非內共生學說

又稱細胞內分化學說。認為線粒體的發生是質膜內陷的結果。有幾種模型，其中Uzzell的模型認為：在進化的最初階段，原核細胞基因組進行複製，並不伴有細胞分裂，而是在基因組附近的質膜內陷形成雙層膜，將分離的基因組包圍在這些雙層膜的結構中，從而形成結構可能相似的原始的細胞核和線粒體、葉綠體等細胞器。後來在進化的過程中，增強分化，核膜失去了呼吸和光合作用，線粒體成了細胞的呼吸器官，這一學說解釋了核膜的演化漸進的過程。

非內共生學說

一種關於真核細胞起源的假說。由美國生物學家馬古利斯（LynnMargulis）於1970年出版的《真核細胞的起源》一書中正式提出。她認為，好氣細菌被變形蟲狀的原核生物吞噬後、經過長期共生能成為線粒體，藍藻被吞噬後經過共生能變成葉綠體，螺鏇體被吞噬後經過共生能變成原始鞭毛。

非共生起源學說：認為真核細胞的前身是一個進上比較高等的好氧細菌，它比典型的原核細胞大，這樣就要逐漸增加呼吸作用的膜表面。開始是通過細菌細胞膜的內陷，擴張和分化（形成的雙層膜分別將基因組包圍在其中），後形成了線粒體和葉綠體和細胞核的雛形。

成功之處：解釋了真核細胞核被膜的形成與演化的漸進過程。

不足之處：實驗證驗不多；無法解釋為何線粒體，葉綠體與細菌在DNA分子結構和蛋白質合成性能上有那么多相似之處；對線粒體和葉綠體的DNA酶，RNA酶和核糖體的來源也很難解釋。

真核細胞的細胞核能否起源於細菌的核區。