自動鑑定
BIOLOG鑑定系統以微生物對不同碳源的利用情況為基礎，檢測微生物的特徵指紋圖譜，建立與微生物種類相對應的資料庫。通過軟體將待測微生物與資料庫參比，得出鑑定結果。該系統已獲美國FDA認可，已逐步套用於食品和飲品企業、環保、海洋生物/水產品、製藥、農業微生物、生物治理、化妝品、臨床等領域的微生物鑑定試驗中。
分子生物學鑑定
套用分子生物學方法從遺傳進化角度闡明微生物種群之間的分類學關係，是微生物分類學研究普遍採用的鑑定方法。微生物菌種分類鑑定的分子生物學實驗室一般需要配有PCR儀、高速冷凍離心機、電泳儀、凝膠成像系統、紫外控溫分析系統等先進儀器設備，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析軟體。可採用核酸序列分析法分析細菌16S rDNA/16S-23S rDNA區間序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科學的鑑定結果。
API細菌鑑定
API鑑定系統涵蓋15個鑑定系列，約有1000種生化反應，已可鑑定超過600種的細菌。鑑定過程中，可根據細菌所屬類群選擇適當的生理生化鑑定系列，通過軟體將待測細菌與資料庫參比，得出鑑定結果。 可套用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列對乳酸桿菌（Lactobacillus sp.）和相關細菌、芽孢桿菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌屬（Staphylococcus sp.）、微球菌屬（Micrococcus sp.）和庫克菌屬（Locuria sp.）進行鑑定。
