真核生物RNA聚合酶不與DNA分子直接結合,而是依靠眾多的轉錄因子。首先,TFⅡD的TBP(TATA-結合蛋白)亞基結合TATA盒,然後在TAⅡA和TAⅡB的促進和配合下,形成TFⅡD-ⅡA-ⅡB-DNA複合體。
具有轉錄活性的閉合複合體形成過程中,先由TBP結合啟動子的TATA盒,然後TFⅡB與TBP結合,TFⅡB也能與DNA結合。TFⅡA雖然不是必須的,但是它能穩定已與DNA結合的TFⅡB-TBP複合體,並且在TBP與不具有特徵序列的啟動子結合時發揮重要作用。TFⅡB-TBP複合體再與由RNA聚合酶Ⅱ和TFⅡF組成的複合體結合,TFⅡF的作用是通過RNA聚合酶Ⅱ一起與TFⅡB相互作用,降低RNA聚合酶Ⅱ與DNA的非特異部位的結合,來協助RNA聚合酶Ⅱ靶向結合啟動子。最後是TFⅡE和TFⅡH加入,形成閉合複合體,最終裝配完成,這就是轉錄起始前複合物。