人物生平
崇禎初即從李卑平流寇。
五年（1632）春，混天猴陷宜君、鄜州，其夏攻合水。馬科以參將追寇至甘泉山。七月破之延水關，斬首六百二餘級。其地東限黃河，賊溺死者無算，科部卒斬混天猴以獻朝廷。
李卑於七年（1634）春六月卒於官，科遂改隸屬洪承疇麾下。
李自成欲入四川，科與曹變蛟敗之，並窮追之至潼關，參與潼關南原之戰，大破之，李自成以十八騎逃亡。旋任山海關總兵，從洪承疇援錦州，科駐防塔山，清將濟爾哈朗率兵至城下列紅衣大炮攻之，明軍殺死佐領崔應泰，參領邁色，城壞二十餘丈，清軍悉登，遂克塔山。
其後科與王朴等從海路潰歸，法司準備定罪，御史郝晉認為：六鎮同罪，皆宜死，吳三桂實遼左主將，不戰而逃，奈何反加提督？兵部尚書陳新甲覆議：請斬王朴，勒令馬科立下軍令狀，再失戰機立斬不赦。
十五年（1642）清軍取得松錦之戰的勝利後再次入塞殺戮劫掠，科領兵拒敵被擊敗。
十六年（1643）領兵入衛北京，帝賜宴武英殿，命從大學生吳甡南征，後來沒有實行。
十七年（1644）三月科跟從李建泰西征李自成，無功。
北京失陷後投降了李自成，被封為懷仁伯。不久與投降的遼東巡撫黎玉田領兵一萬遠征四川的明朝勢力。
五月，科由漢中入川攻陷保寧，明朝川北副史項國瓚犧牲。攻陷潼川，科說降知州陳君寵，君寵不屈，與兩個兒子從容自盡死。
此時張獻忠已經在成都稱帝所以不能容忍大順軍的勢力在四川，所以他親自領兵擊敗了馬科，迫使大順軍退回了漢中。
弘光元年（1645）正月，科與賀珍領兵至褒城，攻大西軍於廣元，大西軍屠廣元而走。張獻忠命令劉進孝屠殺保寧，賀珍的部將嚴自明、鄭天祿大肆劫掠保寧而回。
正月十二日，清軍占領了潼關清軍擊敗李自成進入西安，科與賀珍、白廣恩等人投降。
七月賀珍反正歸明，十月進攻馬科於漢中，科擊退了賀珍並殺死了他的部將魏景龍。
後事不詳。
