成書背景
《素問》一書，明代以前已有多種注釋本，但馬氏認為王冰對《素問》的注釋本存在“逢疑則默，章節不分，前後混淆”的缺點；滑壽的《讀素問鈔》是“類有未盡，所因皆王（冰）注”，他“痛後世概暗此書而蠡測之”，特對《素問》重新進行注釋，“以圖萬一之小補耳”。
流傳版本
現存初刻本和多種明清刻本，以及日刻本，1949年後有排印本。
作者簡介
馬蒔，字仲華，號玄台，生卒年月不詳，生活於明嘉靖、萬曆、天啟年間，浙江會稽人（今浙江紹興）。清代為避康熙皇帝諱，改“玄”為“元”，故清代刻本均以“元台”稱之。其著述有《黃帝內經素問注證發微》《黃帝內經靈樞注證發微》《難經正義》《脈訣正義》等。其中《黃帝內經素問注證發微》《黃帝內經靈樞注證發微》深受後世醫家推許。
書評、序言
馮氏序
余覽睹黃帝書，而知醫之通天地四時五行也，非天下之至神，孰與焉?夫人神氣之所遊行出入，為五臟六腑，為二十七氣三百六十五會，總之以無間入有間，微渺恍惚不可尋也。矧之虛實以質異，情性以因感，風氣以變生，其竇殊矣。非懸悟神解，與道合真，參伍於訊息盈虛之數，而徒假湯液湔浣鑱石扤熨之生，道不逾遠乎?旨晦言湮，則以學人不達作者之意，務蠡測而闡幽之義舛也。
大都《黃帝內經·素問、靈樞》諸篇，皆以九為數，因而九之，其數八十一，則黃鐘所由起也。蓋黃鐘為天地之中數，陽之生生不息始基於此，聖人以之吹律應氣，而天地熹合，蟄蟲昭蘇，煦嫗覆育，以立萬物之命，則中之為也。夫醫，生道也；陽，生理也；九九者，生之數也。化不閡而民不札，則天人之道歸焉矣。竊怪後之剖繹其義者人人殊，自用者以決裂為真詮，鹵莽者以摽獵為宗旨，妄意牽合，而謬迷千里，聖人之精意，天地之大德，將安寄之?此仁人之所隱也。
馬君玄台，博綜玄討，越有年所，恍若晤神聖而有得，乃緣類為章，厘為九卷，而運氣圖系焉。將以察天道而審人官也，跡其注以明義，釋以宣隱，蓋章章淵懿矣。古作者所為噓吸鬼神，推遷造化者，如揭日月而中天，非君其疇成之?世之考鏡者，緣斯以窺神明之蘊，上焉者生生以壽天下，下焉者生生以尊其生，孰非君為之嚆矢哉I然君恆以此得忌，因瑕疵之。太史公之傳倉、扁，不曰“女無美惡，入宮見妬”乎?倉、扁故自不朽也，君能為倉、扁，倘亦有為太史公之言者。
時萬曆丙戌秋日華亭林下人馮行可書於不染齋
王氏序
《內經素問注證發微》者，吾甥馬子所撰也。
《內經》昉於軒轅，業青囊者靡不祖述之，而傳注未明，輒舉一君二臣三佐五使之說，而弁髦之，自謂奴僕長桑，衙官和扁，至叩以經絡、營衛、關格、司天在泉、南北政諸義，則束手退矣。嗟乎!《內經》與十三經並垂於世，假令今世學士大夫不得十三經註疏，而欲持管窺蠡測之見，揚榷聖謨，以誰信之?而又奚裨於世用?且也《內經》之生全民命，其功不啻如十三經之啟植民心，而惡可無注證以表章之?我國家內設太醫院，外設惠民局，聖祖之所以壽國脈、壽元元者，意至殷重也。而《內經》一書，自唐王冰注後，卒寥寥無聞，余嘗漁獵方書，得《內經》讀之，恨其無注，暨得冰所注讀之，而復恨其注之未詳，未嘗不掩卷嘆也。
吾甥馬子少游諸生間，又躓場屋，患弱疾，從季父刺史白峰命更醫，醫更精也，名益藉藉聞諸侯矣。獨慨軒轅之旨，不能炳如日星，判若淄澠，而按方泥經之夫，每每忌本根而攻枝葉，以致失於膏育，乾天地之和，為害非小，遂研精覃思，旁引曲喻，積有歲月，爰成斯編。其與經絡營衛，關格脈體，司天在泉，南北政諸義，瞭然掌上，而按方泥經之夫賴以指南。異日者，聖天子詔求海內異書，以備石室之藏，則此書之大有功於民生，稱不朽業無疑矣。
余惜其不能及之久遠也，乃命工鋟梓，以廣其傳，並為之序，以弁其首雲。
時大明萬曆十四年冬十月吉旦，賜進士第嘉議大夫南京兵部右侍郎，前奉敕總理糧儲提督軍務巡撫，應天等府地方都察院，右副都御史，山陰古林王元敬書
鮑氏弁言
《漢書》班志載《黃帝內經》十八篇，並無《素問》、《靈樞》之名，晉皇甫謐稱《針經》九卷，《素問》九卷，皆為《內經》。論者謂《針經》即《靈樞》，與《漢·志》十八篇之數合，唐王冰注《素問》作二十四卷，宋史崧《靈樞音釋》作十二卷，與舊《志》異，不聞別有所據，且注《素問》而不及《靈樞》，釋《靈樞》而不及《素問》，於二書亦不無偏廢之弊。
有明馬玄台先生《注證發微》，分《素問》、《靈樞》各九卷，復還舊觀，合二書詳加詮注，參互貫穿，洵足闡發《內經》微旨，而為黃帝功臣。歲久板刻漫漶，原刊絕少，近時即舒載陽重刻之本亦不可多得，坊賈每藉以居奇。余因以家藏舊本，重校付梓，俾業是術者，人人得而有之，或亦濟世養民之一助也。
嘉慶十年長至月既望古歙鮑漱芳席芬甫識
章節目錄
卷之一
上古天真論篇第一
四氣調神大論篇第二
生氣通天論篇第三
金匱真言論篇第四
陰陽應象大論篇第五
陰陽離合篇第六
陰陽別論篇第七
靈蘭秘典論篇第八
六節藏象論篇第九
卷之二
五藏生成篇第十
五藏別論篇第十一
異法方宜論篇第十二
移精變氣論篇第十三
湯液醪醴論篇第十四
玉版論要篇第十五
診要經終論篇第十六
脈要精微論篇第十七
平人氣象論篇第十八
卷之三
玉機真藏論篇第十九
三部九候論篇第二十
經脈別論篇第二十一
藏氣法時論篇第二十二
宣明五氣篇第二十三
血氣形志篇第二十四
寶命全形論篇第二十五
八正神明論篇第二十六
離合真邪論篇第二十七
卷之四
通評虛實論篇第二十八
太陰陽明論篇第二十九
陽明脈解篇第三十
熱論篇第三十一
刺熱篇第三十二
評熱病論篇第三十三
逆調論篇第三十四
瘧論篇第三十五
刺瘧篇第三十六
卷之五
氣厥論篇第三十七
咳論篇第三十八
舉痛論篇第三十九
腹中論篇第四十
刺腰痛篇第四十一
風論篇第四十二
痹論篇第四十三
痿論篇第四十四
厥論篇第四十五
卷之六
病能論篇第四十六
奇病論篇第四十七
大奇論篇第四十八
脈解篇第四十九
刺要論篇第五十
刺齊論篇第五十一
刺禁論篇第五十二
刺志論篇第五十三
針解篇第五十四
卷之七
長刺節論篇第五十五
皮部論篇第五十六
經絡論篇第五十七
氣穴論篇第五十八
氣府論篇第五十九
骨空論篇第六十
水熱穴論篇第六十一
調經論篇第六十二
繆刺論篇第六十三
卷之八
四時刺逆從論篇第六十四
標本病傳論篇第六十五
天元紀大論篇第六十六
五運行大論篇第六十七
六微旨大論篇第六十八
氣交變大論篇第六十九
五常政大論篇第七十
六元正紀大論篇第七十一
刺法論篇第七十二
本病論篇第七十三
卷之九
至真要大論篇第七十四
著至教論篇第七十五
示從容論第七十六
疏五過論篇第七十七
征四失論篇第七十八
陰陽類論篇第七十九
方盛衰論篇第八十
解精微論篇第八十一
內容簡介
此書於《素問》經文雖本林億之校，但其卷數則復9卷之舊。從醫理及詞義上對《素問》原文逐篇逐段加以注釋。以馬蒔素善針灸，故於經俞針灸等方面有較好發揮。如注《針解篇》“邪盛則虛之”曰:“邪盛則虛之者，言諸經邪氣之盛者，皆瀉其邪，出針之時勿按其穴，令氣之發泄也”。一語傳神，頗為精當。但亦不免有臆解、謬誤之處。故汪昂(訒庵)嘗謂:“馬注(《素問》)舛謬頗多”。此評雖言之有據，但亦有其片面性。洋洋81篇之詮注，實不乏精論高見。如注釋《骨空論》“厭之令病者呼噫嘻”一句，明確指出:“厭，讀如壓”，則費解之經，為之豁然。
影響評價
本書總體上略遜於《靈樞注證發微》，但仍不失為研習《素問》之較重要文獻。
