主要職責
（一）負責貫徹執行國家環境保護基本制度，建立健全省級相關環境保護制度。擬訂環境保護地方法規、政府規章、政策、規劃並組織實施；組織編制全省環境功能區劃，參與擬訂全省主體功能區劃；組織擬訂環境保護地方標準和技術規範；組織擬訂並監督實施重點區域、流域污染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理；參與組織突發重大環境事件應急處置工作，指導協調地方政府重大突發環境事件的應急、預警工作；協調解決有關跨區域環境污染糾紛，統籌協調全省重點流域、區域污染防治工作。
（三）承擔落實全省減排目標的責任。組織實施主要污染物排放總量控制和排污許可證制度，提出實施總量控制指標，負責國控和省控重點污染源排污總量核定；督查、督辦、核查各地污染物減排任務完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、省級財政性資金安排的意見；按規定許可權對省政府規劃內和年度計畫內固定資產投資項目提出審查意見，並配合有關部門做好組織實施和監督工作。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受省政府委託組織對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；對涉及環境保護的法規草案提出有關環境影響方面的意見；按國家規定審批開發建設區域、項目環境影響評價檔案。
黑龍江省生態環境廳（六）負責環境污染防治的監督管理。組織實施水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度；會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作；組織指導城鎮和農村環境保護工作。
（七）負責指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園、國家公園的環境保護工作，向省政府提出新建的各類省級自然保護區審批建議；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；協調指導農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，牽頭生物物種（含遺傳資源）工作，組織協調生物多樣性保護。
（八）負責核安全、輻射安全、放射性廢物監督管理工作。對放射源安全、核技術套用、電磁輻射和伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實施統一的監督管理；負責放射性廢物處理、處置和輻射環境保護工作的監督管理；負責放射性污染事故和輻射事故應急處理工作，參與核事故應急處理；協助環境保護部對核設施安全、核材料的管制與實物保護實施監督管理。
（九）負責環境監測和信息發布。制定環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理全省環境監測網和全省環境信息網；建立和實行環境質量公告制度，統一發布全省環境綜合性報告和重大環境信息。
（十）開展環境保護科技工作，組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，推動環境技術管理體系建設；參與指導和推動循環經濟和環境保護產業發展；參與應對氣候變化工作。
（十一）開展環境保護對外合作交流。研究提出對外環境合作中有關問題的建議；承辦中俄環境保護分委會的相關工作，組織實施中俄地方環境保護交流、跨界水體聯合監測、跨界自然生態保護和跨界環境突發事件的應對。
（十二）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作，組織指導全民環境教育計畫的實施，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十三）承辦省政府交辦的其他事項。
內設機構
黑龍江省環境監察總隊：承擔環境監察、督查督辦或直接查處重大環境違法案件工作；承擔排污申報登記、排污收費工作；承擔主要污染物減排現場核查工作。現有人員編制35名，位於哈爾濱市。
黑龍江省輻射環境監督站：承擔全省輻射環境監測的組織實施工作；承擔放射性污染事故、輻射環境事故、核與輻射應急回響的技術支持工作；為省環境保護行政主管部門開展輻射環境保護、輻射安全、放射性污染防治、放射源安全的監督管理等工作提供技術服務；受省環境保護行政主管部門委託行使輻射環境監督管理職能。現有人員編制21名，位於哈爾濱市。
黑龍江省危險廢物管理中心：承擔固體（危險）廢物的環境風險技術評估工作；承擔專業技術人員培訓及諮詢工作；為省環境保護行政主管部門開展固體（危險）廢物經營活動監督管理等工作提供技術服務。現有人員編制10名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境科學研究院：承擔環境保護科學研究工作；受黑龍江省環境保護廳委託，承擔環境保護規劃、污染防治專項規劃及專項環境功能區劃等規劃編制中的技術工作。現有人員編制75名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境監測中心站：承擔全省環境監測、環境質量綜合分析與評價，並提供相關信息諮詢服務工作。現有人員編制88名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境保護宣傳教育中心：承擔環保知識、環境政策、環保法律法規宣傳教育工作；開展環保知識培訓工作。現有人員編制14名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境信息與監控中心：承擔環境信息的收集、整理並提供相關諮詢工作；承擔國控重點污染源自動監控系統省級監控中心的建設、運行維護及數據傳輸與分析工作；承擔對市（地）監控中心的指導、調度工作。現有人員8名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境保護對外合作中心：承擔環境保護國際履約的事務性工作；承擔雙邊、多邊、國際金融組織履約等環境保護領域經濟合作項目工作；承擔環境保護對外合作交流的具體事務性和服務性工作。現有人員6名，位於哈爾濱市。
黑龍江省環境工程評估中心：為省環境保護行政主管部門開展建設項目環境影響評價檔案審批、規劃環境影響評價審查等工作提供技術服務；面向社會提供相關服務。現有人員14名，位於哈爾濱市。
黑龍江洪河國家級自然保護區管理局：承擔洪河自然保護區轄區內的自然環境保護管理、科研、宣教及相關服務工作。現有人員編制19名，位於農墾建三江管局轄區。
黑龍江省三江環境監測站:承擔松花江入黑龍江前國控斷面和黑龍江、烏蘇里江撫遠國控斷面水質監測工作；承擔中俄界江水質聯合監測工作，承擔國家水質自動站的託管任務。現有人員編制24名，位於同江市。
黑龍江省肇源環境監測站：承擔區域水質監測，廢水、廢氣、空氣、煙塵、功能區噪聲等監測工作；承擔國家水質自動站的託管任務。現有人員編制20名工作人員，位於肇源縣。
黑龍江省依蘭環境監測站：承擔區域水質監測，廢水、廢氣、空氣、煙塵、功能區噪聲等監測工作；承擔國家水質自動站的託管任務。現有17名工作人員，位於依蘭縣。
黑龍江省虎林環境監測站：承擔區域水質監測，廢水、廢氣、空氣、煙塵、功能區噪聲等監測工作；承擔國家水質自動站的託管任務。現有人員編制10名，位於虎林市。
黑龍江省五大連池環境監測站：承擔區域水質監測，廢水、廢氣、空氣、煙塵、功能區噪聲等監測工作；承擔國家空氣自動站的託管任務。現有人員編制10名，位於五大連池市。
黑龍江省鏡泊湖環境監測站：承擔區域水體、空氣、土壤、噪聲等環境要素的環境質量監測工作；承擔鏡泊湖湖區斷面水質監測工作；承擔鏡泊湖湖區環境監測數據的收集、整理並提供相關諮詢服務工作。現有人員編制8名，位於牡丹江市。
黑龍江省環境應急與事故調查中心：承擔重大環境污染事故的預測和預警工作；承擔突發環境事件應急回響、現場調查與損害評估工作；承擔12369環境保護舉報系統建設及日常管理工作。現有人員編制8名，位於哈爾濱市。
發展歷程
1、1959年10月，中共黑龍江省委、省人民政府決定成立“黑龍江省污染處理利用辦公室”；
2、1964年，在省建設廳內設“三廢”處理利用辦公室；
3、1973年10月，改為“黑龍江省革命委員會環境保護辦公室”；
黑龍江省生態環境廳4、1979年11月，改為“黑龍江省環境保護局”；
5、1983年，與省建委、建工局、建材局、城建局五家合一，改為二級局建制，歸屬省城鄉建設環境保護廳領導；
6、1989年11月，黑龍江省環境保護局列省人民政府序列；
7、1995年、2000年，進行兩次體制改革；
8、2008年4月，黑龍江省環境保護局更名為黑龍江省環境保護廳，為省政府組成部門。
9、2018年10月，省政府組成部門新組建生態環境廳，不再保留環境保護廳。
現任領導
楊志偉： 廳長、黨組書記
負責生態環境廳全面工作。
王慧傑： 副廳長、黨組成員
分管人事處、機關黨委、自然生態保護處、墾區環境保護局、黑龍江洪河國家級自然保護區管理局。
叢 麗： 副廳長 、黨組成員
分管水環境管理處、土壤環境管理處、科技標準處、省環境科學研究院、省危險廢物管理中心。
劉 偉： 副廳長、黨組成員
負責機關政務、安全工作，機關財務，大氣污染防治工作，環境執法、信訪、應急工作。
分管辦公室（宣傳教育處）、規劃財務處、大氣環境管理處、政策法規處（信訪辦）、省環境監察總隊、省環境應急與事故調查中心、省環境信息與監控中心，省環境保護宣傳教育中心，中環報黑龍江省記者站。
林奇昌： 總工程師、黨組成員
負責環境監測、環境影響評價、輻射工作。
分管環境影響評價處、環境監測處（對外合作處）、輻射環境管理處、省輻射環境監督站、省環境監測中心站、直屬環境監測站、省環境工程評估中心、省環境保護對外合作中心。
