靈山禪寺原坐落於浙江省衢州市開化縣城關鎮臥佛山下(今玉屏公園花山下),始建於宋皇裕三年(公元1050年),為僧清臣所建,並賜此額。元初兵毀,至正十八年(公元1358年),僧可久養琦生建殿堂,明洪武二十三年(公元1390年),僧釋善祖建鐘樓,地藏殿,千佛閣。明永樂三年(公元1405年)僧普錫建淨照堂,圓通閣。清乾隆二十三年(公元1758年)僧松齡募助前後殿宇,裝佛身,五十五年(公元1791年)建造左右鐘樓鼓,規模宏偉,香火鼎盛。後毀何年不詳。
1934年由名中醫王肖岩發起創辦開化佛學進修社。1936年該社於臥佛山下古靈山寺舊址(現開化縣老幹部局),籌備經費新建殿堂,占地約三畝多。中國佛教第十三代祖師——印光法師親臨弘揚佛法,並在佛堂前牆上書寫佛法論文(現無存);中國律宗大師——弘一法師亦來寺演講佛法。後毀於兵。
1995年,經開化縣人民政府批准,常山縣人江秋鳳居士負責籌資,在城關鎮丁坑壠異地復建靈山禪寺,規劃面積額5畝。2003年205國道改線將靈山禪寺分成了東西兩部分。國道東側為大雄寶殿、天王殿、山門,西方三聖殿正籌備建設。國道西側建築1500平方米的接待中心等。到2008年10月底,先後投入資金1000餘萬元。
靈山禪寺從2001年開始,一邊建設,一邊對外開放,已經成為縣城總體規劃中花山、龍潭、根博園旅遊風景線上的一個亮點。