近40年來,在成人高等教育和遠程教育的教學管理及理論研究方面積累了豐富的經驗,取得了豐碩成果。在國內外學術研討會交流和公開發表了論文近20篇;其中不少獲得了上海市教育科學研究成果獎。2000年,黃清雲轉戰民辦高等學校,作為上海建橋學院的第一任校長和黨委書記,他依靠董事會和教職工,牢牢把握民辦學校的社會主義辦學方向,2005年9月,上海建橋學院獲準舉辦本科教育,並連續三年成為上海市依法進行自主招生改革試點的院校之一;2005年5月和2007年5月,學院兩度被市政府授予“上海市文明單位”稱號。他本人2005年被評為上海市職業教育傑出校長、全國職業教育先進個人,2006年被評為上海市科教系統優秀共產黨員,2007年被評為上海市勞動模範。
黃清雲現兼任中國民辦教育研究院副院長、上海市民辦高等教育協會副會長、上海市高教學會副會長、上海市職教協會副會長、上海市高教評估協會副會長。