1905年11月，上海南洋公學發生了轟動全國的“墨水瓶風潮”。南洋公學是盛宣懷於1897年創辦的一所專門訓練洋務人材的學校，因經費充足、校舍寬敞、設備齊全、師資較好、出路優越而頗著聲名。該校有6個普通班和一個培養高村生的特班。其中，五班文課、學課教習郭鎮瀛學識淺陋、頑固守舊，專以欺壓學生為能事，為箝制學生思想，平時只準學生讀《大清會典》、《聖武記》，嚴禁閱讀新書新報，更不得集會和議論時政。五班學生對之深惡痛絕。
11月5日，學生故意將一隻墨水瓶放在他的座椅上。郭鎮瀛認定是有意侮辱他，勃然大怒，嚴同詰問，並串通學生總辦進行誣陷迫害。11月11日，校方應郭之請，開除學生伍正鈞，全班人嘩，力爭無效。14日，全班決定退學，舉行告別演說會。
五班的行動引起全校同情，次日，全校學生集會，派代表向總辦汪鳳瀛請求收回成命，汪不允，學生們決定全校退學。這時校方才慌了手腳，急忙請學生們尊敬的教習蔡元培等出來調解。
16日一早，全校學生200餘人，檢點行裝，列隊操場，等候交涉的最後訊息。可是，蔡元培去見督辦盛宣懷轉達學生要求時，盛尚高臥未起。10點，學生們見沒有回音，便高呼：“祖國萬歲！祖國萬歲！祖國萬歲！”整隊離校。
學生退學後，因校方引誘，家長威逼，返回、散走了一些，但退學者仍有145人。大部分退學的學生無處可依，他們想自辦“共和學校”也無經費，便請求中國教育會幫助。11月19日，教育會與退學生集議張園，決定成立愛國學社，當時，教育會也沒有錢，蔡元培趕赴南京向人借款。到碼頭時，家人奔至泣告，說其長子病死，蔡元培揮淚囑他人代辦喪事，然後義無反顧，毅然登輪。11月下旬，愛國學社就在南京路福源里正式開學。蔡元培被推為總理，吳稚暉為舍監，章炳麟、黃炎培、蔣維喬、吳丹初等為義務教師。
愛國學社把灌輸民主主義思想為己任。其章程說：“本社略師日本吉田氏松下講社、西鄉氏鹿兒私學之意，重精神教育，而所授各科學，皆為鍛鍊精神、激發志氣之助。”吉田松蔭、西鄉隆盛是明治維新時的日本政治思想界代表人物；松下講社、鹿兒私學是他們在維新前後的講學之所。蔡元培在學社開學祝詞中說：“用吾理想普及全國，如神經系之遍布腦筋於全體是也。”學社最富特色之處是學生自治制度。學生在校內享有很大的權利和自由。住宿生實行自治制，沒有評議會，監督學校行政和學生操行。高年級學生還充當尋常班的教師。學生們經常同教師一起外出參加政治活動。愛國學社在教育上的創舉和活躍的政治空氣，吸引了許多青年前來就學。
事後，輿論普遍支持學生。《選報》說這一行動“舉數十年陋儒淺士卮言曲說，一舉而廓清之，以伸獨立之權。吾國學界中當有漸被其影響，以固此學生社會，不使露西亞之學生專美於世界”。《新民叢報》說“實中國國民前途關係第一重要事件也”。《蘇報》則指責學堂主辦者“攝照老大帝國小影，宮場總辦局、所之惡習，自尊如帝大，視人如犬馬，妄立章程，馳逞臆說。以壓制縛束為威力，以用人派事為市恩；以排斥新書匿己短，以艱深舊學炫己長；以苛責細故為講求實際，以管束學生為門面排常嗚呼，腐敗至此，荒謬至此，荼毒暴虐至此，焉得不為世界之公敵也”！
1905年11月5日，沙皇尼古拉二世為了結束長達一年之久的反對他的統治的抗議活動，曾發表宣言答應擴大他的臣民的政治權利。可是時隔幾天，卻又發生了以反對猶太人為主要目標的新的暴力行為，1000多名猶太人在俄國的敖德薩被打死。這次屠殺是反對軍官和政府官員們煽動農民乾的。因為他們認為去年的抗議浪潮得到了猶太人的支持。美國猶太人領袖呼籲對劫餘的猶太人進行援助，他們已經籌集起7萬美元。
