洪承疇得知高進忠弟高成忠及其昔日舊識辛自脩皆隸軍中,便令其說降,以親情感化之。“高進忠內附之心始動”,遂遣將官徐士元來見洪承疇。洪承疇為打消其疑慮,亦派高成忠與辛自脩等前往安撫曲勸,終致高進忠於順治三年十一月駕船降清。
其時,濱海之蘇松常鎮諸地,“凡有奸逆官民不肯歸順者,皆勾引海寇,糾合攻搶,以致沿海州縣毒傷最慘”。而崇明一縣設在海外,尤當其沖,又有“高進忠擁眾負隅,所在觀望,倚附甚眾”。自其就撫後,“屈指海岸,北自狼山抵廟灣,南自楊舍抵海門,延袤數百里”,盡為清朝版圖。而隨同歸順副參等官20員、兵丁1327名、水兵650名、家眷1420名、戰船69號。
高進忠的降清,不僅對沿海一帶的安定起了重要的作用,同時也加強了清軍的海上防衛力量。
但高進忠在順治二年八月降清之前要求“明降上諭,授為某官,是何品級”,這種“求加職銜,要索俸餉”的行為,嚴重觸犯了清廷的忌諱,從而埋下禍根。於順治四年六月以“隱藏兵器、潛帶假辮”的罪名,與李際遇先後被殺。