II型肌球蛋白分子存在於多種細胞中。(為傳統結構的肌球蛋白)
包含兩個重鏈和四個輕鏈,形成一個高度不對稱的結構。
在肌細胞,II型肌球蛋白組裝成肌原纖維的粗絲;在非肌細胞中,II型肌球蛋白與胞質分裂過程中的收縮環的動態結構以及應力纖維的活動相關。
用胰蛋白酶處理II型肌球蛋白分子,可產生輕酶解球蛋白(light meromyosin,LMM)和重酶解肌球蛋白(heavy meromyosin,HMM)。重酶解肌球蛋白經木瓜蛋白酶處理,形成肌球蛋白頭部(HMM-S1)和桿部(HMM-S2)。肌球蛋白頭部即馬達結構域,能夠與微絲結合,並具有ATP酶活性。
II型肌球蛋白主要起收縮功能,其尾部主要起結構作用。