Ⅱ型內含子[II型內含子]

主要存在於線粒體中的一類內含子，它的剪接位點類似於核編碼結構基因的內含子，並同樣遵從GT--AG規律。

II型內含子(group II introns)

剪接機理同核內含子的剪接相似,也要形成一個套索的中間體,通過形成5'-2'磷酸二酯鍵將要剪接的位點靠近到一起。但是,II型內含子的剪接又不完全與核內含子的剪接相同,它具有自我剪接的功能,不需要剪接體和snRNA的參與,也不需要ATP供能。從結構上看,II型內含子的6個結構域可形成髮夾環, 結構域5與6之間只間隔3個鹼基,結構域6參與轉酯作用。