馬山縣總工會下設有辦公室、綜合部兩個科室及工會困難職工幫扶中心。
二、主要職能
一依據黨的基本理論、基本路線、基本綱領和工運方針，圍繞黨和國家工作大局以及縣委、縣人民政府各個時期的中心任務，確定全縣工會工作方針，指導全縣工會工作，貫徹執行中華全國總工會、自治區總工會、市總工會、縣工會代表大會確定的方針、任務和決議。
二依照法律和《中國工會章程》，組織和指導各級工會堅定不移地推動黨的全心全意依靠工人階級根本指導方針的貫徹落實，進一步突出和履行維護職工合法權益的職能。
三對有關職工合法權益的重大問題進行調查研究，向縣委和縣人民政府反映職工民眾的思想、願望和要求，提出意見和建議；參與涉及職工切身利益的有關政策措施、制度的制定；對侵犯職工合法權益重大事件進行調查並提出處理意見，參與職工重大傷亡事故的調查處理。
四負責工會理論政策研究。研究制訂工會的組織制度和民主制度，監督檢查《中國工會章程》的貫徹執行；研究指導工會自身改革和建設；指導全縣各級工會組織開展以職工代表大會為基本制度的民主選舉、民主決策、民主管理和民主監督工作，推動建立平等協商、集體契約制度和監督保證機制工作。
五協助鄉（鎮）黨委和各機關、企事業單位的黨組織管理各級工會領導幹部；監督、檢查縣總工會機關黨員幹部黨風廉政建設情況；研究制訂工會幹部的管理制度和培訓規劃，負責全縣工會幹部的培訓工作。
六承擔全國、全區勞動模範、“五一”勞動獎章、獎狀獲得者的推薦工作，承擔南寧市勞動模範、先進單位（集體）及先進生產（工作）者的推薦工作，負責全縣勞動模範的管理。
七負責全縣工會經費和工會資產的管理、審查、審計工作；研究制訂興辦職工勞動福利事業的有關制度和規定，負責對職工勞動福利事業的指導、協調工作。
八負責參與有關女職工合法權益特別是特殊權益的法律法規和政策的實施監督；調查研究女職工合法權益保護及工作、學習、生活等方面存在的問題，提出意見和建議；負責工會女職工工作的理論政策研究。
九承擔縣委、縣人民政府和自治區總工會、市總工會交辦的其他事項。
