三明市真菌科研所以真菌開發、套用研究為主要任務,從事真菌的資料調查、分類、遺傳、生理生化、育種馴化、新藥研製、深度加工等的研究。主要活動包括:野生真菌資源調查、開發和菌種分離馴化;優良菌株的選育及高產栽培技術的實驗與推廣;藥用真菌的開發和新藥的研製;真菌病蟲害防治技術研究與套用推廣;保健食品的開發研製和真菌產品學度加工;真菌技術情報資料的收藏、利用;《真菌試驗》、《套用菌物學》的編輯出版。該所主要科研成果和推廣、轉讓及諮詢服務項目有:武夷山、梅花山及全國主要區域的菌類資源調查;灰樹花等野生真菌分離和銀絲草菇、珍珠菇杯覃
人工馴化栽培技術研究;金針菇、香菇、銀耳、黑(毛)木耳、草菇等優良菌株選育及高產栽培技術;食用菌綜合開發;人才培訓;茯苓多糖的研製和維兒康、香菇松等保健食品的開發;天麻密環菌片、銀蜜片、冠脈樂等真菌藥物和150多種近千個品種的真菌優良菌種的供應;科技資料檢索和翻譯等。