主要職能
(一)研究擬定全縣畜牧業和漁業發展戰略，中長期發展規劃和年度指導性計畫，經批准後組織實施。(二)研究提出全縣畜牧業、漁業發展政策建議，引導產業結構合理調整和資源合理配置；參與研究擬定畜牧業、漁業方面的地方性規範性檔案，並監督實施。
(三)研究制定畜牧業、漁業產業發展規劃；協調組織重大科技項目攻關和科研成果鑑定、開發和利用；預測畜牧業、漁業生產資料、產品供求情況等經濟信息；負責畜牧業、漁業統計及指導行業信息網路建設。
(四)參與制訂地方畜禽品種及其產品、飼料質量標準和獸藥標準，並監督執行；參與制訂漁業各類產品質量標準；負責獸藥藥政、藥檢，承擔獸藥、水產種苗、魚藥、魚用飼料和牧草種子、獸醫醫療機械、飼料藥物添加劑的質量監測和執法監督管理工作；負責畜禽產品、水產品的安全監督。
(五)指導全縣草地資源的保護、牧草基地建設和牧草資源合理開發利用，實施草地監督管理。
(六)負責全縣漁業行政執法監督管理，保護漁業資源；負責漁船檢驗和漁船漁港安全監督管理；負責漁業水域生態環境及水生野生動植物保護。
(七)承擔動物及動物產品檢疫和動物防疫及其監督、監測、預報、發布動物疫情，組織實施動物疫病的控制與撲滅。
(八)按照許可權管理畜牧業、漁業專項資金，提出專項資金安排計畫、組織畜牧業和漁業建設項目的立項、審核和申報工作。
(九)承辦縣委、縣人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，縣畜牧水產局設綜合股、生產計畫股2個職能股。（一）綜合股
1、協助局領導處理日常工作；
2、協調機關各股和局屬單位政務工作；負責起草有關綜合性檔案、報告；
3、負責會議組織、文秘、檔案、信息、保密、信訪、接待、安全保衛等行政事務管理工作；
4、負責局機關及直屬單位的幹部人事管理和承辦選拔、任免、獎懲、勞動工資工作；
5、管理局和局屬單位機構編制、人事管理、專業技術職務評聘、幹部培訓、計畫生育工作；
6、擬定機關規章制度並組織實施。
7、負責機關及局屬單位的各項資金管理、財務監督檢查；
8、負責局屬單位國有資產的管理。
（二）生產計畫股
1、負責擬定畜牧業、漁業經濟發展的行業政策和技術政策，負責編制畜牧業、漁業中長期發展規劃和年度計畫，並監督實施；
2、指導畜牧業、漁業經濟體制改革和經營管理工作以及社會化服務體系建設；
3、負責水生動植物資源利用和保護管理工作；
4、指導畜牧業、漁業生產結構布局調整和資源配置的綜合平衡；
5、研究畜牧水產業市場發展方向和指導措施；
6、組織畜牧業、漁業新品種、新技術、新成果的試驗、示範和推廣，負責畜牧水產業基地建設項目申報，指導管理養殖業病害防治工作；
7、負責全縣畜牧水產業統計工作。
事業單位
動物衛生監督所所長：陳安賢
負責動物防疫監督、動物防疫條件初審和現場審查；核發動物準調證明；監督管理獸醫實驗室活動；依法實施動物及動物產品檢疫監管、動物產品安全監控工作；負責獸藥、獸醫醫療器械的生產經營、使用環節的監督執法工作，實施獸藥抽檢和獸藥殘留監控計畫。
中國漁政上杭縣大隊
站長：李傳春
宣傳、貫徹《漁業法》、《安全生產法》等有關漁業和安全生產的法律、法規；依法查處漁業違法案件和漁業水域污染案件；核發或註銷江河《漁業捕撈許可證》和特種水產品生產、收購、運輸許可證；負責徵收漁業資源費；在省漁港監督局授權範圍內行使漁港監督業務；承辦轄區內44.1千瓦以下漁船的產權登記和船舶登記、漁業船員的考試發證；漁業船員服務薄的簽發；有關港航規費的收取等工作；承擔轄區內主機功率44.1千瓦以下漁業船舶的監督檢驗工作；受理漁業船舶公證檢驗；受委託，參加全市漁業船舶的監督檢驗工作；受委託，執行漁船修造廠、救生筏檢修站的日常監管。
動物疫病預防控制中心
站長：張能貴
實施動物疫病的監測、預警、預報、實驗室診斷、流行病學調查、疫情報告；動物疫病預防的技術指導、技術培訓、科普宣傳；承擔動物產品安全檢測工作；負責動物強制免疫疫苗、動物免疫標識的組織供應。協助臨江鎮政府做好區域內的動物疫病預防與控制工作。
畜牧技術推廣站
站長：藍錫仁
負責畜牧業生產及經濟運行分析；畜禽品種、畜產資源保護；依法承擔種畜禽監督和質量監測工作；畜牧、飼料、牧草的新技術推廣、示範和培訓工作。
水產技術推廣站
站長：溫曉紅
開展名特優新水產良種的引進、推廣，養殖新工藝、新技術的普及推廣；負責水產項目開發，指導無公害水產品基地建設；水產養殖病害的監測、調查、預防、診治和控制工作；指導鄉村水產技人員開展業務工作。
