事發過程
5·19法國飛往埃及客機失蹤事件這班空客A320-232R客機（註冊編號：SU-GCC）原定於2016年05月18日20時45分在巴黎夏爾·戴高樂機場起飛，並於第二日03時05分到達開羅國際機場。實際在當晚09時11分離港，並於次日02時45分從雷達上消失，飛機最後一次與控制塔聯絡僅在十分鐘之前。但飛機並未按照規定在進入埃及領空時向控制塔匯報。 該飛機回傳的最後一次ADS-B數據如下： 高度：11277.6米，速度：976.004千米/小時，航跡角：119度，經緯度：28.297447967517，33.959762573242，當地時間：2016/05/19 上午08:27:06，更新時間：2016/05/19 上午08:28:42。
5·19法國飛往埃及客機失蹤事件希臘國防部部長稱，根據希臘軍方的雷達數據，804號班機在進入埃及飛行情報區後不久就轉彎了。在高度37000英尺處，飛機先是向左轉90度，緊接著又右轉360度。在此期間，飛機高度從37000英尺迅速下降至15000英尺。當飛機高度降至10000英尺後，飛機就從雷達上消失了。
飛機製造商空中客車公司，在其Facebook頁面上發表聲明：“空中客車公司遺憾地證實，由埃及航空公司運營的A320飛機於02:30左右（埃及當地時間）在地中海失去聯繫。”
5·19法國飛往埃及客機失蹤事件埃及民航局發言人Ihab Raslan稱，失聯埃航客機很可能已經墜海。 埃及民航部長法特希19日下午在開羅國際機場旁的埃及民航大樓就埃航MS804航班客機失蹤事件召開新聞發布會。在回答新華社記者提問時，法特希說，客機失蹤原因目前尚在調查中。他強調：“雖然客機墜毀的可能性很大，但在殘骸找到以前，稱客機‘失蹤’更為準確”。
埃及軍方20日上午宣布，在埃及地中海港口城市亞歷山大以北290公里的海域發現飛機殘骸。 21日有訊息人士透露，在地中海搜尋和蒐集墜毀埃航(EgyptАir)客機殘骸的埃及軍方已經初步確定A320飛行記錄器（黑匣子）墜落地區。
失聯人數
據埃及航空官方twitter顯示，機上的人數為旅客56人，其中包括2名嬰兒和1名幼童，10名機組人員，其中包括3名安全人員，機組與乘務組7人，總計66人。飛機機長飛行時間長達6275小時，其中飛行A320時長為2101小時。副駕駛也有2766小時的飛行時長。
| 國籍 | 乘客 | 機組 | 合計 |
| 埃及 | 30 | 0 | 30 |
| 法國 | 15 | 0 | 15 |
| 伊拉克 | 2 | 0 | 2 |
| 英國/澳大利亞 | 1 | 0 | 1 |
| 比利時 | 1 | 0 | 1 |
| 蘇丹 | 1 | 0 | 1 |
| 查德 | 1 | 0 | 1 |
| 葡萄牙 | 1 | 0 | 1 |
| 阿爾及利亞 | 1 | 0 | 1 |
| 沙烏地阿拉伯 | 1 | 0 | 1 |
| 加拿大 | 1 | 0 | 1 |
| 科威特 | 1 | 0 | 1 |
| 未明 | 0 | 10 | 13 |
| 總計 | 56 | 10 | 66 |
救援行動
5月19日，埃及官方發布訊息稱，距離飛機消失位置以南80公里處，喀帕蘇斯島附近，發現疑似失事飛機的殘骸。但埃及調查組隨後確認表明，該碎片並非來自804航班。 埃及航空隨後收回飛機殘骸被找到的聲明。
與此同時，希臘國防部對一名聲稱在喀帕蘇斯島以南240處看到“有一團火焰從空中墜落”的船長開展調查工作。 埃及民航部長稱，相較於機件故障，恐怖攻擊導致飛機失事的可能性更大。
5月20日，埃及空軍和海軍在距離亞歷山大港290公里的海面發現殘骸，乘客遺體以及行李等私人物品。
5月20日，歐洲航天局聲稱其在航班最後發出信號位置的東南方約40公里處（33°32′N29°13′E）探測到一條2公里長的浮油。該浮油於5月19日被該局的哨兵-1A型衛星探測到。
同日，法國海軍派出載有聲納設備的巡邏艇出海尋找MS804航班的黑匣子。該艦於5月23日抵達可能的墜機地點。5月22日，埃及石油部派出一艘潛艇對黑匣子進行定位和回收。埃及總統稱這艘潛艇可於水下3000米深的地方開展工作。
事故發生後不久，法國政府就開始對巴黎戴高樂國際機場的安保是否存在過失展開調查。
5月24日，埃方調查組的一名法醫稱，受害者遺體顯示機上曾發生爆炸。 不過他的上級隨後又否認了他的說法。
5月26日，埃及政府請求部分擅長開展深水搜尋作業的法國和義大利公司協助搜尋失事客機的黑匣子。同日，據CNN報導，衛星探測到了發自機上緊急定位信號傳送器（Emergency Locator Transmitter，下稱ELT）的信號，這個發現使調查人員將飛機主要殘骸可能分布範圍縮小為海床上一個直徑5千米的圓形區域，也為黑匣子的搜尋工作提供了更具體的地點。 ELT可以在飛機墜海（或觸地）後啟動並傳送一個緊急信號，目前根據報導來看，這個信號尚未被發現。一名前A320飛行員質疑說，ELF不大可能從墜機中倖存並傳送緊急信號。埃方19日報導中提到的那個在2小時後接收到的緊急信號，指的可能就是ELF發出的信號，不過，這條訊息已經被埃及航空否認了。
航班情況
涉事航班是一架空中客車A320-232R客機，註冊編號為SU-GCC，於2003年07月25日首飛，後於同年11月3日交由埃及航空運營。 截止至事故發生前，該客機機齡12年，飛行時數為6275小時。失事當天之前該飛機已執行五次飛行任務、三個受到恐怖攻擊威脅的城市，第一次是從厄利垂亞阿斯馬拉國際機場，飛往開羅，第二次是從開羅飛往突尼西亞迦太基國際機場，然後執行返程航班。第四次是由開羅飛往巴黎。
失聯原因
早期埃及民航部稱，飛機有可能遭受恐怖攻擊。
埃及前交通部門官員稱，飛機不是在戰區消失，可能是由機械故障引起的失聯。
CNN分析師則表示，已排除天氣因素導致飛機失聯。
有埃航訊息人士稱，該航班已墜海。
法國航空專家維勒米爾分析稱，高空巡航期間突然急速下墜，這“非常奇怪”。而且，飛行員在飛機墜落前沒有來得及發出任何求救信號，這顯示，客機有可能遭遇了空中解體——發動機爆炸是一種可能性，也不排除客機上裝有炸彈或遭到來自地面的飛彈襲擊的可能性。
事故調查
希臘軍方雷達顯示，MS804航班在進入埃及空管區域時很快偏離航道，在高度37000英尺處，飛機先是向左轉90度，緊接著又右轉360度。在此期間，飛機高度從37000英尺迅速下降至15000英尺。當飛機高度降至10000英尺後，飛機就從雷達上消失了。
5月20日，飛機的ACARS數據被公布：
•00:26Z 3044 ANTI ICE R WINDOW
•00:26Z 561200 R SLIDING WINDOW SENSOR
•00:26Z 2600 SMOKE LAVATORY SMOKE
•00:27Z 2600 AVIONICS SMOKE
•00:28Z 561100 R FIXED WINDOW SENSOR
•00:29Z 2200 AUTO FLT FCU 2 FAULT
•00:29Z 2700 F/CTL SEC 3 FAULT
5月20日，飛機的ACARS數據被公布，在飛機失聯四分鐘前發出了7條警報。這7條信息均發出於2:26至2:29之間，飛機於4分鐘後的2:33失聯。 兩名分別接受過每日電訊報和澳大利亞人報採訪的飛行員說根據數據來看該起事故可能是炸彈造成的。 航空國際雜誌（Flight International）引述航空專家大衛·利爾指，飛機的航電系統內可能曾經起火，而飛行員可能因忙於處理其它情況沒有向空管求救。
法國調查分析局指出，在飛機的廁所和電動設備檢測到了煙霧，機艙響起了煙霧警報，而駕駛艙右邊其中一隻窗曾經被人打開。 該警報也可能是被機艙劇烈失壓產生的水霧觸發的。
