商務模式
按照電子商務交易網站模式的不同，B2B電子商務還可以分為綜合B2B模式、垂直B2B模式、自建B2B模式以及關聯行業B2B模式。
綜合B2B模式
但綜合B2B模式缺乏對各行業的深入理解和對各行業的資源的深層次整合，導致供求信息的精準度不夠，進而影響買賣雙方供求關係的長期確立。典型代表是阿里巴巴網站。
垂直B2B模式
垂直B2B模式著力整合、細分行業資源，以專業化的平台在打造符合各行業特點的e化服務，提高供求信息的精準度。垂直B2B模式明確了供求關係，但使得供求信息的廣泛性不足。網盛科技是這種模式的典型代表。
自建B2B模式
行業龍頭企業自建B2B模式是大型行業龍頭企業基於自身的信息化建設程度，搭建以自身產品供應鏈為核心的行業化電子商務平台。行業龍頭企業通過滋自身的電子商務平台，串聯起行業整條產業鏈，供應鏈上下游企業通過該平台實現資訊、溝通、交易。但此類電子商務平台過於封閉，缺少產業鏈的深度整合。中國石油、中國石化就是這種模式。
關聯行業B2B模式
關聯行業B2B模式是相關行業為了提升目前電子商務交易平台信息的廣泛程度和準確性，整合綜合B2B模式和垂直B2B模式而建立起來的建立跨行業電子商務平台。
盈利模式
據《中國行業電子商務網站調查報告》顯示，從2002年到2006年，國內行業電子商務網站數量持續高速增長，每年平均增速超過15%，目前有1800多家的行業電子商務網站，2006年行業電子商務網站中的51.22%實現了盈利。其中，45.75%的行業電子商務網站實現了一年的盈利，5.19%的網站已持續6年盈利。網站盈利主要方式如下：
會員費
企業通過第三電子商務平台參與電子商務交易，必須註冊為B2B網站的會員，每年要交納一定的會員費，才能享受網站提供的各種服務，目前會員費已成為我國B2B網站最主要的收入來源。比如阿里巴巴網站收取中國供應商、誠信通兩種會員費，中國供應商會員費分為每年4萬和6萬兩種，誠信通的會員費每年2300元；中國化工網每個會員第一年的費用為12000元，以後每年綜合服務費用為6000元；河北商貿網的會員費每年2300元；五金商中國的金視通會員費1580/年，百萬網的百萬通600/年。
廣告費
網路廣告是入口網站的主要盈利來源，同時也是B2B電子商務網站的主要收入來源。阿里巴巴網站的廣告根據其在首頁位置及廣告類型來收費。中國化工網有彈出廣告、漂浮廣告、 BANNER廣告、文字廣告等多種表現形式可供用戶選擇。
競價排名
企業為了促進產品的銷售，都希望在B2B網站的信息搜尋中將自己的排名靠前，而網站在確保信息準確的基礎上，根據會員交費的不同對排名順序作相應的調整。阿里巴巴的競價排名是誠信通會員專享的搜尋排名服務，當買家在阿里巴巴搜尋供應信息時，競價企業的信息將排在搜尋結果的前三位，被買家第一時間找到。中國化工網的化工搜尋是建立在全球最大的化工網站上的化工專業搜尋平台，對全球近20萬個化工及化工相關網站進行搜尋，搜錄的網頁總數達5000萬，同時採用搜尋競價排名方式，確定企業排名順序。
增值服務
B2B網站通常除了為企業提供貿易供求信息以外，還會提供一些獨特的增值服務，包括企業認證，獨立域名，提供行業數據分析報告，搜尋引擎最佳化等。像現貨認證就是針對電子這個行業提供的一個特殊的增值服務，因為通常電子採購商比較重視庫存這一塊。另外針對電子型號做的谷歌排名推廣服務，就是搜尋引擎最佳化的一種，像ecvv這個平台就有這個增值服務，企業對這個都比較感興趣。所以可以根據行業的特殊性去深挖客戶的需求，然後提供具有針對性的增值服務。
線下服務
主要包括展會，期刊，研討會等。通過展會，供應商和採購商面對面地交流，一般的中小企業還是比較青睞這個方式。期刊主要是關於行業資訊等信息，期刊里也可以植入廣告。globalsource的展會現已成為重要的盈利模式，占其收入的三分之一左右。而ECVV組織的線下的展會和採購會也已取得不錯的效果。
商務合作
包括廣告聯盟，政府，行業協會合作，傳統媒體的合作等。廣告聯盟通常是網路廣告聯盟，亞馬遜通過這個方式已經取得了不錯的成效，但在我國，聯盟行銷還處於萌芽階段，大部分網站對於聯盟行銷還比較陌生。國內做得比較成熟的幾家廣告聯盟有：百度聯盟、谷歌聯盟等。
按詢盤付費
區別於傳統的會員包年付費模式 ，按詢盤付費模式 是指從事國際貿易的企業不是按照時間來付費，而是按照海外推廣帶來的實際效果，也就是海外買家實際的有效詢盤來付費。其中詢盤是否有效，主動權在消費者手中，由消費者自行判斷，來決定是否消費。儘管B2B市場發展勢頭良好，但B2B市場還是存在發育不成熟的一面。這種不成熟表現在B2B交易的許多先天性交易優勢，比如線上價格協商和線上協作等還沒有充分發揮出來。 因此傳統的按年收費模式，越來越受到以ECVV為代表的按詢盤付費平台的衝擊。“按詢盤付費”有4大特點：零首付、零風險；主動權、消費權；免費推、針對廣；及時付、便利大。廣大企業不用冒著“投入幾萬元、十幾萬，一年都收不回成本”的風險，零投入就可享受免費全球推廣，成功獲得有效詢盤後，辨認詢盤的真實性和有效性後，只需線上支付單條詢盤價格，就可以獲得與海外買家直接談判成單的機會，主動權完全掌握在供應商手裡。
