日軍侵占開封后,馬運五家的“五福”號商店被日軍搶掠一空。馬運五特意留起鬍鬚、祈禱禮拜,深入簡出。日偽數次利誘脅迫他出來任職,他均予推卻。曾幾次避居商丘、亳縣。1945年日本投降後,他繼續當選開封商會常務理事。1946年任代理理事長。
中華人民共和國成立後,馬運五在中國共產黨和人民政府的扶持下繼續經營“五福”醬園。1951年加入中國民主建國會,並先後當選開封市政協委員、市人民政府委員、市民建會籌備委員、省政府委員、省人民委員會委員、省工商聯主任委員和第一屆全國人民代表大會代表等職。先後被選為開封市回民代表,中南民族事務委員會委員,河南省民族事務委員會副主任,中國伊斯蘭教協會籌備委員和中國回民文化協進會委員。1950年10月,中南區各民族代表團參加國慶觀禮。