事件起因
南洋公學是中國近代一所很有影響的學校，是現在上海交通大學和西安交通大學的前身。
南洋公學校門該校名為新式學校，但實際上當時封建習俗很深，教師中既有熱心新學的新派，也有頑固保守的舊派。如中院五班中文教師郭鎮瀛，江蘇如皋人，舉人，思想非常保守。他講授的兩門課《大清會典》和《聖武記》，因為內容陳舊而不受歡迎。為人又刻板專橫，如他上課坐的椅子必須放在正當中，稍微斜一點就不高興，大聲斥責：“又歪了，誰擺的，不行！”平時，又嚴禁學生閱讀各種新式書報雜誌，引起學生嚴重不滿。
南洋公學中院校舍11月14日，五班全體同學相約集體到學校總辦（即校長）汪鳳藻處申述事實真相，要求撤消處分，但遭到拒絕。當晚，他們決定次日全班集體退學，以示抗議，併到各班作告別演說，得到廣大同學的普遍同情。
第二天早晨，汪鳳藻竟以“學生私自聚眾演說，大幹例禁”的罪名，張貼布告，宣布開除五班全體同學。學校的這一決定，引起全校譁然。
五班的行動引起全校同情，次日，全校學生集會，派代表向總辦汪鳳瀛請求收回成命，汪拒不接見，後經再三要求，雖同意接見各班代表，但也斷然拒絕收回開除五班學生成命的請求，並蠻橫地表示：“五班已經開除，非諸生所得干預，願去者聽。”見此，各班代表憤然退出。這時校方才慌了手腳，急忙請學生們尊敬的教習蔡元培等出來調解。
16日一早，全校學生200餘人，檢點行裝，列隊操場，等候交涉的最後訊息。可是，蔡元培去見督辦盛宣懷轉達學生要求時，盛尚高臥未起。10點，學生們見沒有回音，便高呼：“祖國萬歲！祖國萬歲！祖國萬歲！”整隊離校。
16日上午10時，中院6個班級的同學，以班次為序，排隊集體離開南洋公學。隨同一起離校的，還有特班和政治班的部分同學，共200餘人。後來，部分學生因種種原因又重新回到南洋學校，所以，實際退學者為145人，其中頭班13人，二班24人，三班16人，四班20人，五班23人，六班34人，特班14人，政治班1人。
這就是在當時產生很大社會影響的南洋公學學生退學風潮，史稱“墨水瓶事件”。可見，所謂“墨水瓶事件”，實際上是青年學生對學校封建專制的一種反抗，是他們民主意識覺醒的一種宣示。
正如當時有的學生所說：“今教習悍然以奴隸待學生，為種種之束縛，總辦復頑鈍抑制學生言論之自由，是等奴隸教育，凡為國民，誰能堪之！”正是在這個意義上，“墨水瓶事件”可以被視為是“中國學生社會一大劈頭之大紀念也”。
輿論支持
墨水瓶事件後，輿論普遍支持學生。
《選報》說這一行動“舉數十年陋儒淺士卮言曲說，一舉而廓清之，以伸獨立之權。吾國學界中當有漸被其影響，以固此學生社會，不使露西亞之學生專美於世界”。
《新民叢報》說“實中國國民前途關係第一重要事件也”。
《蘇報》則指責學堂主辦者“攝照老大帝國小影，宮場總辦局、所之惡習，自尊如帝大，視人如犬馬，妄立章程，馳逞臆說。以壓制縛束為威力，以用人派事為市恩；以排斥新書匿己短，以艱深舊學炫己長；以苛責細故為講求實際，以管束學生為門面排場。嗚呼，腐敗至此，荒謬至此，荼毒暴虐至此，焉得不為世界之公敵也”！
創辦愛國學社
退學學生為了能繼續學業，想自辦 “共和學校”也無經費，推派代表請求中國教育會幫助。中國教育會是20世紀初國內最早出現的一個革命團體，1902年4月15日由蔡元培等人發起成立，會址設在上海泥城橋福源里21號。
11月19日，教育會與退學生集議張園，決定成立愛國學社，當時，教育會也沒有錢，蔡元培趕赴南京向人借款。到碼頭時，家人奔至泣告，說其長子病死，蔡元培揮淚囑他人代辦喪事，然後義無反顧，毅然登輪。
11月下旬，愛國學社就在南京路福源里正式開學。蔡元培被推為總理，吳稚暉為舍監，章炳麟、黃炎培、蔣維喬、吳丹初等為義務教師。
愛國學社初期社員55人，均為南洋公學退學學生。後來入學者漸多，尤其是在南京陸師學堂發生退學風潮，退學生40餘人加入學社以後，人數大增。據1903年5月17日統計，總計132人。學社分設尋常、高等兩級，各以兩年畢業。
愛國學社開學式蔡元培在學社開學祝詞中說：“用吾理想普及全國，如神經系之遍布腦筋於全體是也。”學社最富特色之處是學生自治制度。學生在校內享有很大的權利和自由。住宿生實行自治制，沒有評議會，監督學校行政和學生操行。高年級學生還充當尋常班的教師。學生們經常同教師一起外出參加政治活動。
愛國學社在教育上的創舉和活躍的政治空氣，吸引了許多青年前來就學。
愛國學社名義上辦理教育，實際上“倡言革命”。在教員的影響下，學社社員都關心國家時事政治，喜歡談論革命，甚至“倡言革命已勝過求學”。大家不僅上課時談，課餘時也談，社內談不過癮，還走出學社，到社會上進行宣傳。其中影響最大的是著名的張園演說會。
張園是張氏味蓴園的簡稱，在上海靜安寺路（今南京西路泰興路附近），占地幾十畝，是當時上海市民遊樂、休憩的一個重要場所。1903年2月15日，徐敬吾借到張園安愷第舉行了第一次演說會。隨後，每星期總有一二個下午在此進行公開演講。每次演講除預定一二個或二三個演講者之外，其他人隨時都可以上台講演。所講內容每次各不相同，但中心思想總離不開反清革命。中國教育會、愛國學社每周到張園安愷第開演說會，“倡言革命，震動全國”。從社址泥城橋福源里到張園，有相當一段距離，社員們數十人，穿著統一的操衣，排著雙行隊伍，邁著整齊的步伐，沿著靜安寺路走來走去，很是威風，中國人見了感到揚眉吐氣。
上海張園愛國學社成立後，《蘇報》與學社訂約，每日由學社教員輪流為《蘇報》撰寫論說一篇，《蘇報》館則每月提供100銀圓給愛國學社以為酬，“於是《蘇報》館遂為愛國學社之機關報矣”。從此，《蘇報》的革命傾向日益鮮明。它不僅在“每日論說”欄刊登張園演說會的許多精彩內容，而且在聘章士釗任主筆後，還陸續發表了鄒容《〈革命軍〉自序》、章炳麟《序〈革命軍〉》等一系列宣傳革命的政論文章，揭露清政府是“四萬萬同胞不共戴天之大仇敵”，成為當時國內最早提出用革命手段推翻清朝統治的一份報紙。在《蘇報》的影響下，愛國學社部分學員以愛國學社附小的名義創辦《童子世界》，從兒童的立場來談論革命，在當時亦有一定影響。
為了培養革命人才，愛國學社還特別重視軍事訓練。全體學員分成若干小隊，穿著領、袖、褲管均飾有紅鑲邊寬黑條的漂亮操衣，不論晴天雨天，分小隊認真操練，並輪流擔任小隊長，練習喊口令。
愛國學社一系列革命活動，引起了清政府的注意。如1903年6月23日，兼湖廣總督端方在致軍機處的報告中說：“查四月初間，方聞上海有愛國會社諸生，借俄事為名，在張園演說，議論狂悖，即經密電江寧查禁拿辦。”正在清政府磨刀霍霍，準備向愛國學社下毒手之際，愛國學社與中國教育會之間發生分裂。6月中旬，愛國學社脫離中國教育會而獨立。未及兩周，《蘇報》案發生，7月7日《蘇報》館被封，愛國學社亦解散。
愛國學社存在的時間雖然不長，但是它順應南洋公學退學學生的需要而創立，在辦理教育的名義下，積極從事反清革命活動，成為當時上海一個重要的革命機關，在辛亥革命前的反清鬥爭中發揮了積極作用，產生了一定的社會歷史影響。
蔡元培伸出了援手
參加軍事操練的蔡元培蔡元培（1868-1940），浙江紹興人，官至清末翰林院編修。1898年戊戌變法失敗後，他已對清政府失望，乃棄官南下，辦理新式教育。南洋公學發生學生退學風潮時，他正擔任該校特班總教習。特班是為了應清政府經濟特科之選，為國家儲備“梁棟之材”而設立。學生都是經過嚴格考核而錄取的“優於國學”的青年才俊，其中不少人先後中舉人。蔡元培在特班的教學中，“多提倡民權之說”。因此，特班學生在學業之外，也“曉然於革命大義”。或許惟其如此，當時有論者認為，“墨水瓶事件”實質上是受蔡元培“平時提倡民權之影響”。 此說或許有偏頗之嫌，但蔡元培確實給予學生退學以強有力的支持和幫助。學生退學之前，為學生免於被開除而積極斡鏇，他曾要求面見公學督辦盛宣懷。遭盛拒絕後，他憤然辭去特班總教習之職，與學生一起離校。在他的影響下，特班學生也放棄被保舉經濟特科的資格而退學。
學生退學後，他對大家說：“不要散，我們組織一個學校。”後經他的積極奔走，創立了愛國學社。由於事出突然，學社初辦時，經費極為拮据，一伙食費尤是火燒眉毛。蔡元培決定親自前往南京，向蒯光典借款應急。當他準備乘輪船離滬時，家人奔至碼頭泣告：長子阿根病亡。蔡元培含淚吩咐朋友幫助處理後事，自己登輪而去。三天之後，他借到6000元錢回到上海，使愛國學社渡過了最初的難關。
新民晚報蔡元培還積極支持《蘇報》宣傳革命，親手為其撰寫了許多文章。蔡元培還與學社社員一樣，“剪髮，服操衣，同練步伐”，同樣輪流做小隊長，學習喊口令，一起參加軍事訓練，對師生鼓舞很大。
此時的蔡元培，正如他自己所說“我已決意參加革命工作”。從此以後，他投身革命，義無反顧，成為我國著名的民主革命家和偉大的教育家和教育思想家。
