1958年至1965年期間，鳳凰縣政法戰線貫徹“大躍進”精神，實行公、檢、法三家聯合辦公，推行“辯、斗、捕、判一條龍”，“下去一把抓，回來再分家”，“有事辦政法，無事搞生產”的作法，鳳凰縣檢察機關的法律監督職能受到嚴重消弱。1966年，文化大革命開始，公、檢、法被衝擊、砸爛，檢察業務工作被迫中斷。1968年2月，鳳凰縣的公、檢、法由縣人民武裝部組成的軍事管制小組接管。1975年1月17日，第四屆全國人民代表大會第一次會議通過的《中華人民共和國憲法》規定：檢察職權由公安機關行使，正式取銷各級檢察機關。
1978年7月，根據中共中央（1978）21號檔案精神，鳳凰縣革命委員會決定，由覃如泰同志任鳳凰縣人民檢察院副檢察長，並負責鳳凰縣人民檢察院籌建工作。同年12月，鳳凰縣人民檢察院正式重新成立，辦公地址設在縣公安局辦公樓一樓。1981年覃如泰正式任鳳凰縣人民檢察院檢察長，同年底鳳凰縣人民檢察院遷至南華路23號，有了獨立的辦公場所。1984年5月，吳太和同志接任鳳凰縣人民檢察院檢察長職務，通過多方努力，籌備資金，1987年新修三層辦公大樓，極大的改善了幹警們的辦公環境。
1995年12月，賈順成同志調任鳳凰縣人民檢察院檢察長，在縣委縣政府的支持下，對原來的辦公樓內部進行全面整修，同時積極籌備該院新技偵大樓的地基和建房國債資金。2002年2月鳳凰縣檢察院徵得縣政府劃撥地基13畝，爭取到位國債資金300萬元。2003年1月，廖永忠同志調任鳳凰縣人民檢察院檢察長。 廖永忠同志上任後帶領一班人千方百計自籌資金200餘萬元，保證了技偵大樓的按期竣工，徹底改變了鳳凰縣人民檢察院的辦公條件。
2008年元月，楊良文同志當選鳳凰縣人民檢察院檢察長，楊良文同志上任後，提出“天下鳳凰、文明檢察“的發展理念，以守望法律，守望公平正義，守護“天下鳳凰”為己任，以打造人民滿意的檢察院為出發點和落腳點，堅持理性、平和、規範、文明執法理念，在偏遠落後的湘西地區創造了不平凡的檢察業績。該院連續三年被評為“全州先進檢察院”，連續兩次被評為“全省先進檢察院”，2008年被湖南省委、省政府評為省級文明單位，2009年被省檢察院確定為“全省基層檢察院建設示範單位”，2010年2月被最高檢察院記“集體一等功”，2010年11月被湘西州委評為“書香機關”，2011年7月被湘西州委、州政府評為“先進基層黨組織”。
2013年以來，共獲全省讀書風氣最盛檢察院等省級榮譽41項次，全州先進基層檢察院等州級榮譽41項次，2017年度全院11個內設機構中有10個內設機構的工作在州院部門工作考核中進入全州前三，其中7個內設機構的工作名列全州第一。
