馬來人起源
大陸沿海起源說
一項最新的研究成果證實：遍及兩大洋的南島居民，直接源於中國大陸的廣大地區 ，而並沒有通過台灣島進行遷徙。這項關於《南島西部人群和侗台人群的父系遺傳關係》的研究，由復旦大學現代人類學教育部重點實驗室與台灣慈濟大學、印尼艾克曼分子生物學研究所、越南順化醫學院、廣西醫科大學等合作完成，其成果發表在最新一期英國出版的《生物醫學中心進化生物學》雜誌上。
馬來人種在殖民時代之前，南島民族是世界上分布最廣泛的族群，其範圍西至非洲的馬達加斯加島，東至南美智利的復活節島，南至紐西蘭，北至中國台灣島，幾乎遍及太平洋和印度洋。南島民族的語言被劃分為南島語系，包含了世界上五分之一的語種。
課題組對於O1a、O1b、O2等馬來人種常見基因內部多樣性的分析進一步發現，大陸侗傣族群的多樣性最高，而台灣和馬來族群等南島語系民族的類型都只是從侗傣族群的類型中分別延伸出來的。台灣和馬來族群的類型沒有直接的聯繫。對這些族群中的其他Y染色體類型的分析也得到類似的結果。這一證據否定台灣作為南島民族故鄉的觀點，反而認為台灣族群和其他南島語族分別起源於中國大陸的古侗傣族群，支持把這三個類群歸併為一個更大的分類學概念——澳泰族群。
中國上古的百越與南島語系民族有共同的祖先。百越種族眾多，是南島語系民族的祖先。他們在青銅時代的主要文化特色是有太陽光芒紋樣的銅鼓。南島語系民族善於航海。 根據調查分析，整個澳泰族群發源於大約三萬年前的中國廣東沿海。大約兩萬年前，台灣族群的祖先開始從廣東、廣西的南方沿海通過當時還露出海面的台灣地峽向台灣遷徙。而在大約一萬年前，馬來族群的祖先離開北部灣的越南和廣東沿岸，沿著越南的海岸向南遷徙，一直到達馬來半島和印度尼西亞。大約3000年前，印度尼西亞的馬來族群開始向太平洋和印度洋的深處探索，到達了夏威夷、復活節島、紐西蘭和馬達加斯加。
這一結論對於人類早期移民過程的研究意義重大，改寫了南島民族的史前史。
在此之前有另二種說法，來自中國雲南或就起源於馬來群島。
大陸雲南起源說
馬來人種雲南起源，主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana 和Asmah Haji Omar等。依據如下：
1.在馬來群島發現的古老斧頭，與南亞的某些地區類似，說明有南亞居民移民馬來群島。
2.馬來族的風俗與阿薩姆地區類似（阿薩姆是印度與緬甸之間的地區）。
3.馬來語與高棉的高棉語相似，而高棉人又被認為來自於雲南，當年他們沿著湄公河南下到高棉。
雲南起源說被廣大人群所接受，馬來西亞的中學歷史課本中都介紹馬來人起源於雲南。 依此學說，馬來人的祖先分二批在不同年代從雲南遷移到馬來群島。這二批馬來人的祖先分別稱為原始馬來人（馬來文：Melayu Proto）及混血馬來人（馬來文：Melayu Deutro）。原始馬來人及混血馬來人又合稱南島人（馬來文:Indonesian），二者的文化為新石器時代的文化。南島人其實是最後移入馬來群島的人群。之前遷入的有澳大利亞人種（英文：Australoid），尼格利陀人（英文：Negrito）和美拉尼西亞人（英文：Melanesoid）。
馬來群島起源說
由華人、馬來人、印度人組成的新加坡特種兵1.馬來人和爪哇人在19世紀都有很高的文化。能達到這種成就只有不斷發展的本土古老文化才能達到。以此說明馬來人並非來自任何地方。而是土生土長。
2.K.Himly不同意馬來語與高棉語相似。認為二語相似只是表面印象，沒有足夠理據。
3.爪哇島發現的梭羅猿人和維傑人。化石表明馬來人是馬來群島起源，可能馬來人就是來自爪哇島。
4.馬來群島各族的語言與中亞屬於印歐語系的語言有異。
馬來群島起源論在馬來西亞只得到極少數人的支持。
體貌特徵
馬達加斯加人馬來人的基本外貌特徵為：膚色淺棕，頭髮長而直，體毛髭鬚較少，部分人無髭。圓顱形。眼睛較大，鼻高而直，唇偏厚。身高中等偏低。
但馬來人中不同民族的體貌特徵也有區別。一些民族（如陸達雅克人）長期隱居在昏暗的熱帶雨林中，少見陽光，因此膚色白皙。還有一些民族（如帝汶人）混有澳大利亞人種血統，因此膚色更深，體毛髮達。
玻里尼西亞人與馬來人有較明顯的差異，他們身材高壯，古銅皮膚，頭髮呈波浪形，體毛較多，高鼻大眼，深眼眶，看起頗像歐亞混血人種。大洋洲人種多見歐化傾向，如一些巴布亞人鼻高而隆起，美拉尼西亞人不少擁有金髮。學術界一般認為玻里尼西亞人是馬來人和歐化的大洋洲人種的混血後裔。
人種分類法
•19世紀時，有多位自然科學家在種族的問題上發表了自己的觀點，Blumenbach的五分法則是19世紀時比較常見的：
1.歐羅巴人種，即白色人種，主要分布在歐洲、西亞等地
2.蒙古人種，即黃色人種，主要分布在東亞、中亞等地
3.衣索比亞人種，即黑色人種，主要分布在非洲、大洋洲等地
4.美洲人種，即紅色人種，主要分布在美洲
5.馬來人種，即棕色人種，主要分布在馬來群島與大洋洲
•在Blumenbach之後的幾十年里，研究人員漸漸將美洲、馬來兩個人種歸併於蒙古人種，結果進入20世紀初剩下三個主要的人種：
1.歐羅巴人種，即白色人種
2.蒙古利亞人種，即黃色人種
3.尼格羅人種，即黑色人種（包括巴布亞人、美拉尼西亞人等大洋洲土著）
•20世紀最常見的分法是由美國人類學家Carleton S. Coon提出的：
1.剛果人種，即黑色人種
2.歐羅巴人種，即白色人種
3.蒙古人種，即黃色人種
4.澳大利亞人種，即棕色人種
