部門設定
該院下設政治處、研究室、辦公室、監察室、刑事審判庭、民事審判一庭、民事審判二庭、行政審判庭、立案庭、審判監督庭、執行局、法警大隊共12個機構。建院以來忠實履行憲法賦予的審判職責，堅持嚴把案件事實關、證據關、程式關和適用法律關,審判質量和效率不斷提高，立案正確率100%，依法公開開庭率和公開宣判率100%，年平均結案率、當庭宣判率、調解結案率等各項業務指標在全市法院系統均處於領先地位。先後審結、成功調解了一批疑難、複雜和新類型案件，如全國罕見的小梅沙海浪傷人索賠案、全國首例新婚姻法實施以來丈夫虐待妻子案、2004年度全國十大稅案之一的深圳廷苑酒店有限公司偷稅案、深圳市首個政府"零投入"城中村改造工程拆遷補償糾紛案以及侵犯超美商業秘密案，等等。其中，海浪傷人索賠案、侵犯超美公司商業秘密案，引起了海內外的廣泛關注，審理結果受到了社會各界的好評。
創新改革
2006年，該院在以鄧瓊南院長為核心的黨組領導下，勇於探索、開拓創新，先行實施了主審法官負責制、六個月未執行完畢更換執行法官制；成立案件管理辦公室，集中辦理保全送達、委託評估拍賣等訴訟事務性工作；啟用辦公自動化系統、新版訴訟信息管理系統、數字法庭、多功能會議系統等等。一系列的制度創新、高科技設備的投入使用，提高了我院的司法透明度，促進了司法公正與高效，體現了"司法為民"、"陽光審判"的司法工作理念，有力地推進我院的法官職業化建設和信息化建設。
以民為本
此外，該院還切實加強立案信訪"視窗"建設，加強訴訟指導，推行訴訟風險告知制度，保護弱勢群體合法權益；推行"院長接待日"制度,開設"夜間法庭"、"雙休日"法庭，為民眾提供人性化的訴訟服務；廣泛進行普法宣傳，提高民眾法律意識：積極開展"法律進社區"、"12.4法制宣傳日"活動，設有"人民調解委員會業務指導小組"和"未成年人普法教育指導小組"，指導基層人民調解及普法教育工作，並堅持編輯、免費刊發融知識與趣味性於一體、老少皆宜的普法宣傳讀物--季刊《以案說法》及半年刊《與法同行》。
