發展歷史
初創
1996年2月，經海南省政府批准，海南南海研究中心成立。但由於當時條件所限，研究中心成立之初，只是掛靠在海南省外辦新聞處的一個內設研究機構，沒有編制、沒有專職研究人員，僅有一塊鋼鐫的牌子、一張手繪的北部灣地圖和一台電腦，呆在當時不足20平米的辦公室里。
定編
隨著南海問題逐步升溫，其學術研究的重要性越來越得到有關方面的重視。2002年，得到4個專職編制。但國內南海研究隊伍“老、散、偏”(即研究隊伍老化、力量分散、偏重歷史學科)的問題並未得到根本改觀。
升格
2004年7月8日，經國務院批准，海南南海研究中心正式更名為中國南海研究院，升格為正廳級事業單位，在政策和業務上接受外交部和國家海洋局的指導。
擴展
2013年1月，研究院成立“中國南海研究院北京分院”。
組織結構
研究院下設“四所”、“一部”、“一辦”、“一分院”、““一基金會”：
“四所”
海洋法律與政策研究所：研究國際國內海洋法律、政策與實踐；南海史地、法理與爭端解決機制；周邊國家的南海政策及取向。
海洋經濟研究所：研究國際海洋經濟發展戰略及體制；南海資源的開發、利用與保護；地方海洋經濟發展規劃與保障機制。
海洋科學研究所：研究國際海洋科學領域的動態與進展；海洋劃界中的科學問題；南海資源環境評價及數位化南海開發與管理。
海上絲綢之路研究所：研究21世紀“海上絲綢之路”建設的總體戰略規劃；中國—東協總體關係；海洋地緣政治和經濟。
“一部”
對外交流部：負責科研管理、開展與國內外學術機構的學術交流，承辦各類學術會議，編輯出版學術成果等工作。
“一辦”
辦公室：負責行政事務及人事、日常文秘、財務、後勤管理等工作。
“一分院”
中國南海研究院北京分院。
“一基金會”
海南南海研究基金會。
主要職能
中國南海研究院的主要職能是開展以南海為專門研究對象的研究活動並從事相關學術交流的。已經形成系統的涉南海和海洋問題研究領域。其研究領域包括：
南海戰略；
南海史地；
南海地緣政治及周邊國家的南海政策；
國際法與南海爭端；
和平解決南沙爭端的對策研究；
南海資源開發利用與環境保護；
海洋經濟發展戰略及體制機制研究和21世紀“海上絲綢之路”建設；
培養和儲備解決南海問題和從事海洋科學研究的專門人才。
泛南海經濟合作與海南自由貿易區（港）建設等。
研究成果
出版物有：《南沙爭端的起源與發展》、《中國視角：解決南海爭端，推進地區合作發展》（Solving Disputes for Regional Cooperation and Development in the South China Sea: A Chinese perspective）、《中菲南海仲裁案》（Arbitration Concerning the South China Sea: Philippines versus China）、《南沙爭端的起源與發展（日文版）》（中國と南沙諸島紛爭-問題の起源、経緯と「仲裁裁定」後の展望，花伝社）等多部在國內外產生重要影響力的涉南海問題中外文專著，研究人員每年發表數百篇中英論文和政策建議報告，並創立了“數字南海”、“南海文獻專業資料庫”、《南海地區（年度）形勢評估報告》。每年主辦“海峽兩岸南海問題民間學術論壇”和博鰲亞洲論壇南海議題分論壇等若干涉南海和海洋問題的國內國際學術會議。中國南海研究院已經成為我國研究南海問題的重要基地和重要智庫。
