馬育航，廣東省海豐縣人，海豐速成師範學堂畢業。1907年2月2日，與陳炯明、陳達生、鍾秀南、陳演生、鍾景棠、黃杰群等人成立海豐同盟會，隸屬於孫中山總部領導。
1909年陳炯明在家鄉創辦《陸安自治報》（後改名為《海豐自治報》），自任主筆，馬育航與鍾景棠、陳達生、陳演生等人分任撰述。1911年5月，隨陳炯明加入支那暗殺團。
1911年10月武昌起義爆發後，隨陳炯明參加光復惠州之役，任“ 循軍”指揮部書記、副官長。
1913年二次革命爆發後，陳炯明舉兵反袁，失敗後流亡東南亞，馬育航隨之流亡。
1916年春，隨陳炯明回到廣東參加討袁鬥爭，共同組織惠州共和軍。
1918年2月，孫中山任命陳炯明為惠、潮、梅三屬軍務督辦（10月，撤消此職）。馬育航任惠、潮、梅督辦公署總參議兼潮梅籌餉局長。
1920年8月，陳炯明率粵軍從廣西回粵，打敗盤踞廣東的桂系軍閥，被任命為廣東省省長兼粵軍總司令，此後馬育航歷任粵軍總司令部副官長、廣州市財政局局長、廣東省財政廳廳長。
1925年，陳炯明下野，馬育航隨之匿居香港。後來，還擔任過國民政府天然資源委員會錫礦局廣州分局局長，也曾在汪精衛手下任職。
1939年在上海遭人暗殺。
