職責調整
（一）將原市交通局的職責劃入市交通運輸局。
（二）取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
（三）取消公路養路費、航道養護費、公路運輸管理費、公路客貨附加費、水路運輸管理費、水運客貨附加費等交通規費的征稽職責。
（四）增加指導城市客運的職責。
（五）加強綜合運輸體系的規劃協調職能，最佳化交通運輸布局，促進各種運輸方式相互銜接，加快形成便捷、通暢、高效、安全的綜合運輸體系。
（六）加強統籌城鄉交通運輸協調發展職責，優先發展公共運輸，大力發展農村交通，加快推進城鄉交通一體化。
主要職責
（一）貫徹執行國家、省有關交通運輸工作的法律、法規和方針、政策。承擔涉及全市綜合運輸體系的規劃協調工作，會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃，指導全市交通運輸區域樞紐規劃和管理。
（二）組織擬訂全市公路、水路行業規劃、政策並監督實施。參與擬訂全市地方鐵路、民航產業發展規劃。參與擬訂全市物流發展規劃並監督實施。指導全市公路、水路行業有關體制改革工作。
（三）承擔全市道路、水路運輸市場監管責任。監督執行國家和地方有關道路、水路運輸政策、技術標準和運營規範。指導全市道路客運及有關設施規劃和管理工作，指導全市城鄉客運、出租汽車行業管理工作。
（四）承擔全市水上交通安全監管責任。負責水上交通管制、船舶及相關水上設施檢驗、登記和防止污染以及船舶與港口設施安全保障、危險品運輸監督、航道管理等工作。
（五）負責提出全市公路、水路固定資產投資規模和方向、市財政性資金安排意見，按市政府規定許可權審批、核准市規劃內及年度計畫規模內固定資產投資項目。
（六）承擔全市公路、水路建設市場監管責任。監督全市公路、水路工程建設和維護相關政策、制度及技術標準的實施。組織協調全市公路、水路有關重點工程建設和工程質量、安全生產監管工作，指導全市交通運輸基礎設施管理和維護工作。
（七）指導全市公路、水路行業安全生產和應急管理工作。按規定組織協調國家、省重點物資和緊急客貨運輸，負責市管高速公路及重點幹線路網運行監測和協調工作。組織協調全市地方交通戰備工作，承擔國防動員有關工作。
（八）指導全市交通運輸信息化建設，監測分析運行情況，開展相關統計工作，發布有關信息。指導全市公路、水路行業環境保護和節能減排工作。
（九）制定全市交通運輸行業科技規劃並監督實施。組織科技開發，推動行業技術進步。
（十）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市交通運輸局設8個內設機構。
（一）辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案等工作；承擔檔案起草和政務公開、保密、信訪、宣傳等工作。
（二）運輸管理辦公室（出租汽車和城市公共運輸指導辦公室）
承擔全市道路、水路運輸市場監管責任；負責與有關部門建立綜合運輸體系協調配合機制；組織實施國家、省相關政策、制度和標準；承擔涉及綜合運輸體系的標準協調工作；指導全市運輸線路、營運車輛、區域交通樞紐、運輸場站等管理工作；參與擬訂全市物流業發展規劃；指導車輛維修、營運車輛綜合性能檢測、機動車駕駛員培訓機構和駕駛員培訓管理工作；承擔指導城市公共汽車、出租汽車、汽車租賃、道路客運管理工作。
（三）綜合規劃科
會同有關部門組織編制全市綜合運輸體系規劃，承擔有關協調工作；組織擬訂相關行業發展規劃，參與擬訂全市物流業發展戰略和規劃；承擔有關規劃和建設項目的審核工作；提出有關專項資金投資政策和資金安排建議並監督實施；承擔或參與全市公路、水路工程設計審批；承擔公路標誌標線管理工作；承擔有關環境保護、利用外資、統計、信息工作。
（四）財務科
承擔專項資金、預決算、政府採購、外資、信貸有關工作；承擔機關財務及資產監管、內部審計工作；指導監督所屬單位財務和國有資產管理。
（五）人事科
承擔機關和所屬單位的人事、機構編制、勞動保護和衛生監督工作；指導全市交通運輸行業人才隊伍建設工作；承擔有關智力引進工作；承辦局業務主管的社會團體相關事務；負責機關離退休人員工作，指導所屬單位的離退休人員工作。
（六）建設管理科
承擔全市公路、水路建設市場監管責任；負責公路、水路建設、維護相關政策、制度、技術標準的監督實施；承擔市重點公路、水路等工程施工許可、實施監督和竣工驗收工作；指導農村公路建設、維護工作；擬訂公路、水路行業科技規劃並監督實施；組織協調有關科技項目研究；承擔有關標準、質量和計量工作；指導行業節能減排工作。
（七）安全監督科（應急辦公室）
組織擬訂全市公路、水路安全生產規定和應急預案並監督實施；指導有關安全生產和應急處置體系建設；承擔有關道路、水路運輸企業安全生產監管工作；依法組織或參與有關事故調查處理工作；組織協調國家、省重點物資運輸和緊急客貨運輸。
（八）政策法規和路政科（市車輛超限超載治理工作辦公室）
承擔有關執法協調工作；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；指導監督行業行政執法工作，承辦行政複議和行政應訴；指導全市公路、水路行業有關體制改革工作；監督實施公路路政相關政策、制度和技術標準；負責全市高速公路、國家和省幹線公路、農村公路路政管理以及超限運輸治理工作；承擔市管高速公路及重要幹線公路運行監測和協調，參與實施交通管制；指導公眾出行路況信息服務和諮詢工作；提出全市公路收費站點和治理超限站點設定、以及收費站收費標準、收費期限的建議，經省政府批准後監督實施；組織實施綠色通道、搶險救災、農機跨區作業等通行費減免工作。
紀檢（監察）機構和機關黨組織按有關規定設定。
其他事項
（一）駐馬店市交通戰備辦公室設在市交通運輸局。主要職責是組織協調全市地方交通戰備工作，承擔國防動員有關工作。正處級規格，主任1名，副主任2名。
（二）會同市發展和改革委員會等部門建立綜合運輸體系協調配合機制。市交通運輸局會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃，承擔涉及綜合運輸體系規劃有關重大問題的協調工作。市發展和改革委員會負責綜合運輸體系規劃與國民經濟和社會發展規劃的銜接。
（三）水上安全管理的職責分工。交通運輸部門負責對通航水域內運輸船舶（含渡口載客船舶）的安全監督管理；農業（含漁政監督管理）部門負責對漁業船舶和農用船舶的安全監督管理；水利和河務部門負責對非通航水域采砂船（含水上附屬設施）以及系統內專門用於本行業水上、水下施工、作業的船舶的安全監督管理；風景名勝區、自然保護區、公園及園林區內水域遊覽船舶及水上遊覽設施的安全管理工作，按照“誰開發、誰負責，誰主管、誰負責”的原則，由園區行業主管部門和上級主管單位負責安全管理。
（四）所屬事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
