主要人物
雷歐：全名雷歐·忒修斯，世界冒險協會的會長、浮空城元老之一，鬼影迷蹤的創始人，半個世紀前加入世界冒險協會，看到了人類加速擴大的真正險惡，無奈之下創建並加入鬼影迷蹤，製造多起毀滅與創造為主題的“雅各布天梯計畫”，妄圖把全人類思想統一。因研究逆生長而由七十多歲的老人變成了一位十三歲的少年，期間明白了“ 一個冒險者的初心，那是對整個世界永不妥協、永不放棄的探索之心”這個道理，現解散鬼影迷蹤、離任世界冒險協會會長，並改名埃克斯，後面的劇情會和DODO冒險隊一起冒險。
登場集數：第24—27冊（其他有待補充）
漢森：浮空城市長，是“雅各布天梯計畫”的第二執行人，妄想擁有雷歐的先天智商和整個世界，計畫失敗後，因得到雷歐的全部智慧而遭到精神分裂反噬，被抓走並除名。
登場集數：第24冊
簡：鬼影迷蹤中的一員，往礦泉水裡下毒導致聖斯丁學園大量學生昏迷，座駕為摩托艇，也是鬼影迷蹤中最早出現的成員，後和森刃等人合作，並企圖復辟鬼影迷蹤。
登場集數：第15冊、第26冊
西奧：雷歐的朋友。在發現黃泉鄉的青春泉內擁有使自由基失控的病毒秘密後，為了達到自己的目的，便傷害了木耳一家和很多人，曾經從組織的一位前輩聽說過DODO冒險隊的事情（貌似是初登場於第17話的簡先生），於是寫了封挑戰信，並在信中自稱“神秘人”“天才少年”（貌似多多收到的那封詛咒之信也是他寄的），傲慢狂妄，智商高，中間欺騙了DODO冒險隊，讓他們傻傻地認為他為了救其他人而犧牲。組織身份為T.K75（代號），實則僅僅喜歡與雷歐研究科技與環遊世界（他親口說的）。
登場集數：第18冊、第19冊、第24冊
愛德華：米歇爾和瑪麗亞的兒子，常常全身纏著繃帶。生來就有與家人不同的棕黑色皮膚，因為曾經接觸過“印第安水晶頭骨陣”的其中一顆頭骨而早早患有骨質疏鬆症。他發明出一種隱身藥水和隱身衣：前者可以使人的皮膚隱形掉，但隱形不了骨頭；後者可以讓別人看不見，但是可以用一種紅外線隱形眼鏡能看得見，後轉正。
登場集數：第19冊、第25冊（和埃克斯電話聯繫，未再次露出正容）
彭可：是“外星人接觸入侵”鬧劇計畫的策劃人，以前是個太空人，身體已經步入全身軀體畸形的狀態。他在太空中找到了一個可以儲藏閃電並釋放閃電的“宇宙之石”後，便妄想用這塊隕石來無極限性增加人類的電力資源。被DODO探險隊和蘇克識破，在下手準備傷害扶幽的前一秒，被查理撥電話報警找來的警察逮個正著。
登場集數：第17冊
其他成員為恐龍島的無名科學家、以森刃為首的盜賊團等
毀滅與重生檔案
在第24冊被提及，為絕密檔案，可能涉及劇透，請謹慎觀看
A檔案 關鍵字：毀滅
| 地點 | 事件 | 研究對象 | 關鍵能力 | 執行人 | 結果 |
| 海龜島聖斯丁學院（15） | 聖斯丁學院水污染事件 | 生化配方 | 生化武器 | 簡先生 | 取得配方，但島嶼實驗未能完成。 |
| 海龜島尤加特拉希城（16） | 尤加特拉希生命樹事件 | 生命樹 | 永生 | 骷髏女孩 | 得到周期觀察記錄，未得到生命樹神經元。 |
| 丘楓鎮（17） | UFO事件 | 宇宙之石 | 新型能量 | 彭可 | 未得到宇宙之石，失敗。 |
| 香巴拉（23） | 巨人族遺址事件 | 植物之王 | 生物能 | 凱恩 | 未能將植物之王移植出香巴拉，失敗。 |
B檔案 關鍵字：重生
| 地點 | 事件 | 研究對象 | 關鍵能力 | 執行人 | 結果 |
| 溫泉鄉（18） | 青春泉事件 | 上古細菌 | 控制人類 | 西奧 | 成功取得上古細菌的菌落，溫泉被炸毀。 |
| 米特蘭（19） | 隱形人事件 | 水晶頭骨 | 頭骨中的數據 | 愛德華 | 成功獲得水晶頭骨內的數據。 |
| 海底實驗室（20） | 恐龍島 | 恐龍基因 | 智慧型催化培養 | 無名科學家 | 傷齒龍蘇格拉底催化成功，島嶼被銷毀。 |
