岩溶所設定有國土資源部岩溶動力學重點實驗室、區域岩溶研究中心、岩溶資源與環境研究中心、岩溶生態研究中心、岩溶地質災害岩溶景觀與洞穴旅遊研究中心、岩溶工程研究中心、岩溶探測技術與方法研究中心、環境地球化學研究測試中心和岩溶地質信息中心等十個研究機構,分別從事岩溶動力學與全球變化下的資源和環境、區域岩溶、岩溶生態系統及石漠化治理。岩溶資源評價與開發利用、岩溶災害防治與環境保護、岩溶旅遊等領域的研究和岩溶區地下探測技術與方法、遙感和地理信息系統套用研究及相關軟體的設計與開發。
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