歷史沿革
1958年，在南京成立中華人民共和國水產部長江水產研究所。
1965年9月，研究所由南京遷至湖北省沙市市（現荊州市）。
1970年，研究所更名為湖北省長江水產研究所。
中國水產科學研究院長江水產研究所1978年，研究所更名為國家水產總局長江水產研究所。
1982年，研究所更名為中國水產科學研究院長江水產研究所沙市分所。
1984年，定名為中國水產科學研究院長江水產研究所。
2005年，農業部同意長江所在武漢設立研究中心。
2010年8月，人力資源和社會保障部、全國博士後管理委會批准長江水產研究所設立博士後科研工作站。
2011年初，長江所武漢研究中心落成投入使用，當年3月長江所完成了科研主體由荊州向武漢的搬遷。
2013年，中國水產科學研究院長江水產研究所獲批設立博士後創新崗位1個。
2018年1月，中國水產科學研究院長江水產研究所重慶台站環境分析實驗室正式投入使用。
科研條件
人員編制
中國水產科學研究院長江水產研究所據2018年1月研究所官網顯示，長江所實有工作人員249人，其中編制內181人、編制外68人；共有專業技術人員149人，其中有研究員18人、副研究員29人、助理研究員84人；擁有博士學位47人、碩士學位47人、大學本科50人；有農業部農業科研傑出人才1人及團隊1個、中國水產科學研究院首席科學家2人、國務院政府特殊津貼享受者12人、湖北省人民政府特殊津貼享受者4人、湖北省新世紀高層次人才工程二層次以上人選3人。
農業部農業科研傑出人才：艾曉輝
農業科研傑出人才及其創新團隊：水產動物藥理與藥殘控制技術創新團隊
中國水產科學研究院漁業保護與資源利用領域首席科學家：危起偉
中國水產科學研究院水產病害研究領域首席科學家：曾令兵
國務院政府特殊津貼享受者：雍文岳、楊德國、潘光碧、寧宗德、魯大椿、左文功、翟良安、黃忠志等
研究部門
據2018年1月研究所官網顯示，長江所擁有1個農業部重點實驗室、1個農業部監督檢驗測試中心、1個農業部重點野外科學觀測試驗站、1個農業部生態環境監測中心、1個農業部監測站、1個農業部放流中心、1箇中國水產科學院重點開放實驗室，設有的荊州基地擁有窯灣實驗場、太湖試驗場，設有水產種質資源保存與良種選育中心，全國水產標準化技術委員會淡水養殖分技委秘書處掛靠在研究所。
農業部重點實驗室：農業部淡水生物多樣性保護重點實驗室、農業部長江流域水生動物疫病重點實驗室
農業部監督檢驗測試中心：農業部淡水魚類種質監督檢驗測試中心
農業部重點野外科學觀測試驗站：農業部長江中上游漁業資源環境重點野外科學觀測試驗站
農業部生態環境監測中心：農業部長江中上游漁業生態環境監測中心
農業部監測站：農業部長江中上游漁業資源監測站
農業部放流中心：農業部中華鱘保育和增值放流中心
中國水產科學院重點開放實驗室：中國水產科學院淡水生態與健康養殖重點開放實驗室
機構設定設備資源
•設備儀器
據2018年1月研究所官網顯示，農業部淡水魚類種質監督檢驗測試中心擁有固定資產近2500萬元，配備檢測儀器設備150多台（套），其中包括高效液相色譜儀、超高壓液相色譜儀、液相-質譜聯用儀、氣相色譜儀、氣相-質譜聯用儀、原子吸收分光光度計、胺基酸分析儀、多功能生化分析儀、紫外分光光度計、螢光分光光度計、酶標儀、鏇光儀、紅外分光光度計、水分測定儀、定氮儀、多用電泳儀、雙波長溥層掃瞄器、高速離心機、電子天平、真空抽提器等。
國際合作
據2018年1月研究所官網顯示，長江所與美國、日本、捷克、新加坡等30多個國家的科研和教學機構建立了合作關係；為古巴、孟加拉等10多個國家提供了技術援助。
科研成就
研究成果
•成果綜述
據2018年1月研究所官網顯示，長江所先後承擔各類科研項目700多項，獲得各類科研成果170多項，其中，國家級獎勵10項，省部級獎勵91項；“十一五”以來，主持承擔各類科研項目673項，其中國家自然科學基金21項，973計畫1項，863計畫2項，國家科技支撐計畫13項，國家科技基礎性工作專項1項，科技基礎條件平台專項2項，科研院所社會公益研究專項3項，國家現代農業產業技術體系4項，公益性行業（農業）科研專項12項，農業結構調整專項3項，跨越計畫1項；契約總經費約3.1億元；獲得省部級以上科技獎勵19項；發表論文800多篇，其中SCI/EI論文289篇；獲得專利授權100多項，其中發明專利36項。
•獲獎項目
研究所“鯉魚雜交一代優勢利用的研究”獲得全國科學大會獎；“草魚出血病防治技術研究”獲國家科技進步獎；“中華鱘物種保護技術研究”、“魚類胚胎及精子超低溫冷凍保存”分獲國家科技進步二等獎、國家發明二等獎。
•成果推廣
長江所在淡水魚類基礎生物學、資源保護、育種和養殖、營養與飼料、病害防治等方面形成了技術積累，所從事的中華鱘、鰣魚、大鯢、胭脂魚等瀕危水生動物的生物學、資源保護和繁殖等研究的技術方法處於中國內外領先水平；大口鮎高效規模化人工育苗、克氏原螯蝦稻田規模化養殖、淡水池塘養殖生態工程等技術以及選育新品種“長豐鰱”的推廣和套用都取得了社會與經濟效益。
學術期刊
淡水漁業《淡水漁業》1971年創辦，以報導科學實驗和生產試驗為主要特色，重點報導科研成果與科研動態，促進國內外學術交流，為教學與科研服務，為人才培養服務。主要刊登漁業生物技術、漁業資源、漁業設施、漁業環境保護、水產養殖與增殖、漁業生物病害、水產品加工與綜合利用等方面的科學實驗和生產試驗報告，少量刊登研究簡報和綜述。該刊被中國科學引文資料庫（CSCD）核心庫收錄，是中文核心期刊、中國科技論文統計源核心期刊（中國科技核心期刊），曾獲全國優秀學術期刊、全國優秀農業期刊、全國優秀水產期刊等榮譽。
人才培養
學科建設
據2018年1月研究所官網顯示，長江所設有一個博士後科研工作站，與華中農業大學、西南大學、上海水產大學、江西農業大學、四川農業大學、昆明理工大學、重慶師範大學、中國科學院水生生物研究所等院校和科研院所聯合培養研究生。
博士後科研工作站：中國水產科學研究院長江水產研究所博士後科研工作站
教學建設
據2018年1月研究所官網顯示，長江所共有博士生導師3人、碩士生導師20人。
截至2012年7月，長江所聯合培養碩士研究生共畢業133人；2013年，共聯合培養碩士研究生畢業24人。
文化傳統
形象標識
所徽研究所所徽上印有英文簡稱YFI，整體為一隻魚頭的藝術圖案，下方的波浪形也寓意為長江。
文化精神
研究所宗旨：立足科研、提升創新能力，拓展空間、支撐行業發展
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長、黨委副書記 | 鄒桂偉 |
| 黨委書記、副所長 | 陳大慶 |
| 副所長、黨委委員 | 曹經曄 |
| 副所長 | 肖漢兵 |
歷任領導
| 屆次 | 姓名 | 職務 | 任期 |
| 第一屆 | 陳椿壽 | 所長 | 1958.11-1965.04 |
| 周方 | 副所長（主持工作） | 1958.11-1965.04 | |
| 孫俠夫 | 黨支部書記 | 1958.11-1965.04 | |
| 第二屆 | 周方 | 第一副所長（主持工作) | 1965.04-1966.01 |
| 孫俠夫 | 黨支部書記兼行政副所長 | 1965.04-1966.01 | |
| 第三屆 | 程立春 | 黨委書記 | 1966.01-1972. |
| 第四屆 | 劉英 | 黨委副書記（主持工作） | 1972.-1974. |
| 第五屆 | 段魁 | 黨委書記 | 1974.-1979.02 |
| 第六屆 | 周方 | 領導小組組長 | 1979.02-1979.05 |
| 第七屆 | 田國安 | 黨委書記 | 1979.05-1981.02 |
| 第八屆 | 傅朝君 | 所長 | 1983.03-1989.07 |
| 梁祖德 | 黨委書記 | 1983.03-1989.07 | |
| 第九屆 | 寧宗德 | 所長 | 1989.07-1993.10 |
| 第十屆 | 寧宗德 | 所長 | 1993.10-1996.02 |
| 第十一屆 | 柯福恩 | 所長、黨委書記 | 1996.02-1999.10 |
| 第十二屆 | 余來寧 | 所長 | 1999.10-2002.03 |
| 曾一本 | 黨委書記 | 2001.07-2002.03 | |
| 第十三屆 | 曾一本 | 黨委書記、副所長 | 2002.03-2004.08 |
| 第十四屆 | 張顯良 | 所長、黨委書記 | 2004.08-2007.09 |
| 第十五屆 | 鄒桂偉 | 所長、黨委副書記 | 2007.09－2012.07 |
| 鄭志靈 | 黨委書記、副所長 | 2007.09－2012.07 |
