上海六一兒童醫院是滬上一所集醫療、保健、康復、科研、健康宣教和管理為一體的特色專科醫院,設有“六一健康/線上醫院”上海六一分院區、華東地區(兒科)MDT跨院會診基地、大型兒童健康公益項目“六一健康快車”上海醫生工作站,是胡亞美兒童醫學研究院臨床基地,上海市兒童健康基金會“六一天使基金”愛心援助定點醫院,中國“兒童抽動多動症多學科臨床研究聯盟”(國內抽動多動症醫療科研工作者的高水平學術平台)成員。
上海六一兒童醫院主要有:兒科;小兒呼吸專業;小兒神經病學專業;小兒內分泌專業;小兒免疫專業 /兒童保健科;兒童生長發育專業 /皮膚科;皮膚病專業 /醫學檢驗科;臨床體液、血液專業;臨床化學檢驗專業 /中醫科/醫學影像科;X線診斷專業;超聲診斷專業;放射治療專業。