分析支持
（一）對分子序列的操作
我們以一個DNA序列為例，進行一系列的常規分析；最後將此DNA序列翻譯成胺基酸序列，並對此胺基酸序列進行各種分析。
A，DNA序列為豬生長激素的cDNA序列，長為761bp。首先使用Vector NTI的Create New命令將此序列導入到Vector NTI的資料庫中：
1，第一種方法：如果只知道序列時，點擊Molecule才選單中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；
2，在出現的“New DNA/RNA Molecule”對話框中，首先在General填入導入序列的名稱——PGH；
3，在DNA/RNA Molecule活頁中，選中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中選Chromosome；
4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;
5，在Sequence and Maps中點擊“Edit Sequence”按鈕，將DNA序列複製後，點“Paste”按鈕-點“OK”－確認後就可以完成序列導入。
B，如果是一個從GenBank上下載的序列檔案，則：點擊 “Molecule” 選單-Open-Molecule files命令，找到序列檔案，在File format中選中GenBank Files；點擊OK。
（二）常規操作
當序列導入完成後，在桌面出現三個視窗，上左側的視窗中顯示的是該序列的常規信息，上右側視窗則以圖形的格式展示序列的特徵區及酶切圖譜等。下面一個視窗顯示的是序列：默認狀態下以雙鏈形式出現，也可以更改為單鏈顯示。
1．選擇序列區域：在圖形區域或序列區域直接拖動滑鼠左鍵，同時在最下端的狀態欄中顯示出所選區域的範圍。
2．刪除：選中後直接點擊鍵盤上的Delete鍵，確認後即可刪除。
3．選中序列片段後，點擊Edit選單，用其中的命令可以完成對此片段的剪下、複製、刪除、定義為新的特徵區和用其它序列來代替等。
4．當點在其一特定位置時，我們也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as
5．當希望序列顯示單鏈時，點擊View – Show Both Strands
（三）常規分析
1．設計PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes：
選中設計引物的模板區或點擊Analyze中的相應命令即可。 需要注意的是，在設計前，首先得將序列存入資料庫中，具體設計由於我們推薦使用Oligo，所以此處不詳述。
2．序列基本信息分析：
選中序列區段後，選Analyze – Oligo Analysis, 在Oligo Analysis對話框中，點擊Analyze按鈕，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、迴文結構及重複序列等基本信息。
3．酶切圖譜分析
點擊Analyze選單中Restriction Sites命令，出現“Restriction Map Setup”對話框，點擊Add按鈕，填入需要分析的位點，不需要的位點也可以選中後點Remove按鈕移除。為了顯示正確，我們可以設定超過一定位點數量的酶不顯示，可以限定分析的區域等。點擊OK後程式自動完成酶切分析。
4．Motif查找
點擊Analyze選單中的Motifs命令，在出現的Motifs Setup對話框中我們可以添加新的Oligo或從Oligo Database和Oligo List中選取；選中後點擊OK按鈕，程式完成Motif的查找，同時給出相似性的百分比。
5．ORF查找
點擊Analyze選單中的ORF命令，在出現的ORF Setup對話框中，填入ORF的最小長度（多少個密碼子）以及其它一些設定後點擊OK，程式自動完成ORF的查找。
6．翻譯
翻譯前選中一個ORF或一個區域，這裡我們希望把pGH cDNA基因完全翻譯成蛋白質，因此選中最長的一個ORF（7－657bp）。點擊Analyze選單中的Translate命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出現的“New Protein Molecule”對話框中給出新蛋白質的名稱後點擊確定，程式完成翻譯並打開一個新的視窗，顯示胺基酸序列。
7．反翻譯
選中胺基酸序列片斷，點擊Analyze選單中的BackTranslate命令，確認是“整個序列”還是“僅為選中的序列”後，即可設定簡併度及組織特異性來完成反翻譯。
（四）圖形操作
對於圖形展示的序列信息，我們可以對圖形進行各種修飾和改動，並最終導出需要的圖形，如果序列是質粒，則可得到質粒圖譜。 我們還是以SSPGH序列為例：
1．激活圖形欄，點擊工具列中的Edit Picture。此時，點擊任意一個需要改動的組件，則滑鼠變為四方向箭頭，按住左側則可以任意拖動其位置。
2．點擊左鍵，選中Properties命令，則在Properties對話框中可以改變文字，字型，連線的粗細和顏色。
3．對於特徵序列，我們還可改變其填充方式，箭頭方向等。
4．加入注釋：點擊工具列中的回形針按鈕，出現Annotation對話框，輸入注釋文字（支持中、英文），如：“這是一個測試Sequence”。點擊確定後，文字就出現在圖示視窗中，同樣可以改變其位置、字型、顏色等。
5．修改完成後，點工具列中的命令，同樣可以到剪貼簿或檔案。
組件
AlignX
運行AlignX後出現四個視窗，從上到下，從左到右分別為序列信息視窗，進化樹視窗，同源比較圖示視窗和序列比較視窗。對於同源比較可以分為兩類：一類是兩個或幾個序列（包括DNA/RNA和蛋白質序列）的比較，此時僅限於比較序列的相似性；另一類則是多個序列間的比較並得出系統進化樹。
（一）導入外源序列的方法
點擊Project選單中Add Files命令，選擇需要比較的序列檔案，點擊打開按鈕，確認是DNA/RNA還是Protein Sequence後，點擊Import按鈕就可以完成序列的導入任務。
（二）以演示Project來講述AlignX的使用
1．選擇Project選單Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects資料夾，打開DNA.apr檔案；
2．在文本視窗中，使用滑鼠左鍵雙擊任一檔案名稱，就可以得到該檔案的所有基本信息；
3．建立一個新的比較策略並進行比較：
①在文本視窗中，按住Ctrl鍵選中四個序列：AF××××
②點擊Alignment選單中Alignment Setup命令，出現Alignment Setup對話框，在此對話框中有30個選項來確定最終比較結果展示方式，這裡我們使用默認值即可。
③點擊Alignment選單中的Align Selected Sequence命令，片刻後程式完成比較並給出結果和進化樹；
④在View選單中，我們可以通過Edit Alignment命令來編輯比較結果，使用Display Setup命令來改變結果的展示方式和顏色等。
4．結果的導出：
①進化樹的導出：激活進化樹視窗，點擊工具列中的Export Tree按鈕即可將進化樹保存為.Ph檔案，並可被其他樹編輯軟體所識別。或者點擊Edit選單中的Camera命令，將圖像保存到剪貼簿後在Word等文檔編輯軟體中貼上；
②序列比較結果的導出；點擊Project選單中的Export MSF Format命令，將結果保存為.msf檔案後，用GeneDoc打開進一步進行編輯和修飾。
Contig Express
該組件讓您能夠直接從測序儀或其它檔案格式（如GenBank和Fasta等）中導入序列，並將這些阿序列片段拼接成一個長片段。在拼接的過程中可以顯示測序圖譜，可以自動去除載體序列及測序模糊序列。同時能在拼接的完成序列鹼基的改動。
1．點擊Project選單中的Open命令，找到Demo Project資料夾中的DNA.cep檔案。當然我們也可以導入自己的序列，方法是點Project選單中的Add Fragments命令，在此可以導入各種格式的檔案。
2．建立拼接策略：點擊Assemble選單中的Assembly Setup命令，出現Assembly Setup對話框，在此我們使用程式的默認值，不作改動。
3．使用Ctrl鍵將.abi檔案全部選中，並點擊Assemble選單中的Assemble Selected Fragment命令，程式自從完成拼接並出現一個Contig1的圖示。
4．雙擊Contig1圖示，出現另一個視窗展示一個8片段拼接結果。
5．激活序列視窗後，點擊View選單中的Show All Chromatograms命令，就可以顯示每個序列的測序圖譜。 6．編輯圖譜及序列：如果想改變圖譜或序列上的某個鹼基，就可以用框標點擊該鹼基，後輸入新的鹼基即可。同時，在圖形視窗雙擊任一片段就可以打開一個新的視窗，在此視窗中可以對此序列進行直接的改變了。
7．拼接結果的導出：點擊Edit選單中的Select All命令選上拼接結果序列，在此點擊Edit選單，使用Copy命令將拼接結果複製出來。
BioPlot
該組件可以完成對DNA、RNA和胺基酸序列的各種理化特性的分析，實際上在DNAStar中有兩個組件來分別完成對DNA/RNA和胺基酸序列的分析，其分析效果並不比BioPlot差，所以在此不再詳述。
