中心主要職能是急、慢性傳染病與慢性病的預防與控制、突發公共衛生事件的應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、技術管理與套用研究指導,並承擔對轄區一、二級醫療衛生機構的業務指導與考評;通過履行以上職能,旨在預防和控制健康相關危險因素、疾病、傷害和失能,提高全區人民健康水平和生命質量。
區疾病預防控制中心設14科1室(辦公室、綜合業務信息管理科、急性傳染病防制科、病媒消毒科、計畫免疫科、性艾結麻防制科、慢性病防制科、五大衛生科、職業衛生科、健康教育科、質量管理科、微生物檢驗科、理化檢驗科、財務科、總務科)。對外增掛青浦區衛生檢驗檢測所,青浦區健康教育館、青浦區麻風病防治所三個分支機構牌子。
截止2011年4月底,中心現有正式職工105名 (不含非在編人員3名),其中:專業技術人員91人(衛生專業技術人員有85人),工人14人。85名衛生專業技術人員中,副高職稱6人,占衛生專業技術人員的7.06%;中級職稱34人,占衛生專業技術人員總數的40%;初級職稱45人,占衛生專業技術人員的52.94%。衛生專業技術人員中現有碩士學歷7人(不含在讀研究生6人),占衛生專業技術人員的8.24%;本科學歷48人,占衛生專業技術人員的56.47%;大專學歷31人,占衛生專業技術人員的36.47%;其他9人,占衛生專業技術人員的10.59%。
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