主要職責
（一）貫徹執行國家有關口岸工作的法律、法規、規章和方針、政策；參與研究起草本市口岸綜合管理地方性法規、規章草案和政策，研究制定口岸綜合管理規範性檔案，並組織實施。
（二）牽頭組織本市口岸對外開放規劃和年度計畫的編報，並組織實施和協調推進。
（三）負責本市口岸新開放、擴大開放、臨時開放以及非開放區域臨時進出等的初審和報批的辦理工作；負責已開放範圍內新建碼頭、航站樓、車站等涉外作業區對外開通啟用的審查、驗收和報批的辦理；負責已開放範圍內臨時接靠的審查和批准。
（四）統籌協調並督促落實口岸查驗配套設施的規劃、設計、投資和建設；協調口岸查驗單位機構設定、人員編制方案的制訂，並按規定程式報批。
（五）負責本市特殊監管區域的查驗配套設施規劃和建設的協調，牽頭組織對新建或擴建特殊監管區域驗收的準備工作，協調推進特殊監管區域的通關及信息化等工作。
（六）負責本市口岸“大通關”協調服務工作，協調推進口岸查驗單位聯動協作，創新監管模式；協調推進口岸信息化建設，提高通關效率，最佳化口岸環境。
（七）協調推進本市口岸與外省市口岸跨區域“大通關”合作以及口岸國際合作交流；參與協調本市口岸安全工作。
（八）歸口協調口岸查驗單位需要地方政府解決的問題；負責協調口岸工作中各有關單位之間的關係和協作配合方面的矛盾，遇有緊急情況作出裁定。
（九）組織開展涉及本市口岸開放和管理重大問題的調查研究，提出解決問題的建議和措施。
（十）負責本市口岸各相關數據的統計分析和對外發布，組織開展本市口岸的對外宣傳工作；組織指導、協調推進本市“文明口岸”共建活動。
（十一）指導上海口岸協會工作，聯繫口岸相關社會中介機構和社會團體。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，上海市口岸服務辦公室設5個內設機構。
（一）綜合處
（二）組織人事處
（三）政策法規處
（四）口岸管理處
（五）通關協調處
根據工作需要，上海市口岸服務辦公室另設3個派出機構，即：上海市口岸服務辦公室洋山辦事處、上海市口岸服務辦公室機場辦事處、上海市口岸服務辦公室浦東辦事處（浦江辦事處）。
