1916年8月31日，蔡鍔突患喉疾，轉赴日本養玻7月6日，北京政府任命蔡鍔為四川督軍兼省長。接任後，蔡鍔在駐地滬州與秘書、參謀長等研究了重建四川的計畫。7月末，蔡帶病抵成都履任。他將入川滇之黔軍和川軍進行整頓，制定獎懲條例，並統一財政，初步處理了一些急迫的戰爭善後事宜。但病勢日漸惡化，無法堅持正常工作，只得電請北京政府準假養玻 8月7日，北京政府批准蔡鍔暫時離職休養。9日，蔡離開成都。
蔡鍔在成都期間，曾親臨紳界會議，表示四川富庶，大有可為，願以較長時間盡心經營四川。他召開軍政會議，對四川的復員善後及人事作出安排。會後，他又對熊克武等人說，原想到中央政府任職，現在不想去了，病好後仍要返川。蔡離開成都後，在滬州休息了幾日。其問，梁啓超曾幾次打電報給戴戡，要他勸蔡不要立即離川，先在重慶養病，待戴戡等在川站穩腳跟後再離去。但此時的蔡鍔，已虛弱得連兩三步都走不了，聲息微弱，無法執行梁的意圖。
