎上快速、實時更新的一套書，是對分類學發展的階段性總結，彌補了“三志”編研周期長的不足；物種是名錄的核心，應在大多數專家認可且相對穩定的分類系統的基礎上，為公眾提供儘可能準確全面的物種名稱及分布；植物卷科內屬的排列原則上採用Flora of China的系統，若某個科擬採用其它分類系統時，需徵得副主編同意；總名錄應5年更新1次，以便及時反映最新的研究成果；各分冊應根據不同類群的發展情況，10-15年更新1次。
陳宜瑜指出，該叢書是為使用者提供的工具，書中呈現的應是已獲公認的結果；物種的異名和分布都非常重要，要慎重對待。來源可靠的重要異名均要收錄，且物種的分布必須核實，並儘量列出新分布區引用的文獻；要保證叢書在一定階段內的科學性，並明確資料截止時間；加強對叢書的宣傳，號召一線分類學家參與工作，支持叢書的編輯。
段子淵充分肯定了編研叢書的重要意義，並表示科技促進發展局將繼續大力支持叢書的編寫工作。
會議是繼2012年4月第一次主編、副主編會議後召開的第二次會議，總結了前期工作中的經驗和不足，重申了叢書的定位和編寫原則，明確了今後叢書編研的工作方向。
