EST[表達序列標籤]

EST是Expressed Sequence Tag的縮寫，意思是表達序列標籤，指從一個隨機選擇的cDNA 克隆，進行5’端和3’端單一次測序挑選出來獲得的短的cDNA 部分序列。

簡介

EST (Expressed Sequence Tag）表達序列標籤

EST (Expressed Sequence Tag)表達序列標籤—是從一個隨機選擇的cDNA 克隆，進行5’端和3’端單一次測序挑選出來獲得的短的cDNA 部分序列,代表一個完整基因的一小部分，在資料庫中其長度一般從20 到7000bp 不等，平均長度為360 ±120bp。由於cDNA文庫的複雜性和測序的隨機性，有時多個EST代表同一基因或基因組，將其歸類形成EST簇（EST cluster)

原理

EST是從一個隨機選擇的cDNA 克隆進行5’端和3’端單一次測序獲得的短的cDNA 部分序列，代表一個完整基因的一小部分，在資料庫中其長度一般從20 到7000bp 不等，平均長度為360 ±120bp。EST 來源於一定環境下一個組織總mRNA 所構建的cDNA 文庫，因此EST也能說明該組織中各基因的表達水平。

技術路線

首先從樣品組織中提取mRNA，在逆轉錄酶的作用下用oligo (dT) 作為引物進行RT -PCR合成cDNA，再選擇合適的載體構建cDNA 文庫，對各菌株加以整理，將每一個菌株的插入片段根據載體多克隆位點設計引物進行兩端一次性自動化測序，這就是EST 序列的產生過程。

套用

EST作為表達基因所在區域的分子標籤因編碼DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性質，與來自非表達序列的標記（如AFLP、RAPD、SSR 等） 相比更可能穿越家系與種的限制，因此EST標記在親緣關係較遠的物種間比較基因組連鎖圖和比較質量性狀信息時特別有用。同樣，對於一個DNA 序列缺乏的目標物種，來源於其他物種的EST也能用於該物種有益基因的遺傳作圖，加速物種間相關信息的迅速轉化。具體說，EST的作用表現在： ⑴ 用於構建基因組的遺傳圖譜與物理圖譜； ⑵ 作為探針用於放射性雜交; ⑶ 用於定位克隆； ⑷ 藉以尋找新的基因; ⑸ 作為分子標記； ⑹ 用於研究生物群體多態性； ⑺ 用於研究基因的功能； ⑻ 有助於藥物的開發、品種的改良； ⑼ 促進基因晶片的發展等方面。正是因為EST 表現出了這些巨大潛能，使其得到了充分的利用與發展。

在人類基因組研究中，有一個區別於“全基因組戰略”的“cDNA戰略”，既只測定轉錄的DNA序列，也就是測定基因轉錄產物mRNA反轉錄產生的互補DNA---cDNA。cDNA代表了基因中編碼蛋白質的序列。EST則是cDNA的一個片段，一般長200-400個核苷酸對。一個全長的cDNA分子可以有許多個EST，但特定的EST有時可以代表某個特定的cDNA分子。兩端有重疊的共有序列的EST可以組裝成一個疊連群(contig），直到裝配成全長的cDNA序列，這樣就等於是克隆了一個基因的編碼序列。將EST定位在基因組，也可作為基因組作圖時的一種標記序列。