歷史沿革
中國水產科學研究院南海水產研究所成立於1953年3月。
1957年，南海水產研究所圖書館建立。
20世紀70年代末期，漁業生物病害防治研究室開始創建。
1979年，中國水產科學研究院南海水產研究所熱帶水產研究開發中心創建。
1985年，依託中國水產科學研究院南海水產研究所，農業部南海區漁業生態環境監測中心成立。
1997年12月，在中國水產科學研究院南海水產研究所的基礎上籌建農業部漁業環境及水產品質量監督檢驗測試中心（廣州），2002年11月通過國家計量認證和農業部審查認可首次評審，2003年2月26日正式獲得批准（中華人民共和國農業部公告第250號）並正式成立。
2002年9月，經廣東省科技廳批准，依託中國水產科學研究院南海水產研究所建設廣東省漁業生態環境重點實驗室。
2003年，南海水產研究所網路中心成立。
2009年，南海水產研究所被農業部認定為“國家水產品加工技術研發中心”。
2010年9月，國家人社部批准成立中國水產科學研究院南海水產研究所博士後科研工作站。
2015年，海洋牧場技術重點實驗室研究團隊被評為全國農業科研傑出創新團隊。
2017年9月，廣東省海洋休閒漁業工程技術研究中心依託中國水產科學研究院南海水產研究所建立。
研究所風貌科研條件
人員編制
截至2018年1月，研究所共有在職人員310名，其中，高級研究人員104名，國家級和省、部級有突出貢獻專家10名，享受政府特殊津貼專家24名，中國水產科學研究院首席科學家2名。
國家級有突出貢獻的中青年專家稱號：蒙釗美、曹家錄
農業部有突出貢獻的中青年專家：賈曉平、李卓佳、區又君、林欽、鍾振如、余勉余、曾炳光、何國民
中國水產科學研究院首席科學家：賈曉平、郭根喜
研究部門
研究所風貌截至2018年1月，研究所擁有國家級技術研發中心1個、農業部重點實驗室2個、農業部質量安全風險評估實驗室1個、農業部野外台站1個、農業部研究中心3個、農業部生態環境監測中心1個、農業部質量監督檢驗測試中心1個、農業部創新基地1個、人力資源與社會保障部職業技能鑑定站1個、廣東省重點實驗室1個、廣東省工程技術研究中心4個、中國水產科學研究院重點實驗室2個、中國水產科學研究院工程技術研究中心2個、中國水產科學研究院功能實驗室12個，設有所屬研究室7個、所屬科技支持機構8個、所屬科技企業3個，全國水產標準化技術委員會漁業資源分技術委員會、廣東省水產標準化技術委員會掛靠在研究所。
國家級技術研發中心：國家水產品加工技術研發中心
農業部重點實驗室：農業部南海漁業資源開發利用重點實驗室、農業部水產品加工重點實驗室農業部外海漁業開發重點實驗室
農業部質量安全風險評估實驗室：農業部水產品貯藏保鮮質量安全風險評估實驗室（廣州）
農業部野外台站：農業部南海漁業資源環境科學觀測實驗站
農業部研究中心：農業部南海區海水養殖病害防治研究中心、農業部斑節對蝦遺傳育種研究中心、農業部華南水產品加工與質量安全研究中心
農業部生態環境監測中心：農業部南海區漁業生態環境監測中心
農業部質量監督檢驗測試中心：農業部漁業環境及水產品質量監督檢驗測試中心（廣州）
農業部創新基地：農業部南海水產育種創新基地
人力資源與社會保障部職業技能鑑定站：人力資源與社會保障部農業-164號特有工種職業技能鑑定站
廣東省重點實驗室：廣東省漁業生態環境重點實驗室
廣東省工程技術研究中心：廣東省水產品精深加工及副產物高效利用工程技術研究中心、廣東省網箱工程技術研究中心、廣東省海洋生物種業工程技術研究中心、廣東省海洋休閒漁業工程技術研究中心
中國水產科學研究院重點實驗室：中國水產科學研究院海洋牧場技術重點實驗室、中國水產科學研究院水產種質資源與健康養殖重點開放實驗室
南鋒號中國水產科學研究院工程技術研究中心：中國水產科學研究院水產品加工及綜合利用工程技術研究中心、中國水產科學研究院網箱工程技術研究中心
中國水產科學研究院功能實驗室：海洋環境生物監測技術功能實驗室、漁業生境與濕地生態保護功能實驗室、熱帶水產流行病防控功能實驗室、珍珠貝基因資源發掘與利用功能實驗室、水產品深加工與綜合利用功能實驗室、海洋牧場與資源增殖功能實驗室、海洋珍稀動物保護功能實驗室、熱帶水產種質資源與遺傳育種功能實驗室、海水池塘養殖生態調控功能實驗室、南方淺海養殖生態調控與修復功能實驗室、水產品安全利用與品質評價功能實驗室、設施漁業裝備工程技術功能實驗室
所屬研究室：漁業資源研究室、資源養護與海洋牧場研究室、漁業環境研究室、水產養殖與遺傳育種研究室、漁業工程研究室、漁業生物病害防治研究室、食品工程與質量安全研究室
所屬科技支持機構：漁業信息中心、南海漁業戰略研究中心、調查船基地、深圳試驗基地、熱帶水產研究開發中心（海南）、花都試驗基地、珠海試驗基地、北部灣海洋漁業研究中心（北海）
所屬科技企業： 南海水產研究所科技服務公司、 欣海利生生物科技有限公司、海威水產科技有限公司
設備資源
•設備儀器
截至2018年1月，研究所新建了千噸級海洋漁業科學調查船“南鋒”號、300噸級漁業資源調查船“南鋒2”號。
•館藏資源
標本館
截至2016年12月，研究所海洋漁業生物標本館計有魚類：4綱，37目，256科，738屬，1223種；甲殼類：1綱，2目，17科，389屬，561種；頭足類：1綱，4目，24科，45屬，89種；其他類別：9綱，35目，236科，897屬，1405種；其中，魚類、甲殼類新種模式標本25種。
標本館收藏的標本主要以魚類、甲殼類、頭足類為主，此外還有藻類、珊瑚類、貝類、棘皮類、爬行類、鳥類、哺乳類等，收集海域範圍東至台灣淺海，西至北部灣，南至西、南、中沙群島，少部分為其他海域。既有潮間帶、淺海、河口灣生物，也有深海大洋性種類。
圖書館
截至2012年3月，圖書館基本館藏紙質文獻達6萬多冊、電子圖書2萬多冊；擁有中外文全文網路資料庫12個，包括中國知網、維普、萬方、SpringerLink、ScienceDirect、Wiley、Annual Reviews、ProQuest等，以及ASFA（水科學漁業文摘和海洋文摘）、FSTA（食品科技文摘）、CABI（國際農業與生物科學研究中心）等6個文摘庫。
科研成就
研究成果
截至2018年1月，研究所共承擔3300多項國家級、省（部）級科研項目，取得1800多項科研成果，其中，獲得國家級獎勵16項，省、部級獎勵280多項，突出成果有《四大家魚工繁殖》、《大珠母貝人工育苗與插核珠技術》、《 “南海貽貝觀察”體系的研究》、《廣東省海島水域海洋生物和漁業資源調查》、《鯔魚人工繁殖與育苗技術研究》等。
2013-2017年，研究所承擔包括國家自然科學基金、國家科技支撐計畫、國家863計畫等各類科研項目共1097 項，其中國家級項目72項、省部級項目851項；獲得各級成果獎勵52項次，其中省（部）級一等獎6項、二等獎9項。
學術期刊
南方水產科學《南方水產科學》創刊於2005年，主要報導漁業資源、捕撈技術、漁業設施、漁業環境保護、水產養殖與增殖、漁業生物病害、水產品加工與綜合利用以及水產基礎研究等方面的論文、研究簡報、綜述等。
該刊2008年入選中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊），2011年入選RCCSE中國核心學術期刊以及《中文核心期刊要目總覽》2011年版，2013年入選中國科學引文資料庫（CSCD），2009年以來先後被美國《化學文摘》（CA）、美國劍橋文摘（自然科學版）（CSA）、英國《動物學記錄》（ZR）、英國《食品科技文摘》（FSTA）、英國《國際農業與生物科學研究中心》（CABI）、俄羅斯《文摘雜誌》和波蘭《哥白尼索引》（IC）、DOAJ、JST等多家國際檢索系統收錄。
人才培養
學科建設
據2018年1月研究所官網顯示，研究所擁有1個博士後科研工作站。
博士後科研工作站：中國水產科學研究院南海水產研究所博士後科研工作站
聯合培養
據2018年1月研究所官網顯示，研究所與上海海洋大學、中國農業科學院、華南師範大學等聯合培養研究生。
截至2018年1月，研究所擁有博士生導師6名、碩士生導師57名。2007年，新招碩士研究生24人，在所研究生65人，博士、碩士研究生畢業25人。
文化傳統
形象標識
所徽所徽上波浪線代表著大海，橢圓形和圓點構成了一隻躍出海面的魚。
精神文化
發展方針：堅持產業導向，突出自主創新，加強推廣套用，促進和諧發展
發展目標：一流院所、三個基地
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長、黨委副書記 | 江世貴 |
| 黨委書記、副所長 | 徐竹青 |
| 副所長 | 楊北勝 |
| 副所長 | 李來好 |
| 副所長 | 李純厚 |
| 黨委副書記、紀委書記 | 陳水勝 |
