輝煌戰績
2001年女足亞洲杯後，前任主教練馬元安卸任，原上海女足主教練馬良行正式出任中國女足主教練。
2003年女足美國世界盃後下課；2004年出任中甲球隊珠海中邦隊任主教練，並在那年率領中邦隊沖超成功，2005年，率領升班馬上海中邦征戰中超聯賽，並取得第11名；2005年12月二度出任中國女足主教練，率領球隊獲得2006年亞洲杯冠軍，2006年多哈亞運會銅牌，2007年初因病離開中國女足。
馬良行2008年任無錫中邦隊主教練，帶領球隊保級成功，年底球隊回到上海，球隊命名為浦東中邦隊，2009年4月因球隊在中甲聯賽中成績不佳被迫“下課"。
2010年初申花學習，並擔任上海申花主教練布拉澤維奇的助理教練。
2010年9月20日，馬良行調任上海足管中心副主任，正式開始了其退居二線後的政治生涯。
第九屆上海市足球協會執委會成員。
接管上海女足
2010年11月29日，剛剛走馬上任上海足球管理中心副主任僅僅一個多月的馬良行，又轉變了一個新的角色。馬良行突然接到上海體育局的通知，臨時接手上海女足，擔任球隊的主教練，幫助球隊重塑輝煌。而原來的上海女足主教練林志樺已經宣布下課。不過，對於其下課的根本原因，有關方面並沒有給出明確的說法。 在得到訊息之後，記者隨即撥打了馬良行的電話，不過馬良行表現得相當低調，他表示，上海女足主教練這個職務，自己暫時還只是兼任而已，也不方面多說什麼，至於未來工作如何安排，還要由上級領導來決定。原本在申花俱樂部跟隨布拉澤維奇學習的馬良行突然轉型，成為了上海足球管理中心的副主任，主要負責上海男女隊備戰下屆全運會的工作，對於近十多年來，一直在一線隊執教的馬良行而言，這是一次不小的角色轉變，很多人都以為馬良行就此會走上政壇，開始自己的幹部生涯。當時記者也曾經電話採訪過馬良行，不過馬良行話並沒有說死，他表示，當教練仍然是自己的理想，在合適的條件下，自己仍然有可能出山，帶領一線隊征戰國內足壇。在談到自己在足球管理中心的本職工作時，馬良行還專門強調，自己負責的部分同樣具有比較強的專業性，與擔任一線教練的工作區別並不是很大。
正式擔任足管中心副主任之後，馬良行很快進入角色，在過去一個多月的時間裡，他已經專門考察了上海男女青年隊的人才儲備情況，女足青年聯賽期間，馬良行還專門前往四川，現場觀看上海女足的比賽。儘管已經成為了一名管理人士，但是馬良行大部分工作時間仍然是在足球場邊。在這種情況下，上海足協一旦認為上海女足需要更換主教練，馬良行無疑是第一選擇。
在林志樺之前，馬良行帶領上海女足取得過彪炳的戰績，從1994年開始執教上海女足到2002年加盟國家隊，八年里馬良行帶領上海隊拿到了19個全國冠軍，將上海隊打造成為了一支國內女足足壇的無敵之師，不僅如此，馬良行更是親手培養出了孫雯、浦瑋等名將，最鼎盛的時候，上海女足一支球隊就能為國家隊貢獻六七名隊員。
至於林志樺的下課，並沒有明確的說法，記者也電話採訪了上海女足的有關人士，不過似乎對於原因，都不願意多說。只有領隊孫琦敏表示，“這是隊里的決定，林指導可能有自己的一些私事需要處理。”
林志樺在馬良行之後接手上海女足，雖然在全國聯賽中也曾經有過不錯的表現，但是兩屆全運會，上海女足都沒有能夠奪取金牌，這讓林志樺在談起執教成績時總有些底氣不足。球隊重奪女超聯賽冠軍，在這種情況下，球隊卻選擇更換主教練，除了成績之外，似乎還另有隱情。
上海女足的冬訓即將開始，有訊息稱，馬良行只是在冬訓期間臨時接管球隊，等到新賽季開始之後，上海隊還會選擇更為年輕的教練員擔任主教練臨場指揮。
