遊戲劇情
初代背景
魂斗羅3公元2631年9月12日，一顆神秘的隕石墜落在紐西蘭附近的加爾加群島上。兩年以後的2633年12月，聯邦軍司令部得到訊息，說一個叫做紅鷹的武裝組織開始把加爾加群島地區修建成一個發動異型侵略戰爭的基地。於是，防衛軍魂斗羅成員比爾雷澤和蘭斯比恩被送去破壞對方的計畫。這次行動獲得圓滿成功，但是海軍部門將有關這次事件的信息作為高度機密，完全未向大眾公布。
3代背景
公元2636年，不甘心數次失敗的異形終於發動了對地球的大規模侵略戰爭，在異形壓倒性的科技面前，人類一時束手無策，面對敵人的攻擊節節敗退，兩度打敗異形的魂斗羅小隊的傳奇戰士比爾和蘭斯再度臨危受命，前去直接破壞敵人的中樞系統，以協助人類展開反擊。
遊戲秘籍
ContraIII The Alien Wars(J)
30人：
下，右，下，右，Start（必須非常快速連續按出，聽到人物死亡慘叫聲即為成功）
選關：
下，左，下，左，Start（必須非常快速連續按出，聽到低沉的異形叫聲即為成功；若按Start時恰好進入Option則無效）
音效及音樂鑑賞：
下，右，下，右，X（X即換槍鍵，不需要手速很快也能按出；進入後左右鍵選擇音效或音樂，Y鍵即射擊鍵播放，B鍵即跳躍鍵停止，Start返回主選單；其中Sound 00～5B為音效，Sound 5C～6A為音樂；Sound 65無法播放）
