主要職責
根據《中華人民共和國審計法》規定， 市審計局主管全市的審計工作，向市人民政府和揚州市審計局負責並報告工作。其主要職責是：
(一)起草有關地方審計工作規範性檔案，接受市政府委託，起草向市人民代表大會常務委員會提出的審計機關對預算執行和其他財政收支的審計工作報告。
(二)確定全市審計工作重點，編制審計項目計畫。
(三)實施市審計局審計管轄範圍內的審計事項，組織實施行業審計、專項審計以及對本級財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。
1． 對本級各部門(含直屬單位)和下級人民政府預算執行情況和決算，以及預算外資金的管理和使用情況進行審計監督。
2．在市行政首長、揚州市審計局的領導下， 對本級預算執行情況和匯總編制的各項決算草案進行審計監督，向市人民政府和揚州市審計局提出審計結果報告。
3．對市金融機構的資產、負債、損益進行審計監督。
4．對市屬事業組織的財務收支進行審計監督。
5．對市屬國有企業的資產、負債、損益情況進行審計監督。
6，對與國計民生有重大關係的市屬國有企業， 接受財政補貼較多和虧損較大的市屬國有企業，以及市人民政府指定的其他重點企業，有計畫地定期進行審計。
7．對中外合資和合作企業進行審計監督。
8．對市建設項目預算的執行情況和決算，進行審計監督。
9．對市人民政府部門管理的和社會團體受人民政府委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支，進行審計監督。
10．對國際組織和外國政府援助貸款項目的財務收支，進行審計監督。
l1．對與本級財政收支有關的特定事項，向有關地方、部門、單位進行專項審計調查，並向市人民政府和揚州市審計局作審計調查報告。
(四)指導、監督審計管轄範圍內的內部審計工作。
(五)依據法律、法規規定，指導、監督、管理社會審計機構。
(六)辦理市委、市政府和揚州市審計局交辦的其他事項和組織開展相關的審計調查。
常設機構
根據上述職責，市審計局設7個職能科室(均為股級)。(一)辦公室，(二)財政金融審計科，(三)行政事業審計科，(四)工業交通審計科，(五)商貿審計科，(六)固定資產投資審計科，(七)農林水利審計科。
